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- PDB-2g9g: Crystal structure of His-tagged mouse PNGase C-terminal domain -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2g9g
タイトルCrystal structure of His-tagged mouse PNGase C-terminal domain
要素peptide N-glycanase
キーワードHYDROLASE / beta-sandwich
機能・相同性
機能・相同性情報


peptide-N4-(N-acetyl-beta-glucosaminyl)asparagine amidase / peptide-N4-(N-acetyl-beta-glucosaminyl)asparagine amidase activity / N-glycan trimming in the ER and Calnexin/Calreticulin cycle / glycoprotein catabolic process / : / metal ion binding / nucleus / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
PAW domain / Peptide N glycanase, PAW domain / PAW domain superfamily / PNGase C-terminal domain, mannose-binding module PAW / PAW domain profile. / domain present in PNGases and other hypothetical proteins / : / PUB domain / PUB-like domain superfamily / PUB domain ...PAW domain / Peptide N glycanase, PAW domain / PAW domain superfamily / PNGase C-terminal domain, mannose-binding module PAW / PAW domain profile. / domain present in PNGases and other hypothetical proteins / : / PUB domain / PUB-like domain superfamily / PUB domain / domain in protein kinases, N-glycanases and other nuclear proteins / Transglutaminase-like superfamily / Transglutaminase/protease-like homologues / Transglutaminase-like / Papain-like cysteine peptidase superfamily / Galactose-binding-like domain superfamily / Jelly Rolls / Sandwich / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
: / Peptide-N(4)-(N-acetyl-beta-glucosaminyl)asparagine amidase
類似検索 - 構成要素
生物種Mus musculus (ハツカネズミ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2 Å
データ登録者Zhou, X. / Zhao, G. / Wang, L. / Li, G. / Lennarz, W.J. / Schindelin, H.
引用ジャーナル: Proc.Natl.Acad.Sci.Usa / 年: 2006
タイトル: Structural and biochemical studies of the C-terminal domain of mouse peptide-N-glycanase identify it as a mannose-binding module.
著者: Zhou, X. / Zhao, G. / Truglio, J.J. / Wang, L. / Li, G. / Lennarz, W.J. / Schindelin, H.
履歴
登録2006年3月6日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02006年10月24日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年5月1日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Advisory / Derived calculations / Version format compliance
改定 1.32023年8月30日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: peptide N-glycanase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)25,6016
ポリマ－25,1291
非ポリマー4725
水2,072115
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PQS
2
A: peptide N-glycanase
ヘテロ分子

A: peptide N-glycanase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)51,20312
ポリマ－50,2582
非ポリマー94510
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_454-x-1,y,-z-11
Buried area3110 Å2
ΔGint-91 kcal/mol
Surface area17450 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)71.732, 40.747, 66.506
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 95.34, 90.00
Int Tables number5
Space group name H-MC121
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-125-

SO4

21A-2-

HOH

-
要素

#1: タンパク質 peptide N-glycanase / PNGase


分子量: 25128.934 Da / 分子数: 1 / 断片: C-terminal domain / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Mus musculus (ハツカネズミ) / 遺伝子: Ngly1 / プラスミド: pET28a / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21DE3 Condon Plus RIL
参照: GenBank: 30517852, UniProt: Q9JI78*PLUS, peptide-N4-(N-acetyl-beta-glucosaminyl)asparagine amidase
#2: 化合物 ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン


分子量: 96.063 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#3: 化合物 ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル


分子量: 92.094 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 115 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 1.93 Å3/Da / 溶媒含有率: 36.12 %
結晶化温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7
詳細: 1.6 M Li2SO4 and 100 mM Hepes, pH 7.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 291K

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: NSLS / ビームライン: X26C / 波長: 0.9996 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 4 / 検出器: CCD / 日付: 2004年6月29日
放射モノクロメーター: Si(111) channel / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9996 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2→50 Å / Num. all: 13124 / Num. obs: 13124 / % possible obs: 99.9 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 4.6 % / Biso Wilson estimate: 21.5 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.108 / Rsym value: 0.108 / Net I/σ(I): 17.8
反射 シェル解像度: 2→2.07 Å / 冗長度: 4.5 % / Rmerge(I) obs: 0.485 / Mean I/σ(I) obs: 3.9 / Num. unique all: 1311 / Rsym value: 0.485 / % possible all: 99.4

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.2.0005精密化
HKL-2000データ削減
SCALEPACKデータスケーリング
MOLREP位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: pdb entry 2G2F

2g2f


解像度: 2→20 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.967 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.942 / SU B: 7.7 / SU ML: 0.109 / TLS residual ADP flag: LIKELY RESIDUAL / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / σ(I): 0 / ESU R: 0.166 / ESU R Free: 0.155 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.20711 646 4.9 %RANDOM
Rwork0.15028 ---
all0.15304 13124 --
obs0.15304 12453 99.74 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 29.721 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.22 Å20 Å20.07 Å2
2---0.3 Å20 Å2
3---0.09 Å2
Refine analyze
FreeObs
Luzzati coordinate error0.155 Å0.166 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2→20 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1533 0 27 115 1675
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0140.0211595
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0010.021405
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.4951.9372146
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg0.83933258
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg7.1175187
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg32.43923.49483
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg15.34415283
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg12.3931515
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0960.2224
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0060.021754
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0010.02354
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined0.1770.2239
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other0.1890.21468
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined0.1790.2745
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other0.0820.2975
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined0.1980.278
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined0.0220.22
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other0.280.232
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined0.20.213
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it2.81121212
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other0.7612393
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it3.31531496
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it4.9174800
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it6.5025650
LS精密化 シェル解像度: 2→2.052 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.232 51 -
Rwork0.174 904 -
obs--97.25 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
110.71135.71190.575415.14692.22525.3130.1046-0.9617-0.08280.8512-0.19490.48330.2808-0.32210.0903-0.01930.01140.06750.06860.0049-0.2438-24.77271.51-3.0199
22.0011-0.90830.06228.1293.79425.6694-0.1069-0.5165-0.02840.57970.2769-0.358-0.14090.5028-0.1701-0.09540.0052-0.0378-0.0111-0.0133-0.1653-13.0931-0.0494-11.6139
313.3825-0.92363.77331.50490.45523.9977-0.2448-0.5033-0.41690.46360.1710.41610.1501-0.29830.0738-0.046-0.00630.0437-0.09560.0639-0.1912-24.1648-6.5119-12.8551
41.5887-0.8387-0.45551.47040.73421.7657-0.056-0.1808-0.12770.10720.10270.08160.10710.0165-0.0467-0.1395-0.0002-0.0075-0.1760.033-0.1149-21.481-10.8431-23.6808
51.427-0.1898-0.97433.28442.10743.25430.135-0.27770.17760.3994-0.0334-0.0134-0.184-0.0415-0.1016-0.04580.0040.0217-0.1184-0.0293-0.1446-21.98537.9421-16.7342
60.95551.59661.9572.80123.15544.10610.15630.20660.1275-0.0882-0.0102-0.1308-0.1978-0.1338-0.1461-0.13030.00060.0055-0.18050.0243-0.1228-26.2466-1.4261-31.1014
73.79480.4625-1.51772.35790.3353.92160.0734-0.03990.43260.2178-0.03180.2192-0.353-0.3064-0.0415-0.1190.03970.0045-0.177-0.0301-0.09-24.959310.7369-21.3597
81.9567-0.13841.66961.28452.36236.2512-0.0424-0.04330.1411-0.2302-0.0110.1688-0.3589-0.10080.0534-0.1941-0.00850.0371-0.16880.0228-0.112-28.2126-0.8139-25.0776
93.5524-0.55911.36323.53750.20562.07630.1276-0.0462-0.10350.04210.0003-0.210.19720.1486-0.1278-0.1920.01440.0069-0.18950.0005-0.1473-16.4715-9.2389-27.8492
103.8457-6.3822-5.098815.567611.05668.9106-0.1858-0.19310.11480.7675-0.10130.66960.0154-0.08430.28710.00220.04120.0224-0.0547-0.0966-0.1393-20.416911.4854-11.6102
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDLabel asym-IDAuth seq-IDLabel seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1AA454 - 48824 - 58
2X-RAY DIFFRACTION2AA489 - 50959 - 79
3X-RAY DIFFRACTION3AA510 - 52280 - 92
4X-RAY DIFFRACTION4AA523 - 55293 - 122
5X-RAY DIFFRACTION5AA553 - 573123 - 143
6X-RAY DIFFRACTION6AA574 - 581144 - 151
7X-RAY DIFFRACTION7AA582 - 608152 - 178
8X-RAY DIFFRACTION8AA609 - 618179 - 188
9X-RAY DIFFRACTION9AA619 - 641189 - 211
10X-RAY DIFFRACTION10AA642 - 651212 - 221

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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