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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 2gal | ||||||
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タイトル | CRYSTAL STRUCTURE OF HUMAN GALECTIN-7 IN COMPLEX WITH GALACTOSE | ||||||
![]() | GALECTIN-7 | ||||||
![]() | LECTIN / GALAPTIN / GALECTIN / CARBOHYDRATE BINDING | ||||||
機能・相同性 | ![]() heterophilic cell-cell adhesion via plasma membrane cell adhesion molecules / carbohydrate binding / apoptotic process / extracellular space / extracellular exosome / nucleus / cytoplasm 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | ![]() | ||||||
手法 | ![]() ![]() ![]() | ||||||
![]() | Leonidas, D.D. / Acharya, K.R. | ||||||
![]() | ![]() タイトル: Structural basis for the recognition of carbohydrates by human galectin-7. 著者: Leonidas, D.D. / Vatzaki, E.H. / Vorum, H. / Celis, J.E. / Madsen, P. / Acharya, K.R. | ||||||
履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 63.9 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 47.9 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
文書・要旨 | ![]() | 385.1 KB | 表示 | ![]() |
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文書・詳細版 | ![]() | 389.7 KB | 表示 | |
XML形式データ | ![]() | 6.7 KB | 表示 | |
CIF形式データ | ![]() | 10.3 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 |
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単位格子 |
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非結晶学的対称性 (NCS) | NCS oper: (Code: given Matrix: (-0.364826, -0.736594, 0.569501), ベクター: |
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要素
#1: タンパク質 | 分子量: 14965.850 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) ![]() ![]() ![]() #2: 糖 | #3: 水 | ChemComp-HOH / | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
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試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.2 Å3/Da / 溶媒含有率: 43 % | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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結晶化 | 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 8.1 詳細: CRYSTALS WERE GROWN USING THE HANGING DROP METHOD FROM DROPS CONTAINING 9 MG/ML PROTEIN AT PH 8.1 IN 50 MM SODIUM PHOSPHATE BUFFER, 0.3 M SODIUM CHLORIDE, 20 MM IMIDAZOLE, 8.5% PEG 3350 AND ...詳細: CRYSTALS WERE GROWN USING THE HANGING DROP METHOD FROM DROPS CONTAINING 9 MG/ML PROTEIN AT PH 8.1 IN 50 MM SODIUM PHOSPHATE BUFFER, 0.3 M SODIUM CHLORIDE, 20 MM IMIDAZOLE, 8.5% PEG 3350 AND 25 MM GALACTOSE. DROPS WERE EQUILIBRATED AGAINST RESERVOIRS CONTAINING 50 MM SODIUM PHOSPHATE BUFFER, 0.3 M SODIUM CHLORIDE, 20 MM IMIDAZOLE, 17% PEG 3350 AND 50 MM GALACTOSE., vapor diffusion - hanging drop | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
結晶 | *PLUS | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
結晶化 | *PLUS 温度: 16 ℃ / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
溶液の組成 | *PLUS
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-データ収集
回折 | 平均測定温度: 289 K |
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放射光源 | 由来: ![]() ![]() ![]() |
検出器 | タイプ: MARRESEARCH / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 1997年8月1日 / 詳細: MIRRORS |
放射 | 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.912 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 2→40 Å / Num. obs: 18155 / % possible obs: 98.2 % / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 9.5 % / Biso Wilson estimate: 8.4 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.077 / Net I/σ(I): 9 |
反射 シェル | 解像度: 2→2.1 Å / 冗長度: 4.5 % / Mean I/σ(I) obs: 6.6 / Rsym value: 0.384 / % possible all: 97.4 |
反射 | *PLUS Num. measured all: 172647 |
反射 シェル | *PLUS % possible obs: 97.4 % |
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解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: ![]() 開始モデル: FREE GALECTIN-7 解像度: 2→20 Å / Rfactor Rfree error: 0.008 / Data cutoff high absF: 10000000 / Data cutoff low absF: 0.001 / Isotropic thermal model: RESTRAINED / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / 詳細: BULK SOLVENT MODEL USED
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原子変位パラメータ | Biso mean: 26.2 Å2
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Refine analyze |
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2→20 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル | 解像度: 2→2.13 Å / Rfactor Rfree error: 0.024 / Total num. of bins used: 6
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Xplor file |
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ソフトウェア | *PLUS 名称: ![]() | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
拘束条件 | *PLUS
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