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- PDB-2g37: Structure of Thermus thermophilus L-proline dehydrogenase -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2g37
タイトルStructure of Thermus thermophilus L-proline dehydrogenase
要素proline dehydrogenase/delta-1-pyrroline-5-carboxylate dehydrogenase
キーワードOXIDOREDUCTASE / BETA8-ALPHA8-BARREL / flavoenzyme
機能・相同性
機能・相同性情報


proline catabolic process / proline dehydrogenase / proline dehydrogenase activity / proline catabolic process to glutamate / FAD binding / protein homodimerization activity
類似検索 - 分子機能
Single alpha-helices involved in coiled-coils or other helix-helix interfaces - #3270 / Proline dehydrogenase, bacteria and archaea / Proline oxidase family / TIM Barrel - #220 / Proline dehydrogenase domain / Proline dehydrogenase / FAD-linked oxidoreductase-like / Single alpha-helices involved in coiled-coils or other helix-helix interfaces / Helix non-globular / Special ...Single alpha-helices involved in coiled-coils or other helix-helix interfaces - #3270 / Proline dehydrogenase, bacteria and archaea / Proline oxidase family / TIM Barrel - #220 / Proline dehydrogenase domain / Proline dehydrogenase / FAD-linked oxidoreductase-like / Single alpha-helices involved in coiled-coils or other helix-helix interfaces / Helix non-globular / Special / TIM Barrel / Alpha-Beta Barrel / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
FLAVIN-ADENINE DINUCLEOTIDE / : / Proline dehydrogenase
類似検索 - 構成要素
生物種Thermus thermophilus (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 単波長異常分散 / 解像度: 2 Å
データ登録者Tanner, J.J. / White, T.A.
引用ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 2007
タイトル: Structure and Kinetics of Monofunctional Proline Dehydrogenase from Thermus thermophilus.
著者: White, T.A. / Krishnan, N. / Becker, D.F. / Tanner, J.J.
履歴
登録2006年2月17日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02007年2月27日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年5月1日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Advisory / Source and taxonomy / Version format compliance
改定 1.32024年2月14日Group: Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
Remark 300Authors state that the true biological unit for the protein is not yet known and at this time their ...Authors state that the true biological unit for the protein is not yet known and at this time their data supports both monomer and dimer in solution

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: proline dehydrogenase/delta-1-pyrroline-5-carboxylate dehydrogenase
B: proline dehydrogenase/delta-1-pyrroline-5-carboxylate dehydrogenase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)78,1368
ポリマ－76,0922
非ポリマー2,0446
水4,504250
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)82.067, 89.590, 94.316
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number19
Space group name H-MP212121
詳細Data suggests monomer or dimer.

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要素

#1: タンパク質 proline dehydrogenase/delta-1-pyrroline-5-carboxylate dehydrogenase


分子量: 38045.852 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Thermus thermophilus (バクテリア)
株: HB27
遺伝子: proline dehydrogenase/delta-1-pyrroline-5-carboxylate dehydrogenase
プラスミド: PKA8H / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3)PLYSS
参照: GenBank: 46199516, UniProt: Q72IB8*PLUS, EC: 1.5.99.8
#2: 化合物 ChemComp-FAD / FLAVIN-ADENINE DINUCLEOTIDE / FAD


分子量: 785.550 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C27H33N9O15P2 / コメント: FAD*YM
#3: 化合物
ChemComp-MPD / (4S)-2-METHYL-2,4-PENTANEDIOL / (S)-2-メチル-2,4-ペンタンジオ-ル


分子量: 118.174 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C6H14O2 / コメント: 沈殿剤*YM
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 250 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.28 Å3/Da / 溶媒含有率: 45.99 %
結晶化温度: 295 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7
詳細: 100 mM MgCl2, 100 mM imidazole pH 7.0, 16% MPD, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 295K

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データ収集

回折平均測定温度: 173 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ALS / ビームライン: 4.2.2 / 波長: 0.97932 Å
検出器タイプ: NOIR-1 / 検出器: CCD / 日付: 2005年1月23日 / 詳細: beamline optics
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97932 Å / 相対比: 1
Reflection冗長度: 6.24 % / Av σ(I) over netI: 13.6 / 数: 294280 / Rmerge(I) obs: 0.079 / Χ2: 0.96 / D res high: 2 Å / D res low: 47.16 Å / Num. obs: 46775 / % possible obs: 98
Diffraction reflection shell

ID: 1

最高解像度 (Å)最低解像度 (Å)Num. obs% possible obs (%)Rmerge(I) obsChi squaredRedundancyRejects
4.3147.16503099.90.0430.937.02252
3.424.3148391000.0480.857.35196
2.993.4247901000.0780.97.38319
2.712.9947471000.1190.997.36427
2.522.7147591000.1510.967.41264
2.372.5247201000.2030.987.34253
2.252.3747121000.2660.996.28186
2.152.25468499.40.2880.994.7134
2.072.15444994.20.31813.7852
22.07404586.30.3991.123.12126
反射解像度: 2→47.16 Å / Num. obs: 46775 / % possible obs: 98 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 6.24 % / Rmerge(I) obs: 0.079 / Χ2: 0.96 / Net I/σ(I): 13.6 / Scaling rejects: 2209
反射 シェル解像度: 2→2.07 Å / % possible obs: 86.3 % / 冗長度: 3.12 % / Rmerge(I) obs: 0.399 / Mean I/σ(I) obs: 3 / Num. measured all: 12732 / Num. unique obs: 4045 / Χ2: 1.12

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
d*TREK9.2LDzデータスケーリング
REFMAC精密化
PDB_EXTRACT1.701データ抽出
Blu-Iceデータ収集
SOLVE位相決定
精密化構造決定の手法: 単波長異常分散 / 解像度: 2→47.16 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.95 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.931 / SU B: 7.805 / SU ML: 0.116 / TLS residual ADP flag: LIKELY RESIDUAL / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.182 / ESU R Free: 0.162 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.231 2356 5 %RANDOM
Rwork0.19 ---
all0.192 ---
obs0.192 46715 98 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 15.526 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--0.32 Å20 Å20 Å2
2---0.85 Å20 Å2
3---1.17 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2→47.16 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数4796 0 138 250 5184
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0140.0225044
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.5422.0276848
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg5.8725590
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg29.35121.814237
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg15.33315857
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg17.8911562
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0950.2740
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0070.023803
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined0.20.22327
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined0.3030.23443
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined0.1390.2352
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined0.1440.246
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined0.0880.27
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it0.7151.53039
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it1.11224707
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it1.96932457
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it3.1844.52141
LS精密化 シェル解像度: 2→2.052 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.362 151 -
Rwork0.242 2819 -
obs-2970 84.95 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
11.5209-0.13780.67482.4799-0.09041.0344-0.0081-0.0805-0.10810.0650.00380.16280.1063-0.11210.0043-0.1252-0.0086-0.0305-0.0968-0.015-0.14220.72148.269.7188
21.2417-0.09380.50212.2397-0.25921.7803-0.0143-0.04790.3203-0.0534-0.05570.1132-0.2351-0.19180.07-0.11180.0191-0.0246-0.0893-0.0365-0.043826.314252.09268.9222
精密化 TLSグループ

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Selection: ALL

IDRefine TLS-IDAuth asym-IDLabel asym-IDAuth seq-IDLabel seq-ID
11AA5 - 29625 - 316
22BB-5 - 29415 - 314

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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