PDB-2g0q: Solution structure of At5g39720.1 from Arabidopsis thaliana

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 2g0q

タイトル

Solution structure of At5g39720.1 from Arabidopsis thaliana

要素

AT5G39720.1 protein

キーワード

STRUCTURAL GENOMICS / UNKNOWN FUNCTION / At5g39720.1 / Protein Structure Initiative / PSI / Center for Eukaryotic Structural Genomics / CESG

機能・相同性

機能・相同性情報

転移酵素; アシル基を移すもの; アミノアシル基を移すもの / acyltransferase activity
類似検索 - 分子機能

生物種

Arabidopsis thaliana (シロイヌナズナ)

手法

溶液NMR / AUTOMATED METHODS WERE USED FOR BACKBONE CHEMICAL SHIFT ASSIGNMENT, ITERATIVE NOE REFINEMENT. FINAL STRUCTURES WERE OBTAINED BY MOLECULAR DYNAMICS IN EXPLICIT SOLVENT

データ登録者

Volkman, B.F. / Peterson, F.C. / Lytle, B.L. / Center for Eukaryotic Structural Genomics (CESG)

引用

ジャーナル: Acta Crystallogr.,Sect.F / 年: 2006
タイトル: Solution structure of Arabidopsis thaliana protein At5g39720.1, a member of the AIG2-like protein family.
著者: Lytle, B.L. / Peterson, F.C. / Tyler, E.M. / Newman, C.L. / Vinarov, D.A. / Markley, J.L. / Volkman, B.F.

履歴

登録	2006年2月13日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2006年2月28日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2008年5月1日	Group: Version format compliance
改定 1.2	2011年7月13日	Group: Version format compliance
改定 1.3	2022年3月9日	Group: Data collection / Database references / Derived calculations カテゴリ: database_2 / pdbx_nmr_software ...database_2 / pdbx_nmr_software / pdbx_struct_assembly / pdbx_struct_oper_list / struct_ref_seq_dif Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_nmr_software.name / _struct_ref_seq_dif.details
改定 1.4	2024年5月29日	Group: Data collection / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	2g0q.cif.gz	1 MB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb2g0q.ent.gz	882.3 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	2g0q.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	2g0q_validation.pdf.gz	350.2 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	2g0q_full_validation.pdf.gz	488.6 KB	表示
XML形式データ	2g0q_validation.xml.gz	58.1 KB	表示
CIF形式データ	2g0q_validation.cif.gz	77.7 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/g0/2g0q ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/g0/2g0q	HTTPS FTP

-
関連構造データ

類似構造データ	2kiw-d 6mbi-d 4a0j-1 1f0v-2 2hrj-d 4ec2-d 2fql-d 1uey-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索
その他のデータベース	TargetDB: GO.22446

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: AT5G39720.1 protein

20.1 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者が定義した集合体

NMR アンサンブル

	データ	基準
コンフォーマー数 (登録 / 計算)	20 / 100	target function
代表モデル	モデル #1	lowest energy

#1: タンパク質	AT5G39720.1 protein 分子量: 20126.820 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Arabidopsis thaliana (シロイヌナズナ) 解説: wheat germ cell-free, in vitro expression / 遺伝子: At5g39720.1 / プラスミド: pEU-HIS / 参照: GenBank: 15242449, UniProt: Q9FIX2*PLUS

-
実験

実験

手法: 溶液NMR

NMR実験

Conditions-ID	Experiment-ID	Solution-ID	タイプ
1	1	1	3D 15N-separated NOESY
1	2	1	3D 13C-separated NOESY
1	3	1	3D 13C-separated NOESY (AROMATIC)

NMR実験の詳細

Text: ALL TRIPLE-RESONANCE AND NOESY SPECTRA WERE ACQUIRED USING A CRYOGENIC PROBE.

-
試料調製

詳細	内容: 0.9 mM At5g39720.1 U-15N/13C, 10 mM deuterated Bis-Tris, 100 mM NaCl, 5 mM Dithiothreitol, 95% H2O, 5% D2O 溶媒系: 95% H2O/5% D2O
試料状態	イオン強度: 101 mM / pH: 7 / 圧: AMBIENT / 温度: 298 K

-
NMR測定

放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M
放射波長	相対比: 1
NMRスペクトロメーター	タイプ: Bruker DRX / 製造業者: Bruker / モデル: DRX / 磁場強度: 600 MHz

-
解析

NMR software

名称	バージョン	開発者	分類
XPLOR-NIH	2.9.3	SCHWIETERS, C.D.,KUSZEWSKI, J.J.,TJANDRA, N., CLORE, G.M.	精密化
XwinNMR	3.5		collection
NMRPipe	2004		解析
SPSCAN	1.1.0		データ解析
XEASY	1.3		データ解析
GARANT	2.1		データ解析

精密化

手法: AUTOMATED METHODS WERE USED FOR BACKBONE CHEMICAL SHIFT ASSIGNMENT, ITERATIVE NOE REFINEMENT. FINAL STRUCTURES WERE OBTAINED BY MOLECULAR DYNAMICS IN EXPLICIT SOLVENT
ソフトェア番号: 1
詳細: STRUCTURES ARE BASED ON A TOTAL OF 1989 NOE CONSTRAINTS ( 522 INTRA, 564 SEQEUNTIAL, 267 MEDIUM and 636 LONG RANGE CONSTRAINTS) AND 189 PHI AND PSI DIHEDRAL ANGLE CONSTRAINTS.

代表構造

選択基準: lowest energy

NMRアンサンブル

コンフォーマー選択の基準: target function / 計算したコンフォーマーの数: 100 / 登録したコンフォーマーの数: 20

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EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

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