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- PDB-2fza: Crystal structure of d(GCGGGAGC): the base-intercalated duplex -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2fza
タイトルCrystal structure of d(GCGGGAGC): the base-intercalated duplex
要素5'-D(*GP*(CBR)P*GP*GP*GP*AP*GP*C)-3'
キーワードDNA / base-intercalated duplex / base-intercalated motif / sheared G:A pair / DNA hexaplex / deoxyribonucleic acid
機能・相同性DNA
機能・相同性情報
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 3.6 Å
データ登録者Kondo, J. / Ciengshin, T. / Juan, E.C.M. / Mitomi, K. / Takenaka, A.
引用ジャーナル: Nucleosides Nucleotides Nucleic Acids / 年: 2006
タイトル: Crystal structure of d(gcGXGAgc) with X=G: a mutation at X is possible to occur in a base-intercalated duplex for multiplex formation
著者: Kondo, J. / Ciengshin, T. / Juan, E.C.M. / Sato, Y. / Mitomi, K. / Shimizu, S. / Takenaka, A.
履歴
登録2006年2月9日登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02007年1月23日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年5月1日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32017年10月18日Group: Refinement description / カテゴリ: software / Item: _software.classification
改定 1.42024年3月13日Group: Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / struct_conn / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: 5'-D(*GP*(CBR)P*GP*GP*GP*AP*GP*C)-3'
B: 5'-D(*GP*(CBR)P*GP*GP*GP*AP*GP*C)-3'
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)5,3389
ポリマ－5,1432
非ポリマー1957
水362
1
A: 5'-D(*GP*(CBR)P*GP*GP*GP*AP*GP*C)-3'
B: 5'-D(*GP*(CBR)P*GP*GP*GP*AP*GP*C)-3'
ヘテロ分子

A: 5'-D(*GP*(CBR)P*GP*GP*GP*AP*GP*C)-3'
B: 5'-D(*GP*(CBR)P*GP*GP*GP*AP*GP*C)-3'
ヘテロ分子

A: 5'-D(*GP*(CBR)P*GP*GP*GP*AP*GP*C)-3'
B: 5'-D(*GP*(CBR)P*GP*GP*GP*AP*GP*C)-3'
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)16,01527
ポリマ－15,4296
非ポリマー58521
水1086
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_665-y+1,x-y+1,z1
crystal symmetry operation3_565-x+y,-x+1,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)36.368, 36.368, 62.826
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number173
Space group name H-MP63
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-11-

CA

21A-13-

NA

31A-15-

NA

41B-12-

CA

51B-14-

NA

詳細The biological assembly is a DNA hexaplex generate from the three DNA duplex (X,Y,Z),(-Y,X-Y,Z) and (-X+Y,-X,Z).

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要素

#1: DNA鎖 5'-D(*GP*(CBR)P*GP*GP*GP*AP*GP*C)-3'


分子量: 2571.538 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 詳細: chemically synthesized
#2: 化合物 ChemComp-CA / CALCIUM ION / カルシウムジカチオン


分子量: 40.078 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Ca
#3: 化合物
ChemComp-NA / SODIUM ION / ナトリウムカチオン


分子量: 22.990 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 合成 / 式: Na
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.23 Å3/Da / 溶媒含有率: 44.96 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7
詳細: 50mM sodium cacodylate, 10mM spermine tetrahydrochloride, 20mM calcium chloride, 100mM sodium chloride, 10%(v/v) 2-methyl-2,4-pentanediol, pH 7.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K
溶液の組成
ID名称Crystal-IDSol-ID
1sodium cacodylate11
2spermine tetrahydrochloride11
3calcium chloride11
4sodium chloride11
52-methyl-2,4-pentanediol11
6HOH11
7sodium cacodylate12
8calcium chloride12
9sodium chloride12
10HOH12

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データ収集

放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SPring-8 / ビームライン: BL44XU / 波長: 0.9 Å
検出器タイプ: MAC Science DIP-2040 / 検出器: CCD / 日付: 2003年6月3日
放射モノクロメーター: ROTATED-INCLINED SI(111) DOUBLE CRYSTAL MONOCHROMATOR
プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9 Å / 相対比: 1
反射解像度: 3.605→31.496 Å / Num. obs: 525 / % possible obs: 93.6 % / 冗長度: 14.5 % / Rmerge(I) obs: 0.112 / Rsym value: 0.112 / Net I/σ(I): 3.1
反射 シェル
解像度 (Å)% possible obs (%)冗長度 (%)Rmerge(I) obsMean I/σ(I) obsNum. measured allNum. unique obsRsym value
3.6-3.7995.315.30.2932.5689450.293
3.79-4.0292.416.40.3492.2753460.349
4.02-4.391.415.70.193.8548350.19
4.3-4.6594.1150.1424.6661440.142
4.65-5.0992.715.80.1275523330.127
5.09-5.6994.414.10.0976.7508360.097
5.69-6.5795.213.20.1076.4436330.107
6.57-8.059412.50.1045.5338270.104
8.05-11.3892.612.80.15.5295230.1
11.38-31.594.78.70.0825.7148170.082

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
SCALAデータスケーリング
CNS精密化
PDB_EXTRACT1.701データ抽出
MOSFLMデータ削減
CCP4(SCALA)データスケーリング
AMoRE位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 3.6→10 Å / FOM work R set: 0.831 / σ(F): 3
立体化学のターゲット値: G. Parkinson, J. Vojtechovsky, L. Clowney, A.T. Brunger, H.M. Berman, New Parameters for the Refinement of Nucleic Acid Containing Structures, Acta Cryst. D52, 57-64 (1996).
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.329 66 12.3 %RANDOM
Rwork0.294 ---
obs-458 85.6 %-
溶媒の処理Bsol: 300 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 3.6→10 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数0 334 7 2 343
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d0.009
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg1.2
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d1
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 8

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkNum. reflection obs
3.6-3.760.46970.3613744
3.76-3.940.79870.3315057
3.94-4.170.314110.2235061
4.17-4.470.23780.3044149
4.47-4.870.42380.2045563
4.87-5.470.52380.2435260
5.47-6.550.15870.2615360
6.55-100.298100.385464
Xplor file
Refine-IDSerial noParam fileTopol file
X-RAY DIFFRACTION1dna_free.paramdna_free.top
X-RAY DIFFRACTION2water_rep.paramwater.top
X-RAY DIFFRACTION3brc_rep.parambrc.top
X-RAY DIFFRACTION4ion.paramion.top

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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