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- PDB-2ft3: Crystal structure of the biglycan dimer core protein -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2ft3
タイトルCrystal structure of the biglycan dimer core protein
要素Biglycan
キーワードSTRUCTURAL PROTEIN / SIGNALING PROTEIN / Proteoglycan / dimer interface
機能・相同性
機能・相同性情報


articular cartilage development / Glycosaminoglycan-protein linkage region biosynthesis / CS-GAG biosynthesis / DS-GAG biosynthesis / CS/DS degradation / ECM proteoglycans / glycosaminoglycan binding / extracellular matrix binding / cytokine binding / transport vesicle ...articular cartilage development / Glycosaminoglycan-protein linkage region biosynthesis / CS-GAG biosynthesis / DS-GAG biosynthesis / CS/DS degradation / ECM proteoglycans / glycosaminoglycan binding / extracellular matrix binding / cytokine binding / transport vesicle / extracellular matrix / bone development / sarcolemma / cell surface / extracellular space / extracellular region
類似検索 - 分子機能
Small leucine-rich proteoglycan, class I, decorin/asporin/byglycan / : / Leucine rich repeat N-terminal domain / Leucine-rich repeat N-terminal domain / Leucine rich repeat N-terminal domain / Leucine-rich repeat, LRR (right-handed beta-alpha superhelix) / Ribonuclease Inhibitor / Leucine-rich repeats, bacterial type / Alpha-Beta Horseshoe / Leucine rich repeat ...Small leucine-rich proteoglycan, class I, decorin/asporin/byglycan / : / Leucine rich repeat N-terminal domain / Leucine-rich repeat N-terminal domain / Leucine rich repeat N-terminal domain / Leucine-rich repeat, LRR (right-handed beta-alpha superhelix) / Ribonuclease Inhibitor / Leucine-rich repeats, bacterial type / Alpha-Beta Horseshoe / Leucine rich repeat / Leucine-rich repeat, typical subtype / Leucine-rich repeats, typical (most populated) subfamily / Leucine-rich repeat profile. / Leucine-rich repeat / Leucine-rich repeat domain superfamily / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
CITRATE ANION / Biglycan
類似検索 - 構成要素
生物種Bos taurus (ウシ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 3.4 Å
データ登録者Scott, P.G. / Dodd, C.M. / Bergmann, E.M.
引用ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 2006
タイトル: Crystal Structure of the Biglycan Dimer and Evidence That Dimerization Is Essential for Folding and Stability of Class I Small Leucine-rich Repeat Proteoglycans.
著者: Scott, P.G. / Dodd, C.M. / Bergmann, E.M. / Sheehan, J.K. / Bishop, P.N.
履歴
登録2006年1月23日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02006年3月28日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年5月1日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Non-polymer description / Version format compliance
改定 1.32020年7月29日Group: Data collection / Derived calculations / Structure summary
カテゴリ: chem_comp / entity ...chem_comp / entity / pdbx_chem_comp_identifier / pdbx_entity_nonpoly / struct_conn / struct_site / struct_site_gen
Item: _chem_comp.name / _chem_comp.type ..._chem_comp.name / _chem_comp.type / _entity.pdbx_description / _pdbx_entity_nonpoly.name / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.pdbx_role / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id
解説: Carbohydrate remediation / Provider: repository / タイプ: Remediation
改定 1.42023年8月30日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Refinement description / Structure summary
カテゴリ: chem_comp / chem_comp_atom ...chem_comp / chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_ncs_dom_lim
Item: _chem_comp.pdbx_synonyms / _database_2.pdbx_DOI ..._chem_comp.pdbx_synonyms / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id
改定 1.52024年12月25日Group: Advisory / Derived calculations / Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature ...pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature / pdbx_validate_close_contact / struct_conn

-
構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

-
集合体

登録構造単位
A: Biglycan
B: Biglycan
C: Biglycan
D: Biglycan
E: Biglycan
F: Biglycan
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)226,84418
ポリマ－224,3826
非ポリマー2,46212
水00
1
A: Biglycan
B: Biglycan
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)75,6156
ポリマ－74,7942
非ポリマー8214
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
C: Biglycan
D: Biglycan
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)75,6156
ポリマ－74,7942
非ポリマー8214
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
3
E: Biglycan
F: Biglycan
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)75,6156
ポリマ－74,7942
非ポリマー8214
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)206.511, 119.222, 140.625
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 116.61, 90.00
Int Tables number5
Space group name H-MC121
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID詳細
11A
21B
31C
41D
51E
61F
12B
22C
32D
42E
52F
13C
23D
33E
43F
14D
24E
34F
15E
25F
16A
26B
36C
46D
56E
66F
17B
27C
37D
47E
57F
18C
28D
38E
48F
19D
29E
39F
110E
210F
111A
211B
311C
411D
511E
611F
112B
212C
312D
412E
512F
113C
213D
313E
413F
114D
214E
314F
115E
215F

NCSドメイン領域:

Component-ID: 1 / Refine code: 1

Dom-IDEns-IDBeg auth comp-IDBeg label comp-IDEnd auth comp-IDEnd label comp-IDAuth asym-IDLabel asym-IDAuth seq-IDLabel seq-ID
11ALAALAVALVALAA25 - 28725 - 287
21ALAALAVALVALBB25 - 28725 - 287
31ALAALAVALVALCC25 - 28725 - 287
41ALAALAVALVALDD25 - 28725 - 287
51ALAALAVALVALEE25 - 28725 - 287
61ALAALAVALVALFF25 - 28725 - 287
12ALAALAVALVALBB25 - 28725 - 287
22ALAALAVALVALCC25 - 28725 - 287
32ALAALAVALVALDD25 - 28725 - 287
42ALAALAVALVALEE25 - 28725 - 287
52ALAALAVALVALFF25 - 28725 - 287
13ALAALAVALVALCC25 - 28725 - 287
23ALAALAVALVALDD25 - 28725 - 287
33ALAALAVALVALEE25 - 28725 - 287
43ALAALAVALVALFF25 - 28725 - 287
14ALAALAVALVALDD25 - 28725 - 287
24ALAALAVALVALEE25 - 28725 - 287
34ALAALAVALVALFF25 - 28725 - 287
15ALAALAVALVALEE25 - 28725 - 287
25ALAALAVALVALFF25 - 28725 - 287
16TYRTYRPROPROAA295 - 307295 - 307
26TYRTYRPROPROBB295 - 307295 - 307
36TYRTYRPROPROCC295 - 307295 - 307
46TYRTYRPROPRODD295 - 307295 - 307
56TYRTYRPROPROEE295 - 307295 - 307
66TYRTYRPROPROFF295 - 307295 - 307
17TYRTYRPROPROBB295 - 307295 - 307
27TYRTYRPROPROCC295 - 307295 - 307
37TYRTYRPROPRODD295 - 307295 - 307
47TYRTYRPROPROEE295 - 307295 - 307
57TYRTYRPROPROFF295 - 307295 - 307
18TYRTYRPROPROCC295 - 307295 - 307
28TYRTYRPROPRODD295 - 307295 - 307
38TYRTYRPROPROEE295 - 307295 - 307
48TYRTYRPROPROFF295 - 307295 - 307
19TYRTYRPROPRODD295 - 307295 - 307
29TYRTYRPROPROEE295 - 307295 - 307
39TYRTYRPROPROFF295 - 307295 - 307
110TYRTYRPROPROEE295 - 307295 - 307
210TYRTYRPROPROFF295 - 307295 - 307
111TRPTRPPHEPHEAA309 - 327309 - 327
211TRPTRPPHEPHEBB309 - 327309 - 327
311TRPTRPPHEPHECC309 - 327309 - 327
411TRPTRPPHEPHEDD309 - 327309 - 327
511TRPTRPPHEPHEEE309 - 327309 - 327
611TRPTRPPHEPHEFF309 - 327309 - 327
112TRPTRPPHEPHEBB309 - 327309 - 327
212TRPTRPPHEPHECC309 - 327309 - 327
312TRPTRPPHEPHEDD309 - 327309 - 327
412TRPTRPPHEPHEEE309 - 327309 - 327
512TRPTRPPHEPHEFF309 - 327309 - 327
113TRPTRPPHEPHECC309 - 327309 - 327
213TRPTRPPHEPHEDD309 - 327309 - 327
313TRPTRPPHEPHEEE309 - 327309 - 327
413TRPTRPPHEPHEFF309 - 327309 - 327
114TRPTRPPHEPHEDD309 - 327309 - 327
214TRPTRPPHEPHEEE309 - 327309 - 327
314TRPTRPPHEPHEFF309 - 327309 - 327
115TRPTRPPHEPHEEE309 - 327309 - 327
215TRPTRPPHEPHEFF309 - 327309 - 327

NCSアンサンブル:
ID
1
2
3
4
5
6
7
8
9
10
11
12
13
14
15
詳細The biological assembly is believed to be a dimer. The asymmetric unit contains 3 such dimers (chains A + B; chains C + D; chains E + F).

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要素

#1: タンパク質
Biglycan / Bone/cartilage proteoglycan I / PG-S1 / Leucine-rich PG I


分子量: 37396.992 Da / 分子数: 6 / 断片: residues 38-369 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Bos taurus (ウシ) / 組織: Extracted from articular cartilage / 参照: UniProt: P21809
#2: 糖
ChemComp-NAG / 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose / N-acetyl-beta-D-glucosamine / 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucose / 2-acetamido-2-deoxy-D-glucose / 2-acetamido-2-deoxy-glucose / N-ACETYL-D-GLUCOSAMINE


タイプ: D-saccharide, beta linking / 分子量: 221.208 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 合成 / 式: C8H15NO6
識別子タイププログラム
DGlcpNAcbCONDENSED IUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0
N-acetyl-b-D-glucopyranosamineCOMMON NAMEGMML 1.0
b-D-GlcpNAcIUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLPDB-CARE 1.0
GlcNAcSNFG CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0
#3: 化合物
ChemComp-FLC / CITRATE ANION


分子量: 189.100 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 合成 / 式: C6H5O7
Has protein modificationY

-
実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 3.45 Å3/Da / 溶媒含有率: 64.32 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7
詳細: 0.2 M triammonium citrate, 20% (v/v) polyethylene glycol 3350, pH 7.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K

-
データ収集

回折平均測定温度: 90 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ALS / ビームライン: 8.3.1 / 波長: 1.1159 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 4 / 検出器: CCD / 日付: 2004年6月17日
放射モノクロメーター: Double crystal / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.1159 Å / 相対比: 1
反射解像度: 3.4→22.9 Å / Num. all: 40497 / Num. obs: 40497 / % possible obs: 96.5 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0
反射 シェル解像度: 3.4→3.58 Å / % possible all: 97.7

-
位相決定

Phasing MRRfactor: 0.537 / Cor.coef. Fo:Fc: 0.225
最高解像度最低解像度
Rotation4 Å22.84 Å
Translation4 Å22.84 Å
Phasing dmFOM : 0.72 / FOM acentric: 0.72 / FOM centric: 0.63 / 反射: 36005 / Reflection acentric: 34907 / Reflection centric: 1098
Phasing dm shell
解像度 (Å)FOM FOM acentricFOM centric反射Reflection acentricReflection centric
9.7-22.8390.770.780.7214061299107
6.1-9.70.670.680.5747064504202
4.9-6.10.710.710.5560105816194
4.3-4.90.780.790.6961205946174
3.6-4.30.770.770.681106610793273
3.4-3.60.610.610.5966976549148

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
SCALAデータスケーリング
MOLREP位相決定
RESOLVE2.06位相決定
REFMAC精密化
PDB_EXTRACT1.701データ抽出
MOSFLMデータ削減
CCP4(TRUNCATE)データスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 1XKU

1xku


解像度: 3.4→23 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.832 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.786 / SU B: 30.915 / SU ML: 0.502 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R Free: 0.629 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.291 2040 5 %RANDOM
Rwork0.258 ---
all0.259 42108 --
obs0.259 40497 96.52 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK
原子変位パラメータBiso mean: 38.068 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.91 Å20 Å22.49 Å2
2---0.85 Å20 Å2
3---2.17 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 3.4→23 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数14512 0 162 0 14674
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0230.02215004
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg2.2761.98120337
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg4.93451815
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg42.67324.256679
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg17.929152683
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg22.8431596
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.1270.22293
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0060.0211224
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined0.3130.37510
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined0.360.59929
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined0.2270.5616
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined0.3750.3123
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined0.0940.55
Refine LS restraints NCS

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / タイプ: TIGHT POSITIONAL / Weight position: 0.05

Ens-IDDom-IDAuth asym-ID数Rms dev position (Å)
11A20870.21
12B20870.16
13C20870.12
14D20870.1
15E20870.11
16F20870.1
21B20870.15
22C20870.11
23D20870.11
24E20870.09
25F20870.1
31C20870.1
32D20870.1
33E20870.09
34F20870.09
41D20870.08
42E20870.09
43F20870.08
51E20870.07
61A1060.29
62B1060.12
63C1060.13
64D1060.11
65E1060.1
66F1060.1
71B1060.11
72C1060.1
73D1060.1
74E1060.07
75F1060.09
81C1060.1
82D1060.09
83E1060.08
84F1060.08
91D1060.08
92E1060.08
93F1060.06
101E1060.06
111A1600.22
112B1600.17
113C1600.11
114D1600.14
115E1600.11
116F1600.12
121B1600.15
122C1600.1
123D1600.15
124E1600.09
125F1600.12
131C1600.11
132D1600.13
133E1600.09
134F1600.12
141D1600.12
142E1600.11
143F1600.1
151E1600.09
LS精密化 シェル解像度: 3.4→3.486 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.371 126 -
Rwork0.328 2727 -
obs-2853 95 %

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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