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- PDB-2gb4: Crystal structure of Thiopurine methyltransferase (18204406) from... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2gb4
タイトルCrystal structure of Thiopurine methyltransferase (18204406) from Mus musculus at 1.35 A resolution
要素Thiopurine S-methyltransferase
キーワードTRANSFERASE / 18204406 / Thiopurine methyltransferase / Structural Genomics / PSI / Protein Structure Initiative / Joint Center for Structural Genomics / JCSG
機能・相同性
機能・相同性情報


thiopurine S-methyltransferase / thiopurine S-methyltransferase activity / Methylation / Azathioprine ADME / methylation / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Thiopurine S-methyltransferase / Thiopurine S-methyltransferase (TPMT) / TPMT family / Thiopurine or thiol or thiocyanate S-methyltransferase (TPMT) family profile. / Vaccinia Virus protein VP39 / S-adenosyl-L-methionine-dependent methyltransferase superfamily / Rossmann fold / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
S-ADENOSYL-L-HOMOCYSTEINE / Thiopurine S-methyltransferase
類似検索 - 構成要素
生物種Mus musculus (ハツカネズミ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.25 Å
データ登録者Joint Center for Structural Genomics (JCSG)
引用ジャーナル: To be published
タイトル: Crystal structure of Thiopurine methyltransferase (18204406) from Mus musculus at 1.35 A resolution
著者: Joint Center for Structural Genomics (JCSG)
履歴
登録2006年3月9日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02006年9月19日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年4月1日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32019年7月24日Group: Advisory / Data collection / Refinement description / カテゴリ: pdbx_unobs_or_zero_occ_atoms / software
Item: _software.contact_author / _software.contact_author_email ..._software.contact_author / _software.contact_author_email / _software.language / _software.location / _software.name / _software.version
改定 1.42023年1月25日Group: Advisory / Database references / Derived calculations
カテゴリ: database_2 / pdbx_unobs_or_zero_occ_atoms ...database_2 / pdbx_unobs_or_zero_occ_atoms / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
改定 1.52023年9月20日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Thiopurine S-methyltransferase
B: Thiopurine S-methyltransferase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)58,9424
ポリマ－58,1732
非ポリマー7692
水7,242402
1
A: Thiopurine S-methyltransferase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)29,4712
ポリマ－29,0861
非ポリマー3841
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
B: Thiopurine S-methyltransferase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)29,4712
ポリマ－29,0861
非ポリマー3841
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)62.988, 70.554, 72.593
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 115.70, 90.00
Int Tables number4
Space group name H-MP1211

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要素

#1: タンパク質 Thiopurine S-methyltransferase / Thiopurine methyltransferase


分子量: 29086.346 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Mus musculus (ハツカネズミ) / 遺伝子: Tpmt / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: O55060, thiopurine S-methyltransferase
#2: 化合物 ChemComp-SAH / S-ADENOSYL-L-HOMOCYSTEINE / S-アデノシルホモシステイン


タイプ: L-peptide linking / 分子量: 384.411 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C14H20N6O5S
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 402 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 2.43 Å3/Da / 溶媒含有率: 48.98 %
結晶化温度: 293 K
手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法, nanodrop
pH: 5.6
詳細: 5.0% Glycerol, 19.0% iso-Propanol, 19.0% PEG-4000, 0.1M Citrate, pH 5.6, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, NANODROP, temperature 293K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SSRL / ビームライン: BL9-2 / 波長: 1
検出器タイプ: MARMOSAIC 325 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2005年7月23日
放射モノクロメーター: Double crystal monochromator / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.25→50 Å / Num. obs: 125498 / % possible obs: 79.4 % / 冗長度: 2.7 % / Rmerge(I) obs: 0.033 / Net I/σ(I): 15.4
反射 シェル
解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obs% possible all
1.25-1.291.50.32546.9
1.29-1.351.70.31154.8
1.35-1.411.70.24863.6
1.41-1.481.80.20477.8
1.48-1.571.90.16589.6
1.57-1.72.10.11294.8
1.7-1.872.20.07594.6
1.87-2.143.30.06293.2
2.14-2.694.60.04291.5
2.69-504.70.02587.2

-
位相決定

位相決定手法: 分子置換

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
SHELXL-97精密化
SCALEPACKデータスケーリング
PDB_EXTRACT1.701データ抽出
DENZOデータ削減
MOLREP位相決定
REFMAC5.2.0005精密化
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: pdb entry 2bzg

2bzg


解像度: 1.25→35.9 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.935 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.925 / Num. parameters: 38290 / Num. restraintsaints: 50906 / SU B: 2.556 / SU ML: 0.059 / 交差検証法: FREE R / σ(F): 0 / ESU R: 0.07 / ESU R Free: 0.072 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
詳細: 1. HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS. 2. ANISOTROPIC REFINEMENT REDUCED FREE R (NO CUTOFF) BY 8%. 3. THE NOMINAL RESOLUTION IS 1.35A WITH 16569 REFLECTIONS BETWEEN 1.35-1.25A ...詳細: 1. HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS. 2. ANISOTROPIC REFINEMENT REDUCED FREE R (NO CUTOFF) BY 8%. 3. THE NOMINAL RESOLUTION IS 1.35A WITH 16569 REFLECTIONS BETWEEN 1.35-1.25A (50.6% COMPLETE FOR THIS SHELL) INCLUDED IN THIS REFINEMENT. 4. REFINEMENT WAS AGAINST INTENSITY DATA. 5. NCS RESTRAINTS WERE APPLIED BETWEEN RESIDUES 40-158, 162-186 AND 205-240 OF CHAINS A AND B. 6. RESIDUES 1-9 OF CHAIN A AND 1-10 OF CHAIN B HAVE NO DENSITY AND WERE NOT MODELED. 7. S-ADENOSYL-L-HOMOCYSTEINE MODELED BASED ON ELECTRON DENSITY AND PROPOSED FUNCTION. 8. DATA WAS REFINED WITH TWIN LAW -H, -K, H+L, TWIN FRACTION 0.50. 9. THE RFREE SET WAS GENERATED WITH THE TWIN LAW.
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.193 4154 3.3 %RANDOM EXPANDED BY TWIN LAW
all0.139 125430 --
obs0.136 -79.4 %-
溶媒の処理溶媒モデル: MOEWS & KRETSINGER, J.MOL.BIOL.91(1973)201-228
原子変位パラメータBiso mean: 18.394 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--1.26 Å20 Å2-0.44 Å2
2--1.96 Å20 Å2
3----1.07 Å2
Refine analyzeNum. disordered residues: 11 / Occupancy sum hydrogen: 3551 / Occupancy sum non hydrogen: 4169
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.25→35.9 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3796 0 52 402 4250
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONs_bond_d0.012
X-RAY DIFFRACTIONs_angle_d0.032
X-RAY DIFFRACTIONs_similar_dist0.067
X-RAY DIFFRACTIONs_from_restr_planes0.389
X-RAY DIFFRACTIONs_zero_chiral_vol0.065
X-RAY DIFFRACTIONs_non_zero_chiral_vol0.063
X-RAY DIFFRACTIONs_anti_bump_dis_restr0.023
X-RAY DIFFRACTIONs_rigid_bond_adp_cmpnt0.001
X-RAY DIFFRACTIONs_similar_adp_cmpnt0.04
X-RAY DIFFRACTIONs_approx_iso_adps0.105
LS精密化 シェル解像度: 1.249→1.282 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.423 251 -
Rwork0.379 4921 -
obs--44.36 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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