PDB-2gae: Crystal structure of MltA from E. coli

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 2gae

タイトル

Crystal structure of MltA from E. coli

要素

Membrane-bound lytic murein transglycosylase A

キーワード

HYDROLASE / BETA BARREL

機能・相同性

機能・相同性情報

: / lytic transglycosylase activity / peptidoglycan turnover / hydrolase activity, hydrolyzing O-glycosyl compounds / peptidoglycan catabolic process / cell outer membrane / cell wall organization / outer membrane-bounded periplasmic space
類似検索 - 分子機能

生物種

Escherichia coli (大腸菌)

手法

X線回折 /

単波長異常分散 / 解像度: 2.5 Å

データ登録者

Powell, A.J. / Liu, Z.J. / Nicholas, R.A. / Davies, C.

引用

ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 2006
タイトル: Crystal Structures of the Lytic Transglycosylase MltA from N.gonorrhoeae and E.coli: Insights into Interdomain Movements and Substrate Binding.
著者: Powell, A.J. / Liu, Z.J. / Nicholas, R.A. / Davies, C.

履歴

登録	2006年3月8日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2006年5月9日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2008年5月1日	Group: Version format compliance
改定 1.2	2011年7月13日	Group: Advisory / Version format compliance
改定 1.3	2017年10月18日	Group: Refinement description / カテゴリ: software
改定 1.4	2024年2月14日	Group: Data collection / Database references カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / struct_ref_seq_dif Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	2gae.cif.gz	78 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb2gae.ent.gz	58.8 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	2gae.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	2gae_validation.pdf.gz	425 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	2gae_full_validation.pdf.gz	428.4 KB	表示
XML形式データ	2gae_validation.xml.gz	13.8 KB	表示
CIF形式データ	2gae_validation.cif.gz	18.4 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ga/2gae ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ga/2gae	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	2g5dC 2g6gC 2ae0 C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	2pjj-d 5a1k-2 5n64-d 2d5r-d 3sg3-d 3lfb-d 3qb2-5 6nn0-1 2ae0-d 6hwu-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

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リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#261 - 2021年9月 DNA配列ナノポア (DNA-Sequencing Nanopores) 類似性 (1) #22 - 2001年10月光化学系I (Photosystem I) 類似性 (1) #262 - 2021年10月 PDB構造への50年間のオープンアクセス (Fifty Years of Open Access to PDB Structures ) 類似性 (1) #29 - 2002年5月ペニシリン結合タンパク質 (Penicillin-binding Proteins) 類似性 (1) #95 - 2007年11月多剤耐性輸送体 (Multidrug Resistance Transporters) 類似性 (1)

PDBのページ

PDBj /

wwPDB /

NCBI

「今月の分子」の関連する項目

#261 - 2021年9月
DNA配列ナノポア (DNA-Sequencing Nanopores)
類似性 (1)
#22 - 2001年10月
光化学系I (Photosystem I)
類似性 (1)
#262 - 2021年10月
PDB構造への50年間のオープンアクセス (Fifty Years of Open Access to PDB Structures )
類似性 (1)
#29 - 2002年5月
ペニシリン結合タンパク質 (Penicillin-binding Proteins)
類似性 (1)
#95 - 2007年11月
多剤耐性輸送体 (Multidrug Resistance Transporters)
類似性 (1)

登録構造単位

A: Membrane-bound lytic murein transglycosylase A

38.3 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者が定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	103.880, 103.880, 110.560
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number	152
Space group name H-M	P3₁21

#1: タンパク質	Membrane-bound lytic murein transglycosylase A / Murein hydrolase A / Mlt38 分子量: 38273.660 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Escherichia coli (大腸菌) / 遺伝子: mltA, mlt / プラスミド: pMAL-c2KV / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21* 参照: UniProt: P0A935, 加水分解酵素; 糖加水分解酵素; 配糖体結合加水分解酵素または糖加水分解酵素
#2: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 33 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

#1: タンパク質

Membrane-bound lytic murein transglycosylase A / Murein hydrolase A / Mlt38

分子量: 38273.660 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現)

Escherichia coli (大腸菌) / 遺伝子: mltA, mlt / プラスミド: pMAL-c2KV / 発現宿主:

Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21*
参照: UniProt: P0A935, 加水分解酵素; 糖加水分解酵素; 配糖体結合加水分解酵素または糖加水分解酵素

#2: 水

ChemComp-HOH / water

分子量: 18.015 Da / 分子数: 33 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 4.5 Å³/Da / 溶媒含有率: 72.65 %
結晶化	温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 4.2 詳細: 10 % PEG 8000, 100 mM sodium acetate, 10 mM magnesium chloride & 360 mM sodium chloride, pH 4.2, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 277K

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU RU300 / 波長: 1.5418 Å
検出器	タイプ: RIGAKU RAXIS IV / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 2004年4月29日 / 詳細: Osmic mirrors
放射	モノクロメーター: Osmic mirrors / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 1.5418 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2→30 Å / Num. all: 23998 / Num. obs: 23998 / % possible obs: 97.6 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 5.65 % / B_iso Wilson estimate: 60.8 Å² / R_merge(I) obs: 0.077 / Net I/σ(I): 11.3
反射シェル	解像度: 2→2.07 Å / 冗長度: 4.98 % / R_merge(I) obs: 0.445 / Mean I/σ(I) obs: 3.4 / Num. unique all: 4351 / % possible all: 93.7

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.2.0019	精密化
d*TREK		データスケーリング
SOLVE		位相決定

精密化

構造決定の手法:

単波長異常分散 / 解像度: 2.5→30 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.923 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.881 / SU B: 20.342 / SU ML: 0.214 / TLS residual ADP flag: LIKELY RESIDUAL / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.303 / ESU R Free: 0.27 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.31	1213	5.1 %	RANDOM
R_work	0.253	-	-	-
all	0.256	23998	-	-
obs	0.256	23998	98.75 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: MASK

原子変位パラメータ

B_iso mean: 48.355 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	3.01 Å²	1.51 Å²	0 Å²
2-	-	3.01 Å²	0 Å²
3-	-	-	-4.52 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.5→30 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	2625	0	0	33	2658

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.013	0.022	2693
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.321	1.936	3647
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	5.991	5	332
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	36.221	23.643	140
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	18.301	15	421
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	11.589	15	21
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.079	0.2	365
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.004	0.02	2151
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.213	0.2	1098
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined	0.317	0.2	1804
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.141	0.2	82
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_refined	0.194	0.2	20
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_refined	0.228	0.2	2
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	0.557	1.5	1688
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	0.98	2	2630
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	1.145	3	1161
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	1.846	4.5	1017

LS精密化シェル

解像度: 2.5→2.565 Å / Total num. of bins used: 20

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.367	74	-
R_work	0.349	1639	-
obs	-	2713	97.5 %

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	1.1816	0.3168	0.3396	1.1834	1.1842	2.4275	0.1052	-0.1782	0.0012	-0.0414	-0.0824	-0.0453	0.0811	-0.3388	-0.0229	-0.0109	-0.037	-0.0159	0.0404	0.0155	-0.0744	-0.5448	57.2452	6.9292
2	3.6501	-0.1831	0.7315	0.6109	-0.155	2.52	0.2628	0.2757	-0.3721	-0.0415	-0.0825	0.0551	0.2582	0.0989	-0.1803	0.0456	0.0271	-0.1297	-0.0801	-0.0404	0.0165	10.2584	36.3846	-14.6398

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Auth asym-ID	Label asym-ID	Auth seq-ID	Label seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	A	A	24 - 123	5 - 104
2	X-RAY DIFFRACTION	1	A	A	262 - 356	243 - 337
3	X-RAY DIFFRACTION	2	A	A	124 - 261	105 - 242

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

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