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- PDB-2g5f: The structure of MbtI from Mycobacterium Tuberculosis, the first ... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2g5f
タイトルThe structure of MbtI from Mycobacterium Tuberculosis, the first enzyme in the synthesis of Mycobactin, reveals it to be a salicylate synthase
要素COG0147: Anthranilate/para-aminobenzoate synthases component I
キーワードBIOSYNTHETIC PROTEIN / Beta Sandwhich / Structural Genomics / PSI / Protein Structure Initiative / TB Structural Genomics Consortium / TBSGC
機能・相同性
機能・相同性情報


isochorismate lyase / isochorismate pyruvate lyase activity / catechol-containing siderophore biosynthetic process / iron acquisition from host / isochorismate synthase / oxo-acid-lyase activity / isochorismate synthase activity / salicylic acid biosynthetic process / cellular response to iron ion starvation / chorismate mutase ...isochorismate lyase / isochorismate pyruvate lyase activity / catechol-containing siderophore biosynthetic process / iron acquisition from host / isochorismate synthase / oxo-acid-lyase activity / isochorismate synthase activity / salicylic acid biosynthetic process / cellular response to iron ion starvation / chorismate mutase / chorismate mutase activity / L-tryptophan biosynthetic process / magnesium ion binding / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
Salicylate synthase / Anthranilate synthase / Anthranilate synthase / Anthranilate synthase component I-like / ADC synthase / Chorismate-utilising enzyme, C-terminal / chorismate binding enzyme / 4-Layer Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
IMIDAZOLE / PYRUVIC ACID / Salicylate synthase / Salicylate synthase
類似検索 - 構成要素
生物種Mycobacterium tuberculosis (結核菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 多波長異常分散 / 解像度: 1.8 Å
データ登録者Harrison, A.J. / Lott, J.S. / Yu, M. / Ramsay, R. / Baker, E.N. / TB Structural Genomics Consortium (TBSGC)
引用ジャーナル: J.Bacteriol. / 年: 2006
タイトル: The Structure of MbtI from Mycobacterium tuberculosis, the First Enzyme in the Biosynthesis of the Siderophore Mycobactin, Reveals It To Be a Salicylate Synthase
著者: Harrison, A.J. / Gardenborg, T. / Yu, M. / Middleditch, M. / Ramsay, R.J. / Baker, E.N. / Lott, J.S.
履歴
登録2006年2月22日登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02006年9月5日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年5月1日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Source and taxonomy / Version format compliance
改定 2.02023年11月15日Group: Atomic model / Data collection ...Atomic model / Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: atom_site / chem_comp_atom ...atom_site / chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _atom_site.auth_atom_id / _atom_site.label_atom_id ..._atom_site.auth_atom_id / _atom_site.label_atom_id / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: COG0147: Anthranilate/para-aminobenzoate synthases component I
B: COG0147: Anthranilate/para-aminobenzoate synthases component I
C: COG0147: Anthranilate/para-aminobenzoate synthases component I
D: COG0147: Anthranilate/para-aminobenzoate synthases component I
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)196,12216
ポリマ－195,1174
非ポリマー1,00512
水17,889993
1
A: COG0147: Anthranilate/para-aminobenzoate synthases component I
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)49,0284
ポリマ－48,7791
非ポリマー2493
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
B: COG0147: Anthranilate/para-aminobenzoate synthases component I
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)48,9593
ポリマ－48,7791
非ポリマー1802
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
3
C: COG0147: Anthranilate/para-aminobenzoate synthases component I
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)49,1025
ポリマ－48,7791
非ポリマー3224
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
4
D: COG0147: Anthranilate/para-aminobenzoate synthases component I
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)49,0324
ポリマ－48,7791
非ポリマー2533
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)51.820, 163.370, 194.930
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number19
Space group name H-MP212121
詳細The molecule runs as a monomer on size exclusion chromatography.

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要素

#1: タンパク質
COG0147: Anthranilate/para-aminobenzoate synthases component I / MbtI Salicylate synthase


分子量: 48779.172 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Mycobacterium tuberculosis (結核菌)
株: H37Rv / 遺伝子: MbtI / プラスミド: pEt42a / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): Bl21 (DE3) pRI/L / 参照: UniProt: Q7D785, UniProt: P9WFX1*PLUS
#2: 化合物 ChemComp-PYR / PYRUVIC ACID / ピルビン酸


分子量: 88.062 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H4O3
#3: 化合物
ChemComp-IMD / IMIDAZOLE / 1H-イミダゾ-ル-3-カチオン


分子量: 69.085 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H5N2
#4: 化合物
ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル


分子量: 92.094 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 993 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 2

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.11 Å3/Da / 溶媒含有率: 41.8 %
結晶化温度: 316 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 6
詳細: 15% PEG 4000, 0.2M Immadazole/malate, pH 6.0, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 316K

-
データ収集

回折
ID平均測定温度 (K)Crystal-ID
11001
21001
放射光源
由来サイトビームラインID波長 (Å)
シンクロトロンESRF ID14-410.9393
シンクロトロンALS 5.0.220.9796, 0.9797
検出器
タイプID検出器日付
ADSC QUANTUM 41CCD2003年7月4日
ADSC QUANTUM 3152CCD2004年1月10日
放射プロトコル: MAD / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長
ID波長 (Å)相対比
10.93931
20.97961
30.97971
反射解像度: 1.8→50 Å / Num. all: 154253 / Num. obs: 154236 / % possible obs: 26 % / Observed criterion σ(F): 23.06 / Observed criterion σ(I): 4.75
反射 シェル解像度: 1.8→1.9 Å / % possible all: 97.6

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
CNS精密化
PDB_EXTRACT1.701データ抽出
MOSFLMデータ削減
CCP4(SCALA)データスケーリング
SHARP位相決定
精密化構造決定の手法: 多波長異常分散 / 解像度: 1.8→50 Å / FOM work R set: 0.846 / σ(F): 0 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.24 15321 9.9 %Random
Rwork0.205 ---
all0.208 153352 --
obs0.208 153352 99.4 %-
溶媒の処理Bsol: 43.448 Å2
原子変位パラメータBiso mean: 23.685 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--0.133 Å20 Å20 Å2
2---0.294 Å20 Å2
3---0.427 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.8→50 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数13110 0 68 993 14171
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONc_mcangle_it1.5
X-RAY DIFFRACTIONc_mcbond_it2
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 50

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkNum. reflection obs
1.8-1.810.3193080.28926032911
1.81-1.820.3142820.2727022984
1.82-1.840.3013130.27626492962
1.84-1.850.2922910.26426572948
1.85-1.860.2932810.25226682949
1.86-1.880.2743310.24526472978
1.88-1.890.2953240.24227103034
1.89-1.910.2692850.24127393024
1.91-1.920.2663030.23627093012
1.92-1.940.283080.22526712979
1.94-1.960.2593010.22527193020
1.96-1.970.2562870.21327873074
1.97-1.990.2423090.21627683077
1.99-2.010.2572770.21527062983
2.01-2.030.2612990.21427603059
2.03-2.050.2593010.2127533054
2.05-2.070.2443150.20227763091
2.07-2.090.2612910.21227353026
2.09-2.110.252970.21127383035
2.11-2.130.2492960.21427393035
2.13-2.160.2342890.19928203109
2.16-2.180.263190.20227073026
2.18-2.210.2522930.20727613054
2.21-2.240.2453200.20527803100
2.24-2.270.2592960.20627543050
2.27-2.30.2532930.20427473040
2.3-2.330.2453040.20127813085
2.33-2.370.2453120.20227693081
2.37-2.40.2482970.19727413038
2.4-2.440.2523140.20627793093
2.44-2.490.2423230.19927433066
2.49-2.530.2572970.21127633060
2.53-2.580.2513160.21327693085
2.58-2.630.2473200.2127513071
2.63-2.690.2552940.21528073101
2.69-2.750.2623150.21627593074
2.75-2.820.2383320.20827503082
2.82-2.90.2543210.21727833104
2.9-2.980.2422930.20927693062
2.98-3.080.253130.21127883101
3.08-3.190.2432940.21528003094
3.19-3.320.2442960.20328053101
3.32-3.470.2313060.18828323138
3.47-3.650.23310.18827823113
3.65-3.880.2153070.18528133120
3.88-4.180.1983170.17528113128
4.18-4.60.1973200.1728423162
4.6-5.260.1973060.18628813187
5.26-6.630.2773240.24928993223
6.63-500.010.2223600.19130093369
Xplor file
Refine-IDSerial noParam fileTopol file
X-RAY DIFFRACTION1protein_rep.paramprotein.top
X-RAY DIFFRACTION2dna-rna_rep.paramdna-rna.top
X-RAY DIFFRACTION3water_rep.paramwater.top
X-RAY DIFFRACTION4glyparam.paramion.top
X-RAY DIFFRACTION5cis_peptide.paramglytopology.top
X-RAY DIFFRACTION6imdparam.paramimdtopology.top
X-RAY DIFFRACTION7imdparam.paramimdtopology.top

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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