PDB-2g02: Nisin cyclase

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 2g02

タイトル

Nisin cyclase

要素

Nisin biosynthesis protein nisC

キーワード

BIOSYNTHETIC PROTEIN / alpha toroid / alpha barrel

機能・相同性

機能・相同性情報

peptide modification
類似検索 - 分子機能

生物種

Lactococcus lactis subsp. lactis (乳酸菌)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

多重同系置換 / 解像度: 2.5 Å

データ登録者

Nair, S.K.

引用

ジャーナル: Science / 年: 2006
タイトル: Structure and Mechanism of the Lantibiotic Cyclase Involved in Nisin Biosynthesis
著者: Li, B. / Yu, J.P.J. / Brunzelle, J.S. / Moll, G.N. / Van der Donk, W.A. / Nair, S.K.

履歴

登録	2006年2月10日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2006年5月23日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2008年5月1日	Group: Version format compliance
改定 1.2	2011年7月13日	Group: Advisory / Version format compliance
改定 1.3	2018年4月4日	Group: Data collection / カテゴリ: diffrn_source / Item: _diffrn_source.type
改定 1.4	2024年2月14日	Group: Data collection / Database references / Derived calculations カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_site Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	2g02.cif.gz	98.3 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb2g02.ent.gz	74.4 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	2g02.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	2g02_validation.pdf.gz	425.6 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	2g02_full_validation.pdf.gz	432.1 KB	表示
XML形式データ	2g02_validation.xml.gz	18.9 KB	表示
CIF形式データ	2g02_validation.cif.gz	27.3 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/g0/2g02 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/g0/2g02	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	2g0dC C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	2g0d-d 6vhx-2 5tkr-d 5oe3-2 5kp5-d 2plm-d 1tv3-d 1k4h-d 1pxg-d 5us1-3 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: Nisin biosynthesis protein nisC

ヘテロ分子

46.9 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者が定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	154.941, 154.941, 50.956
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number	80
Space group name H-M	I4₁

#1: タンパク質	Nisin biosynthesis protein nisC 分子量: 46792.504 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Lactococcus lactis subsp. lactis (乳酸菌) 生物種: Lactococcus lactis / 株: subsp. lactis / 遺伝子: nisC / プラスミド: pET15 / 生物種 (発現宿主): Escherichia coli / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: Q03202
#2: 化合物	ChemComp-ZN / ZINC ION 分子量: 65.409 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn
#3: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 232 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 4

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 3.27 Å³/Da / 溶媒含有率: 62.41 %
結晶化	温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.5 詳細: 3.5 M Sodium formate, pH 7.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 277K

-
データ収集

回折

ID	平均測定温度 (K)	Crystal-ID
1	100	1
2	100	1
3	100	1
4	100	1
1,2,3,4		1

放射光源

由来	サイト	ビームライン	タイプ	ID	波長 (Å)
シンクロトロン	APS	32-ID		1	0.975
シンクロトロン	APS	22-ID		2	1.009
シンクロトロン	APS	22-ID		3	1.006
回転陽極			RIGAKU RU200	4	1.54

検出器

タイプ	ID	検出器
MARRESEARCH	1	CCD
ADSC QUANTUM 4	2	CCD
RIGAKU RAXIS IV	3	IMAGE PLATE
	4

放射

ID	プロトコル	単色(M)・ラウエ(L)	散乱光タイプ	Wavelength-ID
1	SINGLE WAVELENGTH	M	x-ray	1
2		M	x-ray	1
3		M	x-ray	1
4		M	x-ray	1

放射波長

ID	波長 (Å)	相対比
1	0.975	1
2	1.009	1
3	1.006	1
4	1.54	1

反射

解像度: 2.5→50 Å / Num. all: 21345 / Num. obs: 21345 / % possible obs: 99.9 % / Observed criterion σ(F): 106249 / 冗長度: 5 % / R_merge(I) obs: 0.079 / R_sym value: 0.079 / Net I/σ(I): 23

反射シェル

解像度: 2.5→2.7 Å / 冗長度: 5 % / R_merge(I) obs: 0.432 / Mean I/σ(I) obs: 4 / R_sym value: 0.432 / % possible all: 99.9

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.2.0005	精密化
PDB_EXTRACT	1.701	データ抽出
HKL-2000		データ削減
HKL-2000		データスケーリング
SHARP		位相決定

精密化

構造決定の手法:

多重同系置換 / 解像度: 2.5→20 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.956 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.918 / SU B: 17.456 / SU ML: 0.177 / TLS residual ADP flag: LIKELY RESIDUAL / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.357 / ESU R Free: 0.261 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.24223	1546	7.3 %	RANDOM
R_work	0.18074	-	-	-
obs	0.18515	19630	100 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK

原子変位パラメータ

B_iso mean: 45.006 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	-0.53 Å²	0 Å²	0 Å²
2-	-	-0.53 Å²	0 Å²
3-	-	-	1.06 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.5→20 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	3222	0	1	232	3455

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.013	0.022	3280
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.388	1.982	4413
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	6.435	5	402
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	34.353	25	150
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	17.14	15	613
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	19.173	15	12
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.108	0.2	484
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.005	0.02	2427
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.226	0.2	1708
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined	0.313	0.2	2303
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.177	0.2	226
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_refined	0.006	0.2	1
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_refined	0.165	0.2	25
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_refined	0.208	0.2	18
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	0.767	1.5	2051
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	1.308	2	3172
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	1.76	3	1418
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	2.706	4.5	1241
X-RAY DIFFRACTION	r_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_bonded

LS精密化シェル

解像度: 2.5→2.564 Å / Total num. of bins used: 20

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.315	123	-
R_work	0.244	1394	-
obs	-	-	100 %

精密化 TLS

手法: refined / Origin x: 14.358 Å / Origin y: 57.333 Å / Origin z: 0.9571 Å

	11	12	13	21	22	23	31	32	33
T	-0.0805 Å²	0.0357 Å²	0.0322 Å²	-	-0.0834 Å²	0.0011 Å²	-	-	-0.0886 Å²
L	1.1979 °²	0.1777 °²	-0.5657 °²	-	2.1916 °²	0.0969 °²	-	-	1.7716 °²
S	-0.1401 Å °	0.0541 Å °	-0.0921 Å °	0.0398 Å °	0.021 Å °	0.0887 Å °	0.0645 Å °	-0.1485 Å °	0.1191 Å °

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

すべてのお知らせ

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る

-
ムービー

-
構造ビューア

+
ビューアのログ

-
このページ

-
このウェブサイト

-
オプション

+
データを開く

-
基本情報

-
構造の表示

-
ダウンロードとリンク

-
ダウンロード

-
検証レポート

-
関連構造データ

-
リンク

-
集合体

-
要素

-
実験情報

-
実験

-
試料調製

-
データ収集

-
解析

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-
万見 (Yorodumi)

-ムービー

-構造ビューア

+ビューアのログ

-このページ

-このウェブサイト

-オプション

+データを開く

-基本情報

-構造の表示

-ダウンロードとリンク

-ダウンロード

-検証レポート

-関連構造データ

-リンク

-集合体

-要素

-実験情報

-実験

-試料調製

-データ収集

-解析

+万見について

-お知らせ

-2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-2020年8月12日: 新型コロナ情報

+2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-万見 (Yorodumi)

-
ムービー

-
構造ビューア

+
ビューアのログ

-
このページ

-
このウェブサイト

-
オプション

+
データを開く

-
基本情報

-
構造の表示

-
ダウンロードとリンク

-
ダウンロード

-
検証レポート

-
関連構造データ

-
リンク

-
集合体

-
要素

-
実験情報

-
実験

-
試料調製

-
データ収集

-
解析

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-
万見 (Yorodumi)