PDB-2fva: Structure of 18:0-ACP with docked fatty acid

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 2fva

タイトル

Structure of 18:0-ACP with docked fatty acid

要素

Acyl Carrier Protein

キーワード

BIOSYNTHETIC PROTEIN / 4-helix bundle

機能・相同性

機能・相同性情報

phosphopantetheine binding / acyl carrier activity / chloroplast
類似検索 - 分子機能

生物種

Spinacia oleracea (ホウレンソウ)

手法

溶液NMR / Torsion angle dynamics, torsion angle dynamics with ambiguous restraints, NOESY restraints, and ramachandran database potentials

データ登録者

Zornetzer, G.A. / Fox, B.G. / Markley, J.L.

引用

ジャーナル: Biochemistry / 年: 2006
タイトル: Solution structures of spinach acyl carrier protein with decanoate and stearate
著者: Zornetzer, G.A. / Fox, B.G. / Markley, J.L.

履歴

登録	2006年1月30日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2006年4月11日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2008年5月1日	Group: Version format compliance
改定 1.2	2011年7月13日	Group: Version format compliance
改定 1.3	2022年3月9日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Experimental preparation カテゴリ: database_2 / pdbx_nmr_exptl_sample_conditions ...database_2 / pdbx_nmr_exptl_sample_conditions / pdbx_nmr_software / pdbx_struct_assembly / pdbx_struct_oper_list / struct_conn / struct_site Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_nmr_exptl_sample_conditions.pressure_units / _pdbx_nmr_software.name / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

Remark 999

SEQUENCE The sequence of the protein has 100% match with the sequence from GB entry CAA31207 (ACP-I ...

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	2fva.cif.gz	514.6 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb2fva.ent.gz	450.2 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	2fva.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/fv/2fva ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/fv/2fva	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	2avaC 2fveC 2fvfC C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	4o7q-d 3tu1-d 3qgl-2 1z9e-d 5zsw-d 3bbz-3 3qgl-3 4tlq-2 3hi9-1 4ljm-1 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索
その他のデータベース	BMRB: 6390NMR assignments for 18:0-ACP

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#90 - 2007年6月脂肪酸合成酵素 (Fatty Acid Synthase) 類似性 (7) #37 - 2003年1月血清アルブミン (Serum Albumin) 類似性 (1)

登録構造単位

A: Acyl Carrier Protein

ヘテロ分子

9.49 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者が定義した集合体

NMR アンサンブル

	データ	基準
コンフォーマー数 (登録 / 計算)	20 / 200	structures with lowest energy whose fatty acids form a aligned cluster
代表モデル	モデル #1	lowest energy

#1: タンパク質	Acyl Carrier Protein 分子量: 8844.879 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Spinacia oleracea (ホウレンソウ) プラスミド: pSACP-2t / 生物種 (発現宿主): Escherichia coli / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: P07854
#2: 化合物	ChemComp-PNS / 4'-PHOSPHOPANTETHEINE / パンテテイン4′-りん酸分子量: 358.348 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₁₁H₂₃N₂O₇PS
#3: 化合物	ChemComp-STE / STEARIC ACID / ステアリン酸分子量: 284.477 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₁₈H₃₆O₂

-
実験

実験

手法: 溶液NMR

NMR実験

Conditions-ID	Experiment-ID	Solution-ID	タイプ
1	1	1	3D 15N-separated NOESY
1	2	1	3D 13C-separated NOESY
1	3	1	f1 filtered NOESY-15N HSQC

-
試料調製

詳細

Solution-ID	内容	溶媒系
1	2 mM protein, 10 mM MES pH 6.1, 100 mM NaCl, 95% H2O / 5% D2O	95% H2O/5% D2O
2	2 mM protein, 10 mM MES pH 6.1, 100 mM NaCl, 100% D2O	100% D2O

試料状態

Conditions-ID	イオン強度	pH	圧 (kPa)	温度 (K)
1	100 mM NaCl	6.1	1 atm	287 K
2	100 mM NaCl	6.1	1 atm	287 K

-
NMR測定

放射

プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M

放射波長

相対比: 1

NMRスペクトロメーター

タイプ	製造業者	モデル	磁場強度 (MHz)	Spectrometer-ID
Bruker DMX	Bruker	DMX	500	1
Bruker DMX	Bruker	DMX	600	2
Bruker DMX	Bruker	DMX	750	3
Varian INOVA	Varian	INOVA	600	4

-
解析

NMR software

名称	バージョン	分類
CYANA	2.1	構造決定
XPLOR-NIH	2.12	精密化
XwinNMR	2.6	collection
VNMR	6.1	collection
NMRPipe		データ解析
Sparky	3.111	データ解析

精密化

手法: Torsion angle dynamics, torsion angle dynamics with ambiguous restraints, NOESY restraints, and ramachandran database potentials
ソフトェア番号: 1
詳細: Used CYANA for initial structure generation. Docking of the fatty acid (with ramachandran database potentials) was performed in XPLOR-NIH 2.0.12

代表構造

選択基準: lowest energy

NMRアンサンブル

コンフォーマー選択の基準: structures with lowest energy whose fatty acids form a aligned cluster
計算したコンフォーマーの数: 200 / 登録したコンフォーマーの数: 20

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関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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