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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2gax
タイトルStructure of Protein of Unknown Function Atu0240 from Agrobacteriium tumerfaciencs str. C58
要素hypothetical protein Atu0240
キーワードSTRUCTURAL GENOMICS / UNKNOWN FUNCTION / MCSG / agrobacterium tumfaciens / hypothetical protein / PSI / Protein Structure Initiative / Midwest Center for Structural Genomics
機能・相同性
機能・相同性情報


Protein of unknown function DUF2000 / Protein of unknown function (DUF2000) / Bit1 / Bit1 / Peptidyl-tRNA hydrolase II domain superfamily / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
PHOSPHATE ION / DUF2000 family protein / :
類似検索 - 構成要素
生物種Agrobacterium tumefaciens str. C58 (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 単波長異常分散 / 解像度: 1.801 Å
データ登録者Binkowski, T.A. / Evdokimova, E. / Kudritska, M. / Edwards, A. / Joachimiak, A. / Midwest Center for Structural Genomics (MCSG)
引用ジャーナル: TO BE PUBLISHED
タイトル: Hypothetical protein Atu0240 from Agrobacteriium tumerfaciencs str. C58
著者: Binkowski, T.A. / Evdokimova, E. / Kudritska, M. / Edwards, A. / Joachimiak, A.
履歴
登録2006年3月9日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02006年5月9日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年5月1日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Derived calculations / Version format compliance
改定 1.32017年10月18日Group: Refinement description / カテゴリ: software / Item: _software.classification / _software.name
改定 1.42024年10月16日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Structure summary
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
Remark 300BIOMOLECULE: 1 THIS ENTRY CONTAINS THE CRYSTALLOGRAPHIC ASYMMETRIC UNIT WHICH CONSISTS OF 2 CHAIN(S) ...BIOMOLECULE: 1 THIS ENTRY CONTAINS THE CRYSTALLOGRAPHIC ASYMMETRIC UNIT WHICH CONSISTS OF 2 CHAIN(S). THE BIOLOGICAL UNIT OF THIS PROTEIN IS UNKNOWN.

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構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

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集合体

登録構造単位
A: hypothetical protein Atu0240
B: hypothetical protein Atu0240
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)30,6654
ポリマ－30,4752
非ポリマー1902
水4,053225
1
A: hypothetical protein Atu0240
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)15,3332
ポリマ－15,2381
非ポリマー951
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
B: hypothetical protein Atu0240
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)15,3332
ポリマ－15,2381
非ポリマー951
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
3
B: hypothetical protein Atu0240
ヘテロ分子

B: hypothetical protein Atu0240
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)30,6654
ポリマ－30,4752
非ポリマー1902
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation4_565x,-y+1,-z1
Buried area5130 Å2
ΔGint-54 kcal/mol
Surface area11580 Å2
手法PISA, PQS
4
A: hypothetical protein Atu0240
ヘテロ分子

A: hypothetical protein Atu0240
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)30,6654
ポリマ－30,4752
非ポリマー1902
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation3_655-x+1,y,-z+1/21
Buried area5000 Å2
ΔGint-53 kcal/mol
Surface area11620 Å2
手法PISA, PQS
単位格子
Length a, b, c (Å)68.965, 68.998, 120.811
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number20
Space group name H-MC2221

-
要素

#1: タンパク質 hypothetical protein Atu0240


分子量: 15237.744 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Agrobacterium tumefaciens str. C58 (バクテリア)
生物種: Agrobacterium tumefaciens / 株: c58 / 遺伝子: atu0240 / プラスミド: PET15b / 生物種 (発現宿主): Escherichia coli / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: Q8UIQ3, UniProt: A9CKI6*PLUS
#2: 化合物 ChemComp-PO4 / PHOSPHATE ION / ホスファ-ト


分子量: 94.971 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: PO4
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 225 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.36 Å3/Da / 溶媒含有率: 47.82 %
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 8.5
詳細: 0.1M Ammonium sulphate, 0.1M Tris, 25%P3350, pH 8.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K

-
データ収集

回折平均測定温度: 150 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 19-ID / 波長: 0.97945 Å
検出器タイプ: SBC-2 / 検出器: CCD / 日付: 2005年10月12日
放射モノクロメーター: Double Crystal / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97945 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.801→60.412 Å / Num. all: 25734 / Num. obs: 24976 / % possible obs: 97.0542 %
反射 シェル解像度: 1.801→1.847 Å / % possible all: 86.24

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.2.0005精密化
SBC-Collectデータ収集
HKL-2000データスケーリング
精密化構造決定の手法: 単波長異常分散 / 解像度: 1.801→60.41 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.949 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.931 / SU B: 3.888 / SU ML: 0.12 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 2 / ESU R: 0.177 / ESU R Free: 0.161 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.28416 1315 5 %RANDOM
Rwork0.24747 ---
all0.24931 25734 --
obs0.2475 24976 97.05 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 34.21 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--0.01 Å20 Å20 Å2
2--0.03 Å20 Å2
3----0.03 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.801→60.41 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2104 0 10 225 2339
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0120.0222146
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.2271.9552902
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg5.4895268
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg38.88923.8394
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg15.41515384
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg15.1191516
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0880.2338
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0040.021578
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined0.2190.2978
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined0.2950.21507
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined0.1710.2175
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined0.1590.2160
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined0.1520.227
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it1.0231.51391
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it1.21122164
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it2.1623848
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it3.254.5738
LS精密化 シェル解像度: 1.801→1.847 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.408 80 -
Rwork0.399 1638 -
obs--86.24 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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