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- PDB-2g8j: Calpain 1 proteolytic core in complex with SNJ-1945, a alpha-keto... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2g8j
タイトルCalpain 1 proteolytic core in complex with SNJ-1945, a alpha-ketoamide-type inhibitor.
要素Calpain-1 catalytic subunit
キーワードHYDROLASE / protease / peptidase / inhibitor / alpha-ketoamide
機能・相同性
機能・相同性情報


calpain-1 / Degradation of the extracellular matrix / protein catabolic process at postsynapse / mammary gland involution / positive regulation of leukocyte tethering or rolling / calcium-dependent cysteine-type endopeptidase activity / regulation of catalytic activity / negative regulation of actin filament polymerization / receptor catabolic process / cornified envelope ...calpain-1 / Degradation of the extracellular matrix / protein catabolic process at postsynapse / mammary gland involution / positive regulation of leukocyte tethering or rolling / calcium-dependent cysteine-type endopeptidase activity / regulation of catalytic activity / negative regulation of actin filament polymerization / receptor catabolic process / cornified envelope / self proteolysis / positive regulation of vascular permeability / response to arsenic-containing substance / response to angiotensin / negative regulation of non-canonical NF-kappaB signal transduction / Neutrophil degranulation / positive regulation of cardiac muscle cell apoptotic process / protein autoprocessing / cytoskeletal protein binding / protein catabolic process / cellular response to hydrogen peroxide / presynapse / peptidase activity / postsynapse / lysosome / postsynaptic density / glutamatergic synapse / calcium ion binding / enzyme binding / mitochondrion / proteolysis / membrane / plasma membrane / cytosol / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Calpain subdomain III / : / Peptidase C2, calpain, domain III / calpain_III / Peptidase C2, calpain, large subunit, domain III / Peptidase C2, calpain family / Calpain large subunit, domain III superfamily / Calpain large subunit, domain III / Peptidase C2, calpain, catalytic domain / Calpain family cysteine protease ...Calpain subdomain III / : / Peptidase C2, calpain, domain III / calpain_III / Peptidase C2, calpain, large subunit, domain III / Peptidase C2, calpain family / Calpain large subunit, domain III superfamily / Calpain large subunit, domain III / Peptidase C2, calpain, catalytic domain / Calpain family cysteine protease / Cysteine proteinase, calpain-type, catalytic domain profile. / Calpain-like thiol protease family. / EF-hand domain pair / Cysteine proteinases / Cysteine peptidase, cysteine active site / Eukaryotic thiol (cysteine) proteases cysteine active site. / Cathepsin B; Chain A / Papain-like cysteine peptidase superfamily / EF-Hand 1, calcium-binding site / EF-hand calcium-binding domain. / EF-hand calcium-binding domain profile. / EF-hand domain / EF-hand domain pair / Alpha-Beta Complex / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-D7G / Calpain-1 catalytic subunit
類似検索 - 構成要素
生物種Rattus norvegicus (ドブネズミ)
手法X線回折 / 分子置換 / 解像度: 1.61 Å
データ登録者Cuerrier, D. / Moldoveanu, T. / Davies, P.L. / Campbell, R.L.
引用ジャーナル: Biochemistry / 年: 2006
タイトル: Calpain Inhibition by alpha-Ketoamide and Cyclic Hemiacetal Inhibitors Revealed by X-ray Crystallography
著者: Cuerrier, D. / Moldoveanu, T. / Inoue, J. / Davies, P.L. / Campbell, R.L.
履歴
登録2006年3月2日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02006年6月6日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年5月1日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32017年10月18日Group: Refinement description / カテゴリ: software / Item: _software.classification / _software.name
改定 1.42023年8月30日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
改定 1.52024年10月30日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Calpain-1 catalytic subunit
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)39,3764
ポリマ－38,8051
非ポリマー5723
水4,378243
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)40.572, 70.400, 110.895
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

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要素

#1: タンパク質 Calpain-1 catalytic subunit / Calpain-1 large subunit / Calcium-activated neutral proteinase 1 / CANP 1 / Calpain mu-type / ...Calpain-1 large subunit / Calcium-activated neutral proteinase 1 / CANP 1 / Calpain mu-type / muCANP / Micromolar-calpain


分子量: 38804.551 Da / 分子数: 1 / 断片: residues 27-356 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Rattus norvegicus (ドブネズミ) / 遺伝子: Capn1, Cls1 / プラスミド: pET24d / 生物種 (発現宿主): Escherichia coli / 発現宿主: Escherichia coli BL21 (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 / 参照: UniProt: P97571, calpain-1
#2: 化合物 ChemComp-CA / CALCIUM ION / カルシウムジカチオン


分子量: 40.078 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Ca
#3: 化合物 ChemComp-D7G / ((1S)-1-((((1S)-1-BENZYL-3-(CYCLOPROPYLAMINO)-2,3-DIOXOPROPYL)AMINO)CARBONYL)-3-METHYLBUTYL)CARBAMIC ACID 5-METHOXY-3-OXAPENTYL ESTER / SNJ-1945 / SNJ-1945


分子量: 491.577 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C25H37N3O7
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 243 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.04 Å3/Da / 溶媒含有率: 39.71 %
結晶化温度: 298 K / pH: 6.25
詳細: 1.4 M NaCl, 10 mM CaCl2, 0.1 M MES, pH 6.25, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU RU200 / 波長: 1.5418
検出器タイプ: MARRESEARCH / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 2005年5月6日 / 詳細: OSMIC CONFOCAL MIRROR
放射モノクロメーター: OSMIC CONFOCAL MIRRORS / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.5418 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.61→15.46 Å / Num. obs: 39736 / % possible obs: 93.9 % / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 3.6 % / Biso Wilson estimate: 16.4 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.069 / Rsym value: 0.069 / Net I/σ(I): 7.8
反射 シェル解像度: 1.6→1.69 Å / 冗長度: 3.7 % / Rmerge(I) obs: 0.297 / Mean I/σ(I) obs: 2.5 / Rsym value: 0.297 / % possible all: 82.9

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位相決定

Phasing MRRfactor: 0.384 / Cor.coef. Fo:Fc: 0.596
最高解像度最低解像度
Rotation3 Å15.45 Å
Translation3 Å15.45 Å

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
SCALAデータスケーリング
MOLREP位相決定
REFMAC精密化
PDB_EXTRACT1.701データ抽出
MAR345データ収集
CCP4(SCALA)データスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 1KXR, CHAIN A

1kxr


解像度: 1.61→15.46 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.942 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.926 / SU B: 1.765 / SU ML: 0.064 / Isotropic thermal model: isotropic / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.11 / ESU R Free: 0.106 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.229 2013 5.1 %RANDOM
Rwork0.197 ---
obs0.198 39696 95.1 %-
all-41737 --
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 15.96 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--0.28 Å20 Å20 Å2
2--0.32 Å20 Å2
3----0.04 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.61→15.46 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2639 0 47 243 2929
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0110.0222753
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.2681.9553734
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg5.9595321
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg36.53624.453137
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg12.93815461
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg18.8371515
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0890.2405
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0060.022097
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined0.2170.21373
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined0.3140.21904
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined0.1250.2232
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined0.0860.25
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined0.1780.282
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined0.1640.223
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it0.8681.51642
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it1.45822607
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it1.90331280
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it3.0714.51124
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
LS精密化 シェル解像度: 1.61→1.66 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.364 159 -
Rwork0.314 2715 -
obs--94.63 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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