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- PDB-2fy1: A dual mode of RNA recognition by the RBMY protein -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2fy1
タイトルA dual mode of RNA recognition by the RBMY protein
要素
  • RNA-binding motif protein, Y chromosome, family 1 member A1
  • S1A stem-loop RNA
キーワードSTRUCTURAL PROTEIN/RNA / RNA binding protein / protein-RNA complex / RNA stem-loop / STRUCTURAL PROTEIN-RNA COMPLEX
機能・相同性
機能・相同性情報


positive regulation of mRNA splicing, via spliceosome / regulation of alternative mRNA splicing, via spliceosome / regulation of RNA splicing / RNA splicing / spliceosomal complex / mRNA processing / ribonucleoprotein complex / mRNA binding / nucleolus / protein-containing complex ...positive regulation of mRNA splicing, via spliceosome / regulation of alternative mRNA splicing, via spliceosome / regulation of RNA splicing / RNA splicing / spliceosomal complex / mRNA processing / ribonucleoprotein complex / mRNA binding / nucleolus / protein-containing complex / RNA binding / nucleoplasm / identical protein binding / nucleus
類似検索 - 分子機能
RBM1CTR / RBM1CTR (NUC064) family / : / RRM (RNA recognition motif) domain / RNA recognition motif / RNA recognition motif / Eukaryotic RNA Recognition Motif (RRM) profile. / RNA recognition motif domain / RNA-binding domain superfamily / Nucleotide-binding alpha-beta plait domain superfamily ...RBM1CTR / RBM1CTR (NUC064) family / : / RRM (RNA recognition motif) domain / RNA recognition motif / RNA recognition motif / Eukaryotic RNA Recognition Motif (RRM) profile. / RNA recognition motif domain / RNA-binding domain superfamily / Nucleotide-binding alpha-beta plait domain superfamily / Alpha-Beta Plaits / 2-Layer Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
RNA / RNA (> 10) / RNA-binding motif protein, Y chromosome, family 1 member A1 / RNA-binding motif protein, Y chromosome, family 1 member C
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
synthetic construct (人工物)
手法溶液NMR
データ登録者Skrisovska, L. / Bourgois, C. / Stefl, R. / Kister, L. / Wenter, P. / Elliot, D. / Stevenin, J. / Allain, F.H.T.
引用ジャーナル: EMBO Rep. / 年: 2007
タイトル: The testis-specific human protein RBMY recognizes RNA through a novel mode of interaction.
著者: Skrisovska, L. / Bourgeois, C.F. / Stefl, R. / Grellscheid, S.N. / Kister, L. / Wenter, P. / Elliott, D.J. / Stevenin, J. / Allain, F.H.
履歴
登録2006年2月7日登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02007年2月6日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年5月1日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32019年3月6日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Source and taxonomy
カテゴリ: citation / citation_author ...citation / citation_author / ndb_struct_na_base_pair / ndb_struct_na_base_pair_step / pdbx_entity_src_syn / pdbx_struct_assembly / pdbx_struct_assembly_prop / pdbx_struct_oper_list
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year / _ndb_struct_na_base_pair.buckle / _ndb_struct_na_base_pair_step.tip / _pdbx_entity_src_syn.ncbi_taxonomy_id / _pdbx_entity_src_syn.organism_scientific
改定 1.42024年5月1日Group: Data collection / Database references
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_nmr_software / pdbx_nmr_spectrometer / struct_ref_seq_dif
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_nmr_software.name / _pdbx_nmr_spectrometer.model / _struct_ref_seq_dif.details

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
B: S1A stem-loop RNA
A: RNA-binding motif protein, Y chromosome, family 1 member A1


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)19,5252
ポリマ－19,5252
非ポリマー00
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_5551
Buried area2070 Å2
ΔGint-4 kcal/mol
Surface area10090 Å2
NMR アンサンブル
データ基準
コンフォーマー数 (登録 / 計算)17 / 30structures with the least restraint violations
代表モデルモデル #1fewest violations

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要素

#1: RNA鎖 S1A stem-loop RNA


分子量: 6711.076 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 詳細: This sequence was found by in vitro SELEX / 由来: (合成) synthetic construct (人工物)
#2: タンパク質 RNA-binding motif protein, Y chromosome, family 1 member A1 / RNA-binding motif protein 1 / RRM / RBMY


分子量: 12813.609 Da / 分子数: 1 / Fragment: residues 1-116 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q15414, UniProt: P0DJD3*PLUS

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実験情報

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実験

実験手法: 溶液NMR
NMR実験
Conditions-IDExperiment-IDSolution-IDタイプ
1112D NOESY
1222D TOCSY
1333D 13C-separated NOESY
1443D 15N-separated NOESY
1552D filtered/edited NOESY
1663D filtered 13C-separated NOESY

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試料調製

詳細
Solution-ID内容溶媒系
11mM RBMY protein U-15N, 13C; 1mM S1A RNA; 25mM sodium phosphate; 25mM sodium chloride; pH 7; 90% H2O, 10% D2O90% H2O/10% D2O
21mM RBMY protein U-15N; 1mM S1A RNA; 25mM sodium phosphate; 25mM sodium chloride; pH 7; 100% D2O100% D2O
31mM RBMY protein U-15N, 13C; 1mM S1A RNA; 25mM sodium phosphate; 25mM sodium chloride; pH 7; 100% D2O100% D2O
41mM RBMY protein U-15N; 1mM S1A RNA 13C-sugars of the CACAA pentaloop; 25mM sodium phosphate; 25mM sodium chloride; pH 7; 100% D2O100% D2O
51mM RBMY protein U-15N; 1mM S1A RNA 15N, 13C-adenine, cytidine; 25mM sodium phosphate; 25mM sodium chloride; pH 7; 100% D2O100% D2O
61mM RBMY protein U-15N; 1mM S1A RNA 15N, 13C-guanine, uracil; 25mM sodium phosphate; 25mM sodium chloride; pH 7; 100% D2O100% D2O
試料状態イオン強度: 25mM sodium phosphate, 25mM sodium chloride
pH: 7 / 圧: ambient / 温度: 313 K

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NMR測定

NMRスペクトロメーター
タイプ製造業者モデル磁場強度 (MHz)Spectrometer-ID
Bruker AVANCEBrukerAVANCE9001
Bruker DRXBrukerDRX7502
Bruker DRXBrukerDRX6003
Bruker DRXBrukerDRX5004

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解析

NMR software
名称バージョン開発者分類
XwinNMR3.5Brukercollection
Sparky3.106Goddard, TDデータ解析
Amber7精密化
代表構造選択基準: fewest violations
NMRアンサンブルコンフォーマー選択の基準: structures with the least restraint violations
計算したコンフォーマーの数: 30 / 登録したコンフォーマーの数: 17

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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