[日本語] English
万見
- PDB-2g33: Human Hepatitis B Virus T=4 capsid, strain adyw -

+
データを開く


IDまたはキーワード:

読み込み中...

-
基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2g33
タイトルHuman Hepatitis B Virus T=4 capsid, strain adyw
要素Core antigen
キーワードVIRUS / capsid / hepadnavirus / four-helix bundle / icosahedral
機能・相同性
機能・相同性情報


microtubule-dependent intracellular transport of viral material towards nucleus / T=4 icosahedral viral capsid / viral penetration into host nucleus / host cell / host cell cytoplasm / symbiont entry into host cell / structural molecule activity / DNA binding / RNA binding / identical protein binding
類似検索 - 分子機能
Hepatitis B viral capsid (hbcag) fold / Viral capsid, core domain supefamily, Hepatitis B virus / Hepatitis core antigen / Viral capsid core domain supefamily, Hepatitis B virus / Hepatitis core antigen / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
生物種Hepatitis B virus subtype adyw (ウイルス)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 3.96 Å
データ登録者Bourne, C.R. / Zlotnick, A.
引用ジャーナル: J.Virol. / 年: 2006
タイトル: Global Structural Changes in Hepatitis B Virus Capsids Induced by the Assembly Effector HAP1.
著者: Bourne, C.R. / Finn, M.G. / Zlotnick, A.
履歴
登録2006年2月17日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02006年11月14日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年5月1日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32017年10月18日Group: Refinement description / カテゴリ: software
改定 1.42021年10月20日Group: Database references / カテゴリ: database_2 / struct_ref_seq_dif
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details
改定 1.52023年8月30日Group: Data collection / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_oper_list
Item: _pdbx_struct_oper_list.name / _pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation / _pdbx_struct_oper_list.type

-
構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

-
集合体

登録構造単位
C: Core antigen
D: Core antigen
B: Core antigen
A: Core antigen


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)67,1644
ポリマ－67,1644
非ポリマー00
水00
1
C: Core antigen
D: Core antigen
B: Core antigen
A: Core antigen
x 60


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)4,029,865240
ポリマ－4,029,865240
非ポリマー00
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
point symmetry operation59
2


  • 登録構造と同一
  • icosahedral asymmetric unit
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
3
C: Core antigen
D: Core antigen
B: Core antigen
A: Core antigen
x 5


  • icosahedral pentamer
  • 336 kDa, 20 ポリマー
分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)335,82220
ポリマ－335,82220
非ポリマー00
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
point symmetry operation4
4
C: Core antigen
D: Core antigen
B: Core antigen
A: Core antigen
x 6


  • icosahedral 23 hexamer
  • 403 kDa, 24 ポリマー
分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)402,98624
ポリマ－402,98624
非ポリマー00
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
point symmetry operation5
5


  • 登録構造と同一（異なる座標系）
  • icosahedral asymmetric unit, std point frame
タイプ名称対称操作数
transform to point frame1
6
C: Core antigen
D: Core antigen
B: Core antigen
A: Core antigen
x 60


  • crystal asymmetric unit, crystal frame
  • 4.03 MDa, 240 ポリマー
分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)4,029,865240
ポリマ－4,029,865240
非ポリマー00
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z2
point symmetry operation59
単位格子
Length a, b, c (Å)558.400, 327.145, 562.237
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 109.12, 90.00
Int Tables number5
Space group name H-MC121
対称性点対称性: (ヘルマン・モーガン記号: 532 / シェーンフリース記号: I (正20面体型対称))
非結晶学的対称性 (NCS)NCS oper:
IDCodeMatrixベクター
1given(1), (1), (1)
2generate(0.447239, 0.347018, 0.824315), (0.203815, 0.85788, -0.471643), (-0.870927, 0.379041, 0.312911)-57.524719, 43.58379, 174.303477
3generate(-0.44717, 0.765352, 0.462935), (0.676773, 0.627918, -0.384189), (-0.584781, 0.141557, -0.798782)75.553458, -12.960152, 295.465578
4generate(-0.447185, 0.676882, -0.584725), (0.765262, 0.627907, 0.141504), (0.462997, -0.384264, -0.798756)215.32506, -91.490006, 196.043853
5generate(0.447215, 0.203868, -0.870835), (0.346993, 0.857867, 0.378947), (0.824412, -0.471751, 0.312952)168.630503, -83.480299, 13.436082
6generate(-0.471693, 0.097649, 0.876298), (-0.481892, 0.803825, -0.348839), (-0.738475, -0.586833, -0.332132)21.614648, 91.624443, 246.470518
7generate(-0.95425, 0.252243, -0.160677), (0.252126, 0.390138, -0.885504), (-0.160617, -0.885591, -0.435888)205.746603, 93.574785, 205.482901
8generate(-0.235429, -0.175648, -0.95585), (0.96349, 0.086539, -0.253259), (0.127296, -0.980693, 0.14889)243.626923, -58.271845, 100.148122
9generate(0.691385, -0.594695, -0.41032), (0.669119, 0.31259, 0.674156), (-0.272622, -0.740711, 0.614058)82.906184, -154.068553, 76.035287
10generate(0.545367, -0.425788, 0.72201), (-0.224176, 0.755898, 0.615084), (-0.807698, -0.497293, 0.31677)-54.30502, -61.427526, 166.46761
11generate(-0.471686, -0.481809, -0.738454), (0.097557, 0.803788, -0.586825), (0.876394, -0.348916, -0.332102)236.34784, 68.879878, 94.879777
12generate(0.333985, -0.856926, -0.392646), (0.71854, 0.500979, -0.482307), (0.610081, -0.121089, 0.783071)113.767072, -3.985885, -28.628433
13generate(0.316683, -0.768076, 0.556609), (0.843523, 0.49631, 0.205101), (-0.433827, 0.404648, 0.805041)-11.233091, -107.553197, 67.491548
14generate(-0.499681, -0.338045, 0.797474), (0.299785, 0.796232, 0.525424), (-0.812685, 0.501742, -0.296555)34.09322, -98.695594, 250.405249
15generate(-0.98692, -0.161122, -0.002919), (-0.161248, 0.986267, 0.035988), (-0.002924, 0.036014, -0.999348)187.106625, 10.345966, 267.332031
16generate(-0.789356, 0.538714, 0.294539), (0.538635, 0.377535, 0.75316), (0.294521, 0.753224, -0.588179)129.886877, -152.239005, 185.555224
17generate(-0.499755, 0.299878, -0.812594), (-0.338103, 0.796278, 0.501615), (0.797503, 0.525435, -0.296523)250.11278, -35.490715, 98.919526
18generate(0.545322, -0.224173, -0.80766), (-0.42579, 0.755922, -0.497303), (0.722017, 0.615115, 0.31679)150.292601, 106.096774, 24.258877
19generate(0.901615, -0.309219, 0.302522), (0.396754, 0.312237, -0.863121), (0.172383, 0.898326, 0.404182)-31.625573, 76.854295, 64.751646
20generate(0.076739, 0.162271, 0.983718), (0.992802, 0.078381, -0.090293), (-0.091824, 0.983683, -0.155119)-44.236929, -82.80586, 164.438328
21generate(-0.104776, 0.183107, -0.97746), (-0.99219, -0.08591, 0.090157), (-0.06754, 0.979382, 0.190687)234.779461, 79.626631, 115.966154
22generate(0.841759, -0.249778, -0.478588), (-0.539777, -0.383833, -0.749148), (0.003332, 0.889038, -0.457926)78.412198, 148.672569, 195.773963
23generate(0.742375, -0.103583, 0.661926), (0.332814, -0.800557, -0.49833), (0.581512, 0.590274, -0.559852)-64.315693, 32.414943, 154.511735
24generate(-0.265583, 0.419655, 0.86793), (0.419692, -0.760184, 0.495989), (0.867974, 0.495971, 0.025767)3.840899, -108.482384, 49.202327
25generate(-0.789152, 0.596837, -0.145268), (-0.399206, -0.318507, 0.859693), (0.466838, 0.736454, 0.489625)188.692083, -79.303779, 25.379872
26generate(0.683015, 0.71056, 0.168956), (0.44283, -0.21885, -0.869429), (-0.580915, 0.668755, -0.464165)8.376532, 72.53032, 251.240222
27generate(0.303147, 0.910638, 0.280757), (0.910659, -0.363633, 0.196197), (0.280751, 0.196188, -0.939514)29.504707, -114.026637, 232.898371
28generate(0.076661, 0.992838, -0.091756), (0.162294, 0.078426, 0.983567), (0.983799, -0.090387, -0.155088)100.692361, -148.062587, 61.538166
29generate(0.316555, 0.843563, -0.433784), (-0.768048, 0.496416, 0.404561), (0.556642, 0.205067, 0.805063)123.560587, 17.459002, -26.02654
30generate(0.691303, 0.669105, -0.272656), (-0.594668, 0.312689, -0.740655), (-0.410404, 0.674244, 0.614042)66.506324, 153.793063, 91.215893
31generate(0.191954, -0.293131, -0.936566), (0.487989, -0.799564, 0.350153), (-0.851517, -0.524251, -0.010424)200.651141, -95.495155, 214.243593
32generate(0.841788, -0.539862, 0.003423), (-0.249674, -0.383868, 0.888932), (-0.478603, -0.749189, -0.45792)13.586204, -97.381663, 238.560947
33generate(0.263468, -0.169728, 0.949593), (-0.9641, -0.07901, 0.253395), (0.032069, -0.982373, -0.184458)-57.77014, 55.194679, 153.622885
34generate(-0.743788, 0.305759, 0.594369), (-0.667977, -0.306292, -0.678169), (-0.025231, -0.901552, 0.432046)85.19415, 151.378627, 76.810927
35generate(0.683018, 0.442806, -0.580806), (0.710611, -0.218883, 0.668653), (0.169011, -0.869545, -0.464135)108.083655, -158.069327, 178.26228
36generate(0.901565, 0.396744, 0.172435), (-0.309148, 0.312268, 0.898231), (0.30259, -0.863248, 0.404201)-13.144432, -91.938031, 49.741359
37generate(0.333899, 0.718579, 0.610009), (-0.856915, 0.50108, -0.121049), (-0.392645, -0.482353, 0.783055)-17.659073, 96.020487, 65.1651
38generate(-0.235484, 0.963548, 0.127203), (-0.175693, 0.086622, -0.980576), (-0.955903, -0.253243, 0.148862)100.778744, 146.053983, 203.218464
39generate(-0.019717, 0.793112, -0.608761), (0.793092, -0.358339, -0.492513), (-0.60878, -0.492542, -0.621944)178.491957, -10.982289, 273.116413
40generate(-0.106649, 0.763472, 0.636964), (-0.723495, -0.498941, 0.476981), (0.682057, -0.410088, 0.60559)20.267123, 2.038429, -12.151865
41generate(-0.446841, 0.8594, -0.248687), (-0.840685, -0.498301, -0.211814), (-0.305966, 0.114423, 0.945141)170.702296, 105.051279, 36.296347
42generate(0.191904, 0.487941, -0.851485), (-0.293075, -0.799502, -0.524248), (-0.93667, 0.350236, -0.010435)190.515498, 94.773736, 223.625754
43generate(0.92686, 0.162438, -0.338384), (0.162557, -0.986296, -0.028547), (-0.338445, -0.028531, -0.940564)52.325572, -14.591079, 290.953399
44generate(0.742344, 0.332726, 0.581528), (-0.103458, -0.800538, 0.590246), (0.661984, -0.49844, -0.55984)-52.89373, -71.904591, 145.234869
45generate(0.577342, -0.768206, 0.276803), (-0.7681, -0.625916, -0.134792), (0.276796, -0.134807, -0.951426)1.605148, 87.735557, 234.343652
46generate(-0.139439, -0.353763, 0.924846), (-0.353702, -0.854598, -0.380124), (0.924944, -0.38023, -0.005963)-16.839796, 81.145774, 46.708424
47generate(-0.93994, -0.001316, 0.341303), (-0.00131, -0.999972, -0.007441), (0.341368, -0.007482, 0.939912)136.967102, -2.011196, -24.109969
48generate(-0.717898, -0.197935, -0.667389), (-0.197915, -0.861135, 0.468222), (-0.667449, 0.46831, 0.579032)250.470064, -46.815333, 119.757017
49generate(0.219834, -0.671899, -0.707252), (-0.671818, -0.629956, 0.389515), (-0.707357, 0.38962, -0.589879)166.811687, 8.651168, 279.490063
50generate(-0.106549, -0.723562, 0.681969), (0.763471, -0.499031, -0.40997), (0.637003, 0.476996, 0.60558)11.921646, -19.438111, -6.523552
51generate(-0.789073, -0.39921, 0.466829), (0.596799, -0.318572, 0.736421), (-0.145305, 0.859801, 0.489612)105.385018, -156.565607, 83.177202
52generate(-0.840845, -0.439348, -0.316085), (-0.439389, 0.212938, 0.872637), (-0.316163, 0.872772, -0.372092)214.747254, -76.41995, 214.350443
53generate(-0.190318, -0.788508, -0.584813), (-0.913118, 0.360971, -0.189569), (0.36055, 0.497983, -0.788687)188.873584, 110.240589, 205.719322
54generate(0.263503, -0.964161, 0.032019), (-0.169709, -0.079051, -0.982264), (0.94964, 0.253381, -0.184451)63.52032, 145.457152, 69.211447
55generate(-0.10468, -0.992224, -0.067465), (0.183109, -0.085998, 0.979274), (-0.977535, 0.090249, 0.190677)111.407854, -149.705161, 200.207175
56generate(-0.190291, -0.913112, 0.360576), (-0.788514, 0.360956, 0.497924), (-0.584865, -0.189522, -0.788699)62.425266, 6.704801, 293.609057
57generate(-0.585248, -0.712703, 0.386632), (-0.712743, 0.224767, -0.66442), (0.386699, -0.664498, -0.639519)96.424612, 154.585648, 181.520019
58generate(-0.743735, -0.667956, -0.025307), (0.305707, -0.306355, -0.901439), (0.594488, -0.678279, 0.432056)166.420077, 89.571323, 18.843314
59generate(-0.446728, -0.84071, -0.305954), (0.859374, -0.498418, 0.11442), (-0.248656, -0.211818, 0.945146)175.680192, -98.490803, 30.392607
60generate(-0.787986, 0.229492, -0.571342), (0.229464, -0.751618, -0.618369), (-0.571317, -0.618417, 0.539605)244.907386, 58.247084, 114.276524

-
要素

#1: タンパク質
Core antigen


分子量: 16791.104 Da / 分子数: 4 / 断片: Assembly domain residues 1 to 149 / 変異: C48A, C61A, C107A / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Hepatitis B virus subtype adyw (ウイルス)
属: Orthohepadnavirus / 生物種: Hepatitis B virus / 株: adyw / 遺伝子: C / プラスミド: pET11b / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 DE3 Gold / 参照: UniProt: P03147

-
実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 6.3 Å3/Da / 溶媒含有率: 80.4 %
結晶化温度: 300 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 9.5
詳細: PEG 5000 MME, butanediol, KCl, NaCl, bicarbonate, pH 9.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 300K

-
データ収集

回折平均測定温度: 77 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 14-BM-C / 波長: 0.9 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315 / 検出器: CCD / 日付: 2004年12月18日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9 Å / 相対比: 1
反射解像度: 3.95→40 Å / Num. all: 824879 / Num. obs: 666347 / % possible obs: 81.1 % / Observed criterion σ(I): 1 / 冗長度: 2 % / Rmerge(I) obs: 0.061 / Χ2: 1.068 / Net I/σ(I): 10.5
反射 シェル解像度: 3.95→4.02 Å / % possible obs: 64.6 % / 冗長度: 1.6 % / Rmerge(I) obs: 0.482 / Mean I/σ(I) obs: 1.3 / Num. unique all: 26503 / Num. unique obs: 26503 / Rsym value: 0.482 / Χ2: 1.141 / % possible all: 64.6

-
位相決定

Phasing MRRfactor: 0.672 / Cor.coef. Fo:Fc: 0.148
最高解像度最低解像度
Rotation3 Å40 Å
Translation3 Å40 Å

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
MOLREP位相決定
CNS精密化
PDB_EXTRACT1.701データ抽出
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB entry 1QGT

1qgt


解像度: 3.96→40 Å / 交差検証法: Not applicable / σ(F): 0 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber
詳細: Refinement was limited to positional refinement and grouped B-factor refinement. This was alternated with 60-fold NCS averaging with RAVE.
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.372 6675 0.8 %Selected as thin shells; due to 60-fold NCS R-free is not applicable
Rwork0.36 ---
all-821636 --
obs-653450 79.2 %-
溶媒の処理Bsol: 10 Å2
原子変位パラメータBiso mean: 106.159 Å2
Refine analyzeLuzzati coordinate error obs: 1.08 Å / Luzzati d res low obs: 5 Å / Luzzati sigma a obs: 1.46 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 3.96→40 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数4658 0 0 0 4658
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg1.99
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d0.01
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d22.8
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d1.34
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 8

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkNum. reflection obs
3.96-4.140.4734450.485216252607
4.14-4.360.5068900.4847020471094
4.36-4.630.58900.4747611777007
4.63-4.990.4518900.4448405184941
4.99-5.490.4378900.428996290852
5.49-6.280.3948900.3979271693606
6.28-7.90.3738900.3419260093490
7.9-400.2438900.2498896389853
Xplor fileSerial no: 1 / Param file: CNS_TOPPAR:protein_rep.param

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る