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- PDB-2g8l: Crystal structure of a duf89 family protein (ph1575) from pyrococ... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2g8l
タイトルCrystal structure of a duf89 family protein (ph1575) from pyrococcus horikoshii at 2.04 A resolution
要素287aa long hypothetical protein
キーワードUNKNOWN FUNCTION / Structural genomics / Joint Center for Structural Genomics / JCSG / Protein Structure Initiative / PSI-2
機能・相同性
機能・相同性情報


加水分解酵素; エステル加水分解酵素; 1価のリン酸エステル加水分解酵素 / hydrolase activity / metal ion binding
類似検索 - 分子機能
: / Uncharacterised protein PF01937, DUF89, domain 2 / Uncharacterised protein PF01937, DUF89, domain 1 / Uncharacterised protein PF01937, DUF89, domain 3 / Damage-control phosphatase PH1575-like / Glutamate Dehydrogenase; Chain A, domain 3 / Damage-control phosphatase ARMT1-like, metal-binding domain / Damage-control phosphatase ARMT1-like, metal-binding domain superfamily / Damage-control phosphatase ARMT1-like domain / Helicase, Ruva Protein; domain 3 ...: / Uncharacterised protein PF01937, DUF89, domain 2 / Uncharacterised protein PF01937, DUF89, domain 1 / Uncharacterised protein PF01937, DUF89, domain 3 / Damage-control phosphatase PH1575-like / Glutamate Dehydrogenase; Chain A, domain 3 / Damage-control phosphatase ARMT1-like, metal-binding domain / Damage-control phosphatase ARMT1-like, metal-binding domain superfamily / Damage-control phosphatase ARMT1-like domain / Helicase, Ruva Protein; domain 3 / Rossmann fold / Orthogonal Bundle / 3-Layer(aba) Sandwich / Mainly Alpha / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Unknown ligand / : / Damage-control phosphatase PH1575
類似検索 - 構成要素
生物種Pyrococcus horikoshii (古細菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 多波長異常分散 / 解像度: 2.04 Å
データ登録者Joint Center for Structural Genomics (JCSG)
引用ジャーナル: To be published
タイトル: Crystal structure of hypothetical protein (3258004) from Pyrococcus horikoshii at 2.04 A resolution
著者: Joint Center for Structural Genomics (JCSG)
履歴
登録2006年3月2日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02006年3月21日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年5月1日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Advisory / Version format compliance
改定 1.32017年10月25日Group: Author supporting evidence / カテゴリ: pdbx_struct_assembly_auth_evidence
改定 1.42023年1月25日Group: Database references / Derived calculations
カテゴリ: database_2 / struct_conn ...database_2 / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
改定 1.52024年10月16日Group: Data collection / Structure summary
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature
Remark 300BIOMOLECULE: 1 THIS ENTRY CONTAINS THE CRYSTALLOGRAPHIC ASYMMETRIC UNIT WHICH CONSISTS OF 2 CHAIN(S) ...BIOMOLECULE: 1 THIS ENTRY CONTAINS THE CRYSTALLOGRAPHIC ASYMMETRIC UNIT WHICH CONSISTS OF 2 CHAIN(S). SEE REMARK 350 FOR INFORMATION ON GENERATING THE BIOLOGICAL MOLECULE(S). SIZE EXCLUSION CHROMATOGRAPHY WITH STATIC LIGHT SCATTERING SUPPORTS THE ASSIGNMENT OF A HEXAMER AS A BIOLOGICALLY SIGNIFICANT OLIGIMERIZATION STATE.

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: 287aa long hypothetical protein
B: 287aa long hypothetical protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)69,3729
ポリマ－69,0612
非ポリマー3107
水5,513306
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: gel filtration, light scattering
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area3480 Å2
ΔGint-10 kcal/mol
Surface area23880 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)88.859, 88.859, 81.499
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 120.000
Int Tables number144
Space group name H-MP31
詳細SIZE EXCLUSION CHROMATOGRAPHY WITH STATIC LIGHT SCATTERING SUPPORTS THE ASSIGNMENT OF A HEXAMER AS A BIOLOGICALLY SIGNIFICANT OLIGIMERIZATION STATE.

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要素

#1: タンパク質 287aa long hypothetical protein


分子量: 34530.742 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Pyrococcus horikoshii (古細菌) / 遺伝子: 3258004 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: GenBank: 3258004, UniProt: O59272*PLUS
#2: 化合物 ChemComp-UNL / UNKNOWN LIGAND


分子数: 2 / 由来タイプ: 合成
#3: 化合物
ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル


分子量: 62.068 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H6O2
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 306 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY

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実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 2.73 Å3/Da / 溶媒含有率: 54.64 %
結晶化温度: 277 K
手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法, nanodrop
pH: 4
詳細: 10.0% MPD, 0.1M Citrate, pH 4.0, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, NANODROP, temperature 277K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ALS / ビームライン: 8.2.2 / 波長: 1.0000, 0.9796, 0.9797
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315 / 検出器: CCD / 日付: 2005年12月15日
放射モノクロメーター: Double Crystal Si(111) / プロトコル: MAD / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長
ID波長 (Å)相対比
111
20.97961
30.97971
反射解像度: 2.04→40.76 Å / Num. obs: 45685 / % possible obs: 99.7 % / 冗長度: 3.78 % / Biso Wilson estimate: 38.086 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.067 / Net I/σ(I): 12.28
反射 シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)最高解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsMean I/σ(I) obsNum. measured obsNum. unique obs% possible all
2.04-2.113.390.4372.9313092392596.9
2.11-2.20.3034.717825465895.4
2.2-2.30.2425.816746436696.7
2.3-2.420.1817.517033443497.5
2.42-2.570.1399.217173446898.3
2.57-2.770.10211.717523454598.5
2.77-3.040.07814.416947439799.3
3.04-3.480.05618.117785463099.6
3.480.04821.917412458999.8

-
位相決定

位相決定手法: 多波長異常分散

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
REFMAC5.2.0005精密化
XSCALEデータスケーリング
PDB_EXTRACT1.701データ抽出
XDSデータ削減
SHELX位相決定
autoSHARP位相決定
精密化構造決定の手法: 多波長異常分散 / 解像度: 2.04→39.01 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.974 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.957 / SU B: 6.881 / SU ML: 0.093 / TLS residual ADP flag: LIKELY RESIDUAL / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.135 / ESU R Free: 0.126
立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD WITH PHASES
詳細: 1. HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS. 2. THERE IS ONE UNKNOWN LIGAND NEAR THE PUTATIVE ACTIVE SITE (CLOSE TO ASP156) FOR EACH MONOMER. 3. A MET-INHIBITION PROTOCOL WAS USED ...詳細: 1. HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS. 2. THERE IS ONE UNKNOWN LIGAND NEAR THE PUTATIVE ACTIVE SITE (CLOSE TO ASP156) FOR EACH MONOMER. 3. A MET-INHIBITION PROTOCOL WAS USED FOR SELENOMETHIONINE INCORPORATION DURING PROTEIN EXPRESSION. THE OCCUPANCY OF THE SE ATOMS IN THE MSE RESIDUES WAS REDUCED TO 0.7 TO ACCOUNT FOR THE REDUCED SCATTERING POWER DUE TO PARTIAL S-MET INCORPORATION.
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.182 2287 5 %RANDOM
Rwork0.144 ---
obs0.146 45659 99.69 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK
原子変位パラメータBiso mean: 32.674 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-1.38 Å20.69 Å20 Å2
2--1.38 Å20 Å2
3----2.07 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.04→39.01 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数4442 0 36 306 4784
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0170.0224616
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0010.024453
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.3451.9916226
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg0.767310355
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg5.8945601
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg34.5924.974193
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg13.12415894
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg18.0111526
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.080.2731
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0050.025075
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0010.02879
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined0.2130.2970
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other0.1670.24473
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined0.1760.22294
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other0.0830.22830
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined0.1680.2244
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined0.2410.211
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other0.2010.232
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined0.170.28
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it2.21932994
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other0.52631176
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it3.04554680
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it5.62981809
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it8.029111529
LS精密化 シェル解像度: 2.04→2.093 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.3 172 -
Rwork0.212 3056 -
obs-3228 96.01 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
10.7186-0.66680.70540.9778-0.56111.18210.10220.0041-0.02580.0098-0.0557-0.0036-0.0166-0.12-0.0465-0.00960.0271-0.0073-0.04030.0132-0.030639.50868.96731.365
22.3908-0.0216-1.20211.1114-0.1483.8965-0.0390.1916-0.20590.1330.02170.18770.3051-0.60890.0174-0.05750.00530.0237-0.0272-0.0108-0.038315.08869.20637.088
31.0392-1.42120.77852.2646-0.5691.34890.12250.0626-0.0035-0.087-0.1565-0.06620.21810.07950.0340.05550.0088-0.0235-0.09380.0034-0.042949.47957.335.423
40.70670.5461-0.15722.08850.44823.2475-0.02750.00390.0396-0.0837-0.0608-0.06110.00120.05090.0883-0.09560.0653-0.0179-0.11550.0072-0.038554.53239.49318.249
精密化 TLSグループ

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Selection: ALL

IDRefine TLS-IDAuth asym-IDLabel asym-IDAuth seq-IDLabel seq-ID
11AA0 - 6712 - 79
22AA68 - 28480 - 296
33BB2 - 6714 - 79
44BB68 - 28780 - 299

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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