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- PDB-2g4b: Structure of U2AF65 variant with polyuridine tract -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2g4b
タイトルStructure of U2AF65 variant with polyuridine tract
要素
  • 5'-R(P*UP*UP*UP*UP*UP*UP*U)-3'
  • Splicing factor U2AF 65 kDa subunit
キーワードRNA Binding Protein/RNA / protein-RNA complex / RNA splicing factor / RNA recognition motif / RNA Binding Protein-RNA COMPLEX
機能・相同性
機能・相同性情報


U2AF complex / poly-pyrimidine tract binding / pre-mRNA 3'-splice site binding / mRNA 3'-end processing / C2H2 zinc finger domain binding / commitment complex / Transport of Mature mRNA derived from an Intron-Containing Transcript / RNA Polymerase II Transcription Termination / U2-type prespliceosome / molecular function inhibitor activity ...U2AF complex / poly-pyrimidine tract binding / pre-mRNA 3'-splice site binding / mRNA 3'-end processing / C2H2 zinc finger domain binding / commitment complex / Transport of Mature mRNA derived from an Intron-Containing Transcript / RNA Polymerase II Transcription Termination / U2-type prespliceosome / molecular function inhibitor activity / spliceosomal complex assembly / Protein hydroxylation / negative regulation of mRNA splicing, via spliceosome / negative regulation of protein ubiquitination / mRNA Splicing - Major Pathway / positive regulation of RNA splicing / spliceosomal complex / mRNA splicing, via spliceosome / mRNA processing / nuclear speck / enzyme binding / RNA binding / nucleoplasm / nucleus
類似検索 - 分子機能
U2 snRNP auxilliary factor, large subunit, splicing factor / RRM (RNA recognition motif) domain / RNA recognition motif / RNA recognition motif / Eukaryotic RNA Recognition Motif (RRM) profile. / RNA recognition motif domain / RNA-binding domain superfamily / Nucleotide-binding alpha-beta plait domain superfamily / Alpha-Beta Plaits / 2-Layer Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
1,4-DIETHYLENE DIOXIDE / RNA / Splicing factor U2AF 65 kDa subunit
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.5 Å
データ登録者Sickmier, E.A. / Kielkopf, C.L.
引用
ジャーナル: Mol.Cell / 年: 2006
タイトル: Structural basis of polypyrimidine tract recognition by the essential splicing factor U2AF65.
著者: Sickmier, E.A. / Frato, K.E. / Paranawithana, S. / Shen, H. / Green, M.R. / Kielkopf, C.L.
#1: ジャーナル: Acta Crystallogr.,Sect.F / 年: 2006
タイトル: Crystallization and preliminary X-ray analysis of a U2AF65 variant in complex with a polypyrimidine-tract analogue by use of protein engineering.
著者: Sickmier, E.A. / Frato, K.E. / Kielkopf, C.L.
履歴
登録2006年2月21日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02006年7月25日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年5月1日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32017年8月16日Group: Refinement description / Source and taxonomy / カテゴリ: entity_src_gen / software
改定 1.42018年1月31日Group: Database references / カテゴリ: citation_author / Item: _citation_author.name
改定 1.52023年8月30日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
B: 5'-R(P*UP*UP*UP*UP*UP*UP*U)-3'
A: Splicing factor U2AF 65 kDa subunit
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)21,1083
ポリマ－21,0202
非ポリマー881
水54030
1
B: 5'-R(P*UP*UP*UP*UP*UP*UP*U)-3'
A: Splicing factor U2AF 65 kDa subunit
ヘテロ分子

B: 5'-R(P*UP*UP*UP*UP*UP*UP*U)-3'
A: Splicing factor U2AF 65 kDa subunit
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)42,2166
ポリマ－42,0404
非ポリマー1762
水724
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation5_565y,-x+y+1,z+1/61
単位格子
Length a, b, c (Å)129.388, 129.388, 62.645
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number179
Space group name H-MP6522
詳細The second part of the biological assembly is generated by the following six-fold axis: MATRIX 0.5001393 0.8659449 0.0003453 -0.8659446 0.5001394 -0.0007568 -0.0008280 0.0000795 0.9999996 TRANSLATION 129.3170471 -0.0240173 -10.3325310

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要素

#1: RNA鎖 5'-R(P*UP*UP*UP*UP*UP*UP*U)-3'


分子量: 2098.203 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 詳細: polypyrimidine tract
#2: タンパク質 Splicing factor U2AF 65 kDa subunit / U2 auxiliary factor 65 kDa subunit / U2 snRNP auxiliary factor large subunit / hU2AF65


分子量: 18921.586 Da / 分子数: 1 / Fragment: RNA binding domain / Mutation: deletion of residues 238-258 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: U2AF65 / プラスミド: pGEX-6p / 生物種 (発現宿主): Escherichia coli / 発現宿主: Escherichia coli BL21 (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 / 参照: UniProt: P26368
#3: 化合物 ChemComp-DIO / 1,4-DIETHYLENE DIOXIDE / 1,4-ジオキサン


分子量: 88.105 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C4H8O2
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 30 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.6 Å3/Da / 溶媒含有率: 65.83 %
結晶化温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6.5
詳細: .6 M ammonium sulfate, 100 mM 2-(N-morpholino) ethanesulfonic acid, sodium salt (MES) pH 6.5, 10% dioxane, 200 mM non-detergent sulfobetaine (NDSB) 195 , VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 277K
溶液の組成
ID名称Crystal-IDSol-ID
1ammonium sulfate11
22-(N-morpholino) ethanesulfonic acid11
3MES11
4dioxane11
5NDSB11
6H2O11
7ammonium sulfate12
82-(N-morpholino) ethanesulfonic acid12
9MES12
10dioxane12
11NDSB12

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: NSLS / ビームライン: X8C / 波長: 1 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 4 / 検出器: CCD / 日付: 2005年4月6日
放射モノクロメーター: parabolic collimating mirror placed upstream of the monochromator
プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.5→20 Å / Num. all: 11182 / Num. obs: 11182 / % possible obs: 99.7 % / Observed criterion σ(F): -1 / Observed criterion σ(I): -1
反射 シェル解像度: 2.5→2.59 Å / % possible all: 99.7

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解析

ソフトウェア
名称分類
HKL-2000データ収集
SCALEPACKデータスケーリング
CNS精密化
HKL-2000データ削減
CNS位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB Entry: 2FZR

2fzr
PDB 未公開エントリ


解像度: 2.5→20 Å / σ(F): 0 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber
Rfactor反射数Selection details
Rfree0.276 996 random
Rwork0.261 --
all0.306 11137 -
obs0.262 9684 -
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.5→20 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1342 141 6 30 1519
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d0.007
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg1.51032

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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