PDB-2fyf: Structure of a putative phosphoserine aminotransferase from Mycob...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 2fyf

タイトル

Structure of a putative phosphoserine aminotransferase from Mycobacterium Tuberculosis

要素

phosphoserine aminotransferase

キーワード

TRANSFERASE / PLP-dependent enzyme / dimer / Structural Genomics / Mycobacterium Tuberculosis Structural Proteomics Project / XMTB

機能・相同性

機能・相同性情報

phosphoserine transaminase / O-phospho-L-serine:2-oxoglutarate aminotransferase activity / glycine biosynthetic process, by transamination of glyoxylate / L-serine-pyruvate transaminase activity / alanine-glyoxylate transaminase activity / pyridoxine biosynthetic process / L-serine biosynthetic process / pyridoxal phosphate binding / extracellular region / plasma membrane / cytoplasm
類似検索 - 分子機能

生物種

Mycobacterium tuberculosis (結核菌)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

多重同系置換 /

多重同系置換・異常分散 / 解像度: 1.5 Å

データ登録者

Coulibaly, F. / Lassalle, E. / Baker, E.N. / Mycobacterium Tuberculosis Structural Proteomics Project (XMTB)

引用

ジャーナル: Acta Crystallogr.,Sect.D / 年: 2012
タイトル: Structure of phosphoserine aminotransferase from Mycobacterium tuberculosis.
著者: Coulibaly, F. / Lassalle, E. / Baker, H.M. / Baker, E.N.

履歴

登録	2006年2月7日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2007年1月16日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2008年5月1日	Group: Version format compliance
改定 1.2	2011年7月13日	Group: Advisory / Source and taxonomy / Version format compliance
改定 1.3	2012年6月13日	Group: Database references
改定 1.4	2017年10月18日	Group: Advisory / Refinement description / カテゴリ: pdbx_unobs_or_zero_occ_atoms / software
改定 1.5	2024年2月14日	Group: Advisory / Data collection ...Advisory / Data collection / Database references / Derived calculations カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_struct_conn_angle / pdbx_unobs_or_zero_occ_atoms / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_ptnr1_label_alt_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	2fyf.cif.gz	181.3 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb2fyf.ent.gz	140.2 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	2fyf.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/fy/2fyf ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/fy/2fyf	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	3vomC C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	6glz-1 4kws-1 3vom-d 6gm8-1 3ow1-1 2f89-1 6yf4-1 6gly-1 3pk7-3 1iug-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索
その他のデータベース	TargetDB: RV0884c

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: phosphoserine aminotransferase

B: phosphoserine aminotransferase

ヘテロ分子

89.3 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	77.478, 94.056, 101.063
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number	19
Space group name H-M	P2₁2₁2₁

詳細

The biological unit is the dimer present in the asymmetric unit

-
タンパク質 , 1種, 2分子 AB

#1: タンパク質	phosphoserine aminotransferase / PSAT 分子量: 42969.180 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Mycobacterium tuberculosis (結核菌) 株: H37Rv / 遺伝子: serC / プラスミド: pDEST17 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 pRP 参照: UniProt: P63514, UniProt: P9WQ73*PLUS, phosphoserine transaminase

#1: タンパク質

phosphoserine aminotransferase / PSAT

分子量: 42969.180 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現)

Mycobacterium tuberculosis (結核菌)
株: H37Rv / 遺伝子: serC / プラスミド: pDEST17 / 発現宿主:

Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 pRP
参照: UniProt: P63514, UniProt: P9WQ73*PLUS, phosphoserine transaminase

-
非ポリマー , 5種, 863分子

#2: 化合物	ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン分子量: 96.063 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO₄
#3: 化合物	ChemComp-PC4 / TETRACHLOROPLATINATE(II) 分子量: 336.890 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl₄Pt
#4: 化合物	ChemComp-PLP / PYRIDOXAL-5'-PHOSPHATE / VITAMIN B6 Phosphate / ピリドキサ-ル5′-りん酸分子量: 247.142 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₈H₁₀NO₆P
#5: 化合物	ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル分子量: 92.094 Da / 分子数: 7 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₃H₈O₃
#6: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 846 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.28 Å³/Da / 溶媒含有率: 46.16 %
結晶化	温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 8.5 詳細: Tris-HCl 100mM, NH4SO4 2.2M, pH 8.5, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 291K

-
データ収集

回折

ID	平均測定温度 (K)	Crystal-ID
1	100	1
2		1
3		1

放射光源

由来:

シンクロトロン / サイト:

ESRF

/ ビームライン: ID29 / 波長: 1.07198 Å

検出器

タイプ: ADSC QUANTUM 210 / 検出器: CCD / 日付: 2005年9月25日

放射

モノクロメーター: high resolution Si(311) cut / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray

放射波長

波長: 1.07198 Å / 相対比: 1

Reflection

ID	Av σ(I) over netI	数	R_merge(I) obs	Χ²	D res high (Å)	D res low (Å)	Num. obs	% possible obs
1	8.4	596436	0.086	1.02	1.5	25	118835	99.7
2	9.7	345196	0.057	0.99	1.6	20	97349	99.7
3	7.8	154987	0.121	1.05	2.1	15	42955	98.4

Diffraction reflection shell

最高解像度 (Å)	最低解像度 (Å)	Num. obs	% possible obs (%)	ID	R_merge(I) obs	Chi squared
3.23	25	12358	99.6	1	0.05	1.048
2.56	3.23	12023	100	1	0.058	1.007
2.24	2.56	11939	100	1	0.07	1.013
2.04	2.24	11881	100	1	0.086	1.024
1.89	2.04	11846	100	1	0.115	1.042
1.78	1.89	11825	100	1	0.167	1.023
1.69	1.78	11805	100	1	0.233	1.001
1.62	1.69	11816	100	1	0.324	0.999
1.55	1.62	11753	100	1	0.444	1.025
1.5	1.55	11589	98.1	1	0.559	1.046
3.44	20	10079	98.9	2	0.029	0.986
2.73	3.44	9884	100	2	0.037	0.995
2.39	2.73	9793	100	2	0.05	0.979
2.17	2.39	9751	100	2	0.062	0.986
2.02	2.17	9701	100	2	0.079	0.993
1.9	2.02	9692	100	2	0.11	1.013
1.8	1.9	9663	99.9	2	0.152	0.978
1.72	1.8	9658	99.7	2	0.199	0.98
1.66	1.72	9608	99.4	2	0.261	1.007
1.6	1.66	9520	98.9	2	0.337	1.013
4.49	15	4334	94.1	3	0.066	1.011
3.58	4.49	4287	97	3	0.074	1.117
3.13	3.58	4284	97.9	3	0.093	1.043
2.85	3.13	4297	98.6	3	0.126	1.074
2.64	2.85	4292	99	3	0.163	1.064
2.49	2.64	4299	99.4	3	0.2	1.064
2.36	2.49	4306	99.5	3	0.233	1.056
2.26	2.36	4295	99.7	3	0.274	1.031
2.17	2.26	4319	99.7	3	0.317	1.024
2.1	2.17	4242	99.3	3	0.365	0.999

反射

解像度: 1.5→25 Å / Num. all: 118835 / Num. obs: 118835 / % possible obs: 99.7 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 5 % / B_iso Wilson estimate: 12.9 Å² / R_merge(I) obs: 0.086 / Χ²: 1.023 / Net I/σ(I): 17.38

反射シェル

解像度: 1.5→1.55 Å / % possible obs: 98.1 % / 冗長度: 4.7 % / R_merge(I) obs: 0.559 / Mean I/σ(I) obs: 2.6 / Num. unique all: 11589 / Num. unique obs: 11589 / Χ²: 1.046 / % possible all: 98.1

-
位相決定

位相決定

手法:

多重同系置換・異常分散

Phasing set

ID
1
2
3

Phasing MIR der

Native set-ID: 1 / 解像度: 2.1→19.76 Å

ID	Der set-ID	Power acentric	Power centric	Reflection acentric	Reflection centric
ISO_1	1	0	0	38648	3483
ISO_2	2	1.744	1.505	38546	1745
ISO_3	3	0.802	0.701	38406	1737

Phasing MIR der shell

最高解像度 (Å)	最低解像度 (Å)	Der-ID	Power acentric	Power centric	Reflection acentric	Reflection centric
8.52	19.76	ISO_1	0	0	370	119
6.33	8.52	ISO_1	0	0	750	160
5.26	6.33	ISO_1	0	0	993	166
4.59	5.26	ISO_1	0	0	1172	175
4.13	4.59	ISO_1	0	0	1323	169
3.78	4.13	ISO_1	0	0	1501	169
3.51	3.78	ISO_1	0	0	1625	184
3.29	3.51	ISO_1	0	0	1760	177
3.11	3.29	ISO_1	0	0	1896	183
2.95	3.11	ISO_1	0	0	1992	165
2.82	2.95	ISO_1	0	0	2126	175
2.7	2.82	ISO_1	0	0	2233	169
2.6	2.7	ISO_1	0	0	2296	171
2.5	2.6	ISO_1	0	0	2423	180
2.42	2.5	ISO_1	0	0	2488	188
2.34	2.42	ISO_1	0	0	2605	184
2.28	2.34	ISO_1	0	0	2689	195
2.21	2.28	ISO_1	0	0	2747	192
2.15	2.21	ISO_1	0	0	2824	189
2.1	2.15	ISO_1	0	0	2835	173
8.52	19.76	ISO_2	3.034	3.055	366	61
6.33	8.52	ISO_2	3.267	2.802	745	76
5.26	6.33	ISO_2	3.052	1.81	990	87
4.59	5.26	ISO_2	2.633	1.974	1166	92
4.13	4.59	ISO_2	2.23	1.905	1320	86
3.78	4.13	ISO_2	2.088	1.33	1499	84
3.51	3.78	ISO_2	1.903	1.404	1624	92
3.29	3.51	ISO_2	1.855	1.415	1758	90
3.11	3.29	ISO_2	1.724	1.293	1895	91
2.95	3.11	ISO_2	1.607	1.156	1991	79
2.82	2.95	ISO_2	1.51	1.036	2123	90
2.7	2.82	ISO_2	1.36	1.099	2231	85
2.6	2.7	ISO_2	1.255	0.738	2292	89
2.5	2.6	ISO_2	1.135	0.833	2419	91
2.42	2.5	ISO_2	1.037	0.571	2485	92
2.34	2.42	ISO_2	0.936	0.728	2603	91
2.28	2.34	ISO_2	0.851	0.563	2685	93
2.21	2.28	ISO_2	0.778	0.457	2738	94
2.15	2.21	ISO_2	0.714	0.502	2820	94
2.1	2.15	ISO_2	0.654	0.395	2796	88
8.52	19.76	ISO_3	1.984	2.098	352	58
6.33	8.52	ISO_3	1.914	1.494	744	72
5.26	6.33	ISO_3	1.653	1.293	987	86
4.59	5.26	ISO_3	1.175	1.049	1163	91
4.13	4.59	ISO_3	0.927	0.659	1319	84
3.78	4.13	ISO_3	0.854	0.534	1491	83
3.51	3.78	ISO_3	0.768	0.48	1615	91
3.29	3.51	ISO_3	0.782	0.538	1748	90
3.11	3.29	ISO_3	0.747	0.535	1884	93
2.95	3.11	ISO_3	0.728	0.481	1978	79
2.82	2.95	ISO_3	0.711	0.419	2121	90
2.7	2.82	ISO_3	0.704	0.478	2224	85
2.6	2.7	ISO_3	0.682	0.384	2289	90
2.5	2.6	ISO_3	0.657	0.519	2414	91
2.42	2.5	ISO_3	0.597	0.42	2474	93
2.34	2.42	ISO_3	0.567	0.499	2595	91
2.28	2.34	ISO_3	0.562	0.382	2674	93
2.21	2.28	ISO_3	0.521	0.426	2722	95
2.15	2.21	ISO_3	0.527	0.373	2802	94
2.1	2.15	ISO_3	0.505	0.419	2810	88

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
DENZO		データ削減
SCALEPACK		データスケーリング
SHARP		位相決定
SOLOMON		位相決定
REFMAC	refmac_5.2.0005	精密化
PDB_EXTRACT	1.701	データ抽出

精密化

構造決定の手法:

多重同系置換 / 解像度: 1.5→19.932 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.977 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.97 / WR_factor R_free: 0.166 / WR_factor R_work: 0.142 / SU B: 1.936 / SU ML: 0.038 / TLS residual ADP flag: LIKELY RESIDUAL
Isotropic thermal model: Translation, Libration, Skew (TLS) Model
σ(F): 0 / ESU R: 0.061 / ESU R Free: 0.062 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.1664	5973	5.032 %	Random
R_work	0.144	-	-	-
all	0.145	118697	-	-
obs	0.145	118697	99.724 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL PLUS MASK

原子変位パラメータ

B_iso mean: 8.154 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	0.034 Å²	0 Å²	0 Å²
2-	-	-0.027 Å²	0 Å²
3-	-	-	-0.007 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.5→19.932 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	5566	0	99	846	6511

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.013	0.022	5953
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.001	0.02	5426
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.487	1.971	8191
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	0.862	3	12623
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	5.855	5	808
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	35.048	24.016	244
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	11.377	15	891
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	16.555	15	38
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.085	0.2	937
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.006	0.02	6752
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.001	0.02	1184
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.223	0.2	1231
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other	0.184	0.2	5619
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined	0.184	0.2	3003
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_other	0.084	0.2	3490
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.16	0.2	593
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_refined	0.119	0.2	3
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_refined	0.112	0.2	14
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_other	0.217	0.2	52
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_refined	0.14	0.2	38
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	0.921	1.5	4875
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	0.219	1.5	1528
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	1.118	2	6138
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_other	0.486	2	5251
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	2.032	3	2521
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_other	0.648	3	4829
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	2.951	4.5	2017
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_other	1.178	4.5	7372

LS精密化シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 20

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	R_factor all	Num. reflection all	Num. reflection obs	% reflection obs (%)
1.498-1.536	0.247	447	0.206	8019	0.208	8703	8920	97.277
1.536-1.578	0.227	417	0.188	8016	0.19	8436	8320	99.964
1.578-1.624	0.204	398	0.176	7818	0.178	8221	7940	99.939
1.624-1.673	0.183	397	0.166	7576	0.167	7976	7920	99.962
1.673-1.728	0.179	381	0.155	7388	0.157	7772	7600	99.961
1.728-1.788	0.178	390	0.148	7113	0.149	7507	7780	99.947
1.788-1.855	0.161	358	0.144	6902	0.145	7266	7140	99.917
1.855-1.93	0.155	346	0.142	6649	0.143	7001	6900	99.914
1.93-2.015	0.167	353	0.136	6355	0.138	6710	7040	99.97
2.015-2.112	0.149	313	0.131	6104	0.132	6419	6240	99.969
2.112-2.225	0.151	298	0.129	5854	0.13	6153	5940	99.984
2.225-2.358	0.152	278	0.13	5533	0.131	5817	5540	99.897
2.358-2.518	0.163	291	0.13	5165	0.131	5458	5800	99.963
2.518-2.716	0.162	277	0.135	4853	0.136	5131	5520	99.981
2.716-2.97	0.152	230	0.135	4513	0.136	4744	4580	99.979
2.97-3.312	0.165	215	0.136	4070	0.138	4287	4280	99.953
3.312-3.806	0.138	204	0.132	3641	0.132	3846	4060	99.974
3.806-4.62	0.145	161	0.123	3140	0.124	3305	3200	99.879
4.62-6.365	0.173	151	0.16	2466	0.161	2625	3000	99.695
6.365-19.932	0.207	68	0.196	1549	0.196	1649	1340	98.059

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	0.3658	-0.1759	0.1162	0.5449	-0.0427	0.4984	-0.0075	0.0108	-0.0137	0.007	0.0158	0.0193	0.0098	0.0398	-0.0083	0.0014	0.0029	0.0009	0.0101	-0.003	0.0156	63.515	43.846	1.619
2	0.3739	-0.2464	0.4753	1.3257	-0.9836	2.3552	-0.0363	0.0177	-0.0579	-0.0266	0.0621	-0.015	0.0407	-0.086	-0.0259	0.0099	0.0064	0.0028	0.0381	-0.0164	0.0217	68.076	36.219	-6.301
3	0.5636	-0.0361	-0.0831	0.4261	-0.0661	0.513	-0.0333	0.0293	0.0073	0.0376	0.0252	-0.0119	-0.0045	-0.0102	0.0081	-0.0009	-0.0021	0.0002	0.0035	-0.0054	-0.0008	62.868	46.779	2.559
4	1.1684	-0.1657	-0.4677	1.6174	-0.2472	1.1217	-0.0009	-0.0128	-0.006	0.0987	0.0272	-0.0364	0.0029	0.0334	-0.0264	0.0442	0.0291	-0.0052	0.0311	0.0013	0.0323	71.67	27.239	15.146
5	0.3708	-0.1543	-0.1097	0.6968	-0.0394	0.3618	-0.0047	0.0241	0.0203	0.0018	0.0019	-0.0293	0.0263	-0.0492	0.0029	-0.0105	0.0083	0.0036	0.0139	0.0032	0.0287	51.376	54.194	0.115
6	0.3324	-0.3323	-0.6582	1.5676	1.0889	2.2187	-0.0385	0.0256	0.0765	0.0108	0.0995	0.001	-0.0082	0.1009	-0.0611	0.0039	0.0077	-0.0027	0.0494	0.0039	0.0188	46.728	58.018	-4.69
7	0.5626	-0.0955	0.0617	0.4887	0.134	0.6346	-0.0355	0.0298	-0.0143	0.0393	0.0347	0.0257	0.0207	0.0155	0.0009	-0.0029	-0.0016	0.0067	0.0059	0.0021	0.0064	51.214	48.123	2.527
8	1.1439	-0.2959	0.3243	1.4701	0.1483	0.9051	-0.0379	-0.0007	-0.0148	0.0968	0.0395	0.0454	-0.016	-0.0192	-0.0016	0.0335	0.0271	0.016	0.0279	-0.0014	0.0319	41.774	67.9	14.72

精密化 TLSグループ

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Selection: ALL

ID	Refine TLS-ID	Auth asym-ID	Label asym-ID	Auth seq-ID	Label seq-ID
1	1	A	A	8 - 98	30 - 120
2	2	A	A	99 - 172	121 - 194
3	3	A	A	173 - 279	195 - 301
4	4	A	A	280 - 376	302 - 398
5	5	B	B	8 - 98	30 - 120
6	6	B	B	99 - 172	121 - 194
7	7	B	B	173 - 278	195 - 300
8	8	B	B	279 - 376	301 - 398

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
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