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万見
- PDB-2g08: X-ray structure of mouse pyrimidine 5'-nucleotidase type 1, produ... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2g08
タイトルX-ray structure of mouse pyrimidine 5'-nucleotidase type 1, product-transition complex analog with Aluminum fluoride
要素Cytosolic 5'-nucleotidase III
キーワードHYDROLASE / UniProt Q9D020 / UMPH-1 / Cytosolic 5'-nucleotidase III / Pyrimidine 5'-nucleotidase 1 / P5n-1 / NT5C3 PROTEIN / AAH38029 / BC038029 / MM.158936 / Lead Poisoning / STRUCTURAL GENOMICS FUNCTIONAL FOLLOW-UP STUDY / PROTEIN STRUCTURE INITIATIVE / PSI / CENTER FOR EUKARYOTIC STRUCTURAL GENOMICS / CESG
機能・相同性
機能・相同性情報


Pyrimidine catabolism / CMP catabolic process / dTMP catabolic process / UMP catabolic process / dCMP catabolic process / dUMP catabolic process / 7-methylguanosine nucleotidase / adenosine metabolic process / XMP 5'-nucleosidase activity / 5'-nucleotidase ...Pyrimidine catabolism / CMP catabolic process / dTMP catabolic process / UMP catabolic process / dCMP catabolic process / dUMP catabolic process / 7-methylguanosine nucleotidase / adenosine metabolic process / XMP 5'-nucleosidase activity / 5'-nucleotidase / 5'-nucleotidase activity / transferase activity / nuclear body / nucleotide binding / magnesium ion binding / endoplasmic reticulum / mitochondrion / cytosol / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Pyrimidine 5'-nucleotidase (UMPH-1), N-terminal domain / Pyrimidine 5'-nucleotidase, eukaryotic / Pyrimidine 5'-nucleotidase (UMPH-1) / HAD superfamily/HAD-like / HAD superfamily / HAD-like superfamily / DNA polymerase; domain 1 / Rossmann fold / Orthogonal Bundle / 3-Layer(aba) Sandwich ...Pyrimidine 5'-nucleotidase (UMPH-1), N-terminal domain / Pyrimidine 5'-nucleotidase, eukaryotic / Pyrimidine 5'-nucleotidase (UMPH-1) / HAD superfamily/HAD-like / HAD superfamily / HAD-like superfamily / DNA polymerase; domain 1 / Rossmann fold / Orthogonal Bundle / 3-Layer(aba) Sandwich / Mainly Alpha / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
ALUMINUM FLUORIDE / Cytosolic 5'-nucleotidase 3A
類似検索 - 構成要素
生物種Mus musculus (ハツカネズミ)
手法X線回折 / 分子置換 / 解像度: 2.35 Å
データ登録者Bitto, E. / Bingman, C.A. / Wesenberg, G.E. / Phillips Jr., G.N. / Center for Eukaryotic Structural Genomics (CESG)
引用ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 2006
タイトル: Structure of pyrimidine 5'-nucleotidase type 1. Insight into mechanism of action and inhibition during lead poisoning.
著者: Bitto, E. / Bingman, C.A. / Wesenberg, G.E. / McCoy, J.G. / Phillips, G.N.
履歴
登録2006年2月11日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02006年4月4日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年5月1日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Advisory / Version format compliance
改定 1.32023年8月30日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_conn_type / struct_ncs_dom_lim / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.conn_type_id / _struct_conn.id / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_conn_type.id / _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
改定 1.42023年11月15日Group: Data collection / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / Item: _chem_comp_atom.atom_id / _chem_comp_bond.atom_id_2

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Cytosolic 5'-nucleotidase III
B: Cytosolic 5'-nucleotidase III
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)68,5446
ポリマ－68,3282
非ポリマー2174
水8,629479
1
A: Cytosolic 5'-nucleotidase III
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)34,2723
ポリマ－34,1641
非ポリマー1082
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
B: Cytosolic 5'-nucleotidase III
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)34,2723
ポリマ－34,1641
非ポリマー1082
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)135.044, 135.044, 39.049
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number145
Space group name H-MP32
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID詳細
11A
21B

NCSドメイン領域:

Component-ID: 1 / Ens-ID: 1 / Beg auth comp-ID: ALA / Beg label comp-ID: ALA / End auth comp-ID: LEU / End label comp-ID: LEU / Refine code: 2 / Auth seq-ID: 7 - 297 / Label seq-ID: 7 - 297

Dom-IDAuth asym-IDLabel asym-ID
1AA
2BB
詳細The biological unit is a monomer. There are 2 biological units in the asymmetric unit (chains A & B).

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要素

#1: タンパク質 Cytosolic 5'-nucleotidase III / cN-III / Pyrimidine 5'- nucleotidase 1 / P5'N-1 / P5N-1 / PN-I / Lupin


分子量: 34163.926 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Mus musculus (ハツカネズミ) / 遺伝子: NT5C3 / プラスミド: PVP 16 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): B834 P(RARE2) / 参照: UniProt: Q9D020, lysophospholipase
#2: 化合物 ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン


分子量: 24.305 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#3: 化合物 ChemComp-AF3 / ALUMINUM FLUORIDE / トリフルオロアルミニウム


分子量: 83.977 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: AlF3
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 479 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.01 Å3/Da / 溶媒含有率: 59.11 %
結晶化温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6
詳細: PROTEIN SOLUTION (10 MG/ML PROTEIN, 0.005 M BIS TRIS, 0.050 M SODIUM CHLORIDE, 0.003 M SODIUM AZIDE, 0.0003 M TCEP, PH 6.0) MIXED IN A 1:1 RATIO WITH THE WELL SOLUTION (20-25% PEG 8K, 0.10 M ...詳細: PROTEIN SOLUTION (10 MG/ML PROTEIN, 0.005 M BIS TRIS, 0.050 M SODIUM CHLORIDE, 0.003 M SODIUM AZIDE, 0.0003 M TCEP, PH 6.0) MIXED IN A 1:1 RATIO WITH THE WELL SOLUTION (20-25% PEG 8K, 0.10 M PIPES PH 6.5) CRYSTALS SOAKED FOR 20 MINUTES IN WELL SOLUTION WITH 0.060 M magnesium chloride, 0.003 M aluminum chloride, 0.050 M sodium fluoride, 0.010 M uridine, vapor diffusion, hanging drop, temperature 277K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: 回転陽極 / タイプ: BRUKER AXS MICROSTAR / 波長: 1.5418 Å
検出器タイプ: BRUKER PROTEUM-R / 検出器: CCD / 日付: 2005年12月18日 / 詳細: MONTEL OPTICS
放射モノクロメーター: Graded Multilayer / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.5418 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.35→67.52 Å / Num. obs: 33163 / % possible obs: 99.9 % / 冗長度: 16.69 % / Rmerge(I) obs: 0.0991 / Net I/σ(I): 19.01
反射 シェル
解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsMean I/σ(I) obsNum. unique allDiffraction-ID% possible all
2.35-2.46.080.73631.9420391100
2.4-2.456.790.61792.5618711100
2.45-2.57.180.60362.7516831100
2.5-2.67.910.49783.3931321100
2.6-2.79.20.39674.4425681100
2.7-2.810.690.30346.1622741100
2.8-2.911.690.24367.8719541100
2.9-3.05130.213610.0924751100
3.05-3.214.380.199513.2520471100
3.2-3.416.380.157518.9521451100
3.4-3.6521.460.134426.7321481100
3.65-3.9526.380.10535.081854199.9
3.95-4.3528.510.077943.117681100
4.35-5310.070849.2617841100
5-6.334.620.075148.5517111100
6.3-67.5237.20.061760.421710198.7

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
SAINTデータスケーリング
REFMAC5.2.0005精密化
PDB_EXTRACT1.701データ抽出
SAINTデータ削減
SADABSデータスケーリング
MOLREP位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: pdb entry 2BDU

2bdu


解像度: 2.35→67.52 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.953 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.921 / WRfactor Rfree: 0.241 / WRfactor Rwork: 0.176 / SU B: 14.714 / SU ML: 0.19 / TLS residual ADP flag: LIKELY RESIDUAL / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.314 / ESU R Free: 0.252 / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2603 1673 5.065 %RANDOM
Rwork0.1901 ---
all0.194 ---
obs0.194 33031 99.563 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK BULK SOLVENT
原子変位パラメータBiso mean: 43.413 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.858 Å20.429 Å20 Å2
2--0.858 Å20 Å2
3----1.287 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.35→67.52 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数4652 0 10 479 5141
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0150.0224748
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.4071.9726380
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg6.4675580
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg41.89325.405222
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg16.83615904
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg22.1241518
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.1040.2718
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0050.023500
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined0.2050.22361
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined0.3040.23191
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined0.180.2398
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined0.0560.23
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined0.1620.232
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined0.1210.26
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it0.7011.52996
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it1.12224670
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it1.92331977
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it2.8754.51710
Refine LS restraints NCS

Dom-ID: 1 / Auth asym-ID: A / Ens-ID: 1 / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

数タイプRms dev position (Å)Weight position
1164TIGHT POSITIONAL0.020.05
1162MEDIUM POSITIONAL0.2680.5
1164TIGHT THERMAL0.0760.5
1162MEDIUM THERMAL0.3422
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 20

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRfactor allNum. reflection all% reflection obs (%)
2.35-2.4110.3571240.27323260.277245399.878
2.411-2.4770.3441260.24722700.2512396100
2.477-2.5490.3181160.24622280.249234599.957
2.549-2.6270.2921140.26521250.266224199.911
2.627-2.7130.3481120.23520570.24217299.862
2.713-2.8090.3061060.23520540.239216699.723
2.809-2.9150.3561050.22718750.233198899.598
2.915-3.0340.336810.20919030.213199599.449
3.034-3.1680.312990.19917500.204186399.249
3.168-3.3230.228950.18917180.191181799.78
3.323-3.5020.277890.17516430.18173799.712
3.502-3.7150.232670.16915290.171160199.688
3.715-3.9710.185740.15914460.16152999.411
3.971-4.2890.24710.1413330.145141699.153
4.289-4.6970.207750.14212260.145131598.935
4.697-5.2510.201640.16210860.164116099.138
5.251-6.0610.272540.1979780.201103699.614
6.061-7.4180.275470.1978490.20189999.666
7.418-10.470.186340.1476360.14967399.554
10.47-117.0410.24200.2363260.23637492.513
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
14.2269-0.4624-1.24052.89410.25713.00910.22080.14720.3388-0.0965-0.0790.1259-0.2634-0.1195-0.1419-0.1282-0.00910.0312-0.19490.0688-0.251237.85476.47727.545
24.1378-0.64291.16782.9062-0.30182.94410.22230.1367-0.349-0.0833-0.0871-0.1250.28510.1226-0.1352-0.135-0.005-0.0304-0.1924-0.0717-0.246129.64640.47927.542
精密化 TLSグループ

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Selection: ALL / Auth seq-ID: 7 - 297 / Label seq-ID: 7 - 297

IDRefine TLS-IDAuth asym-IDLabel asym-ID
11AA
22BB

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlc1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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