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万見
- PDB-2fys: Crystal structure of Erk2 complex with KIM peptide derived from MKP3 -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2fys
タイトルCrystal structure of Erk2 complex with KIM peptide derived from MKP3
要素
  • Dual specificity protein phosphatase 6
  • Mitogen-activated protein kinase 1
キーワードTRANSFERASE / MAP kinase / MKP3 / KIM
機能・相同性
機能・相同性情報


regulation of heart growth / protein tyrosine/threonine phosphatase activity / MAP kinase tyrosine phosphatase activity / MAP kinase tyrosine/serine/threonine phosphatase activity / protein tyrosine/serine/threonine phosphatase activity / response to nitrosative stress / phospho-PLA2 pathway / RAF-independent MAPK1/3 activation / MAPK1 (ERK2) activation / Signaling by NODAL ...regulation of heart growth / protein tyrosine/threonine phosphatase activity / MAP kinase tyrosine phosphatase activity / MAP kinase tyrosine/serine/threonine phosphatase activity / protein tyrosine/serine/threonine phosphatase activity / response to nitrosative stress / phospho-PLA2 pathway / RAF-independent MAPK1/3 activation / MAPK1 (ERK2) activation / Signaling by NODAL / Frs2-mediated activation / ERK/MAPK targets / ERKs are inactivated / Activation of the AP-1 family of transcription factors / Transcriptional and post-translational regulation of MITF-M expression and activity / Negative feedback regulation of MAPK pathway / Gastrin-CREB signalling pathway via PKC and MAPK / Estrogen-dependent nuclear events downstream of ESR-membrane signaling / IFNG signaling activates MAPKs / Golgi Cisternae Pericentriolar Stack Reorganization / RHO GTPases Activate WASPs and WAVEs / Estrogen-stimulated signaling through PRKCZ / Growth hormone receptor signaling / Spry regulation of FGF signaling / SMAD2/SMAD3:SMAD4 heterotrimer regulates transcription / Oxidative Stress Induced Senescence / Senescence-Associated Secretory Phenotype (SASP) / Oncogene Induced Senescence / Regulation of actin dynamics for phagocytic cup formation / Downregulation of SMAD2/3:SMAD4 transcriptional activity / Signal attenuation / NCAM signaling for neurite out-growth / Negative regulation of FGFR1 signaling / Negative regulation of FGFR3 signaling / Negative regulation of FGFR4 signaling / Regulation of the apoptosome activity / Signaling by Activin / Negative regulation of FGFR2 signaling / Signal transduction by L1 / RHO GTPases Activate NADPH Oxidases / Negative regulation of MAPK pathway / PI5P, PP2A and IER3 Regulate PI3K/AKT Signaling / Interferon gamma signaling / FCERI mediated MAPK activation / Regulation of HSF1-mediated heat shock response / diadenosine tetraphosphate biosynthetic process / MAP2K and MAPK activation / neural crest cell development / Recycling pathway of L1 / response to growth factor / cardiac neural crest cell development involved in heart development / caveolin-mediated endocytosis / cytosine metabolic process / response to epidermal growth factor / cellular response to methionine / cellular response to toxic substance / positive regulation of macrophage proliferation / regulation of cellular pH / outer ear morphogenesis / regulation of Golgi inheritance / RAF/MAP kinase cascade / mitogen-activated protein kinase kinase kinase binding / response to alcohol / ERBB signaling pathway / Thrombin signalling through proteinase activated receptors (PARs) / labyrinthine layer blood vessel development / mammary gland epithelial cell proliferation / trachea formation / regulation of early endosome to late endosome transport / Neutrophil degranulation / regulation of stress-activated MAPK cascade / cellular response to insulin-like growth factor stimulus / protein-serine/threonine phosphatase / steroid hormone receptor signaling pathway / androgen receptor signaling pathway / ERBB2-ERBB3 signaling pathway / response to testosterone / positive regulation of macrophage chemotaxis / regulation of cytoskeleton organization / pseudopodium / response to exogenous dsRNA / face development / lung morphogenesis / protein serine/threonine phosphatase activity / positive regulation of telomere maintenance / Bergmann glial cell differentiation / decidualization / thyroid gland development / phosphoprotein phosphatase activity / peptidyl-threonine phosphorylation / progesterone receptor signaling pathway / negative regulation of cell differentiation / regulation of ossification / MAP kinase activity / mitogen-activated protein kinase / phosphatase binding / Schwann cell development / estrous cycle / stress-activated MAPK cascade / negative regulation of MAPK cascade
類似検索 - 分子機能
Mitogen-activated protein (MAP) kinase phosphatase / Dual specificity phosphatase, catalytic domain / Dual specificity phosphatase, catalytic domain / Dual specificity phosphatase, catalytic domain / Rhodanese Homology Domain / Dual specificity protein phosphatase domain profile. / Dual specificity protein phosphatase domain / Rhodanese-like domain / Rhodanese domain profile. / Rhodanese-like domain superfamily ...Mitogen-activated protein (MAP) kinase phosphatase / Dual specificity phosphatase, catalytic domain / Dual specificity phosphatase, catalytic domain / Dual specificity phosphatase, catalytic domain / Rhodanese Homology Domain / Dual specificity protein phosphatase domain profile. / Dual specificity protein phosphatase domain / Rhodanese-like domain / Rhodanese domain profile. / Rhodanese-like domain superfamily / Rhodanese-like domain / Mitogen-activated protein (MAP) kinase, ERK1/2 / Mitogen-activated protein (MAP) kinase, conserved site / MAP kinase signature. / : / Tyrosine-specific protein phosphatases domain / Tyrosine specific protein phosphatases domain profile. / Protein-tyrosine phosphatase-like / Phosphorylase Kinase; domain 1 / Phosphorylase Kinase; domain 1 / Transferase(Phosphotransferase) domain 1 / Transferase(Phosphotransferase); domain 1 / Serine/threonine-protein kinase, active site / Serine/Threonine protein kinases active-site signature. / Protein kinase domain / Serine/Threonine protein kinases, catalytic domain / Protein kinase, ATP binding site / Protein kinases ATP-binding region signature. / Protein kinase domain profile. / Protein kinase domain / Protein kinase-like domain superfamily / 2-Layer Sandwich / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Mitogen-activated protein kinase 1 / Dual specificity protein phosphatase 6
類似検索 - 構成要素
生物種Rattus norvegicus (ドブネズミ)
手法X線回折 / 分子置換 / 解像度: 2.5 Å
データ登録者Liu, S. / Sun, J.P. / Zhou, B. / Zhang, Z.Y.
引用ジャーナル: Proc.Natl.Acad.Sci.Usa / 年: 2006
タイトル: Structural basis of docking interactions between ERK2 and MAP kinase phosphatase 3
著者: Liu, S. / Sun, J.P. / Zhou, B. / Zhang, Z.Y.
履歴
登録2006年2月8日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02006年4月11日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年5月1日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32023年8月30日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_ref_seq_dif
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
B: Mitogen-activated protein kinase 1
A: Mitogen-activated protein kinase 1
D: Dual specificity protein phosphatase 6
C: Dual specificity protein phosphatase 6


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)88,1984
ポリマ－88,1984
非ポリマー00
水8,791488
1
B: Mitogen-activated protein kinase 1
D: Dual specificity protein phosphatase 6


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)44,0992
ポリマ－44,0992
非ポリマー00
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area1350 Å2
ΔGint-4 kcal/mol
Surface area17170 Å2
手法PISA
2
A: Mitogen-activated protein kinase 1
C: Dual specificity protein phosphatase 6


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)44,0992
ポリマ－44,0992
非ポリマー00
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)57.377, 67.478, 86.605
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 99.55, 90.00
Int Tables number4
Space group name H-MP1211

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要素

#1: タンパク質 Mitogen-activated protein kinase 1 / Extracellular signal-regulated kinase 2 / ERK-2 / Mitogen-activated protein kinase 2 / MAP kinase 2 ...Extracellular signal-regulated kinase 2 / ERK-2 / Mitogen-activated protein kinase 2 / MAP kinase 2 / MAPK 2 / p42-MAPK / ERT1


分子量: 42159.434 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Rattus norvegicus (ドブネズミ) / 遺伝子: Mapk1, Erk2, Mapk, Prkm1 / プラスミド: NPT7-HIS6 / 生物種 (発現宿主): Escherichia coli / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: P63086, EC: 2.7.1.37
#2: タンパク質・ペプチド Dual specificity protein phosphatase 6 / Mitogen-activated protein kinase phosphatase 3 / MAP kinase phosphatase 3 / MKP-3


分子量: 1939.420 Da / 分子数: 2 / Fragment: KIM peptide, residues 60-76 (SWS Q64346) / 由来タイプ: 合成 / 詳細: Chemically synthesized.
参照: UniProt: Q64346, protein-tyrosine-phosphatase, protein-serine/threonine phosphatase
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 488 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 1.88 Å3/Da / 溶媒含有率: 34.56 %
結晶化温度: 294 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6.5
詳細: 20% PEG3350, 0.1~0.2 M ammonium chloride, 0.1M 2- morpholinoethanesulfonic acid (pH 6.5)., VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 294K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU RU300 / 波長: 1.5418
検出器タイプ: RIGAKU RAXIS IV / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 2005年4月14日
放射モノクロメーター: yale mirrors / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.5418 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.5→50 Å / Num. obs: 20430 / % possible obs: 89.8 % / Observed criterion σ(F): 1.5 / Observed criterion σ(I): 1 / 冗長度: 3.12 % / Rmerge(I) obs: 0.087

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
AMoRE位相決定
CNS1.1精密化
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB entry 2erk

2erk


解像度: 2.5→50 Å / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.5 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber
Rfactor反射数Selection details
Rfree0.266 551 Random
Rwork0.174 --
obs-20430 -
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.5→50 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数5765 0 0 488 6253
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d0.005
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg1.2

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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