PDB-2fs8: Human beta-tryptase II with inhibitor CRA-29382

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 2fs8

タイトル

Human beta-tryptase II with inhibitor CRA-29382

要素

Tryptase beta-2

キーワード

HYDROLASE / Serine protease / proteinase / 29382

機能・相同性

機能・相同性情報

tryptase / serine-type peptidase activity / collagen-containing extracellular matrix / serine-type endopeptidase activity / proteolysis / extracellular space
類似検索 - 分子機能

生物種

Homo sapiens (ヒト)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.5 Å

データ登録者

Somoza, J.R.

引用

ジャーナル: Biochemistry / 年: 2006
タイトル: Structure-guided design of Peptide-based tryptase inhibitors.
著者: McGrath, M.E. / Sprengeler, P.A. / Hirschbein, B. / Somoza, J.R. / Lehoux, I. / Janc, J.W. / Gjerstad, E. / Graupe, M. / Estiarte, A. / Venkataramani, C. / Liu, Y. / Yee, R. / Ho, J.D. / ...

履歴

登録	2006年1月21日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2006年3月21日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2008年5月1日	Group: Version format compliance
改定 1.2	2011年7月13日	Group: Version format compliance
改定 1.3	2017年10月18日	Group: Refinement description / カテゴリ: software Item: _software.classification / _software.contact_author ..._software.classification / _software.contact_author / _software.contact_author_email / _software.date / _software.language / _software.location / _software.name / _software.type / _software.version

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	2fs8.cif.gz	202.3 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb2fs8.ent.gz	170.4 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	2fs8.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	2fs8_validation.pdf.gz	1.3 MB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	2fs8_full_validation.pdf.gz	1.3 MB	表示
XML形式データ	2fs8_validation.xml.gz	44.2 KB	表示
CIF形式データ	2fs8_validation.cif.gz	57.3 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/fs/2fs8 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/fs/2fs8	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	2fpzC 2fs9C 2fwwC 2fx4C 2fx6C 2fxrC C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	2fs9-d 2gdd-d 2fww-d 2fxr-d 4mpx-1 2fpz-d 1lto-d 1a0l-d 4mpw-1 5wi6-d 2zeb-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: Tryptase beta-2

B: Tryptase beta-2

C: Tryptase beta-2

D: Tryptase beta-2

ヘテロ分子

112 kDa, 4 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	78.202, 78.202, 165.516
Angle α, β, γ (deg.)	90.0, 90.0, 120.0
Int Tables number	144
Space group name H-M	P3₁

詳細

The biological unit is the tetramer. Each asymmetric unit contains one biologically-relevant tetramer.

#1: タンパク質	Tryptase beta-2 / Tryptase-2 / Tryptase II 分子量: 27491.426 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: TPSB2, TPS2 / 発現宿主: Pichia pastoris (菌類) / 参照: UniProt: P20231, tryptase
#2: 化合物	ChemComp-C3A / ALLYL {(1S)-1-[(5-{4-[(2,3-DIHYDRO-1H-INDEN-2-YLAMINO)CARBONYL]BENZYL}-1,2,4-OXADIAZOL-3-YL)CARBONYL]-3-PYRROLIDIN-3-YLPROPYL}CARBAMATE 分子量: 557.640 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₃₁H₃₅N₅O₅
#3: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 196 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.65 Å³/Da / 溶媒含有率: 53.67 %
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 4.6 詳細: 2mg/mL protein in 10mM MES, pH 6.1, 2M NaCl mixed in reservoir solution containing 0.1 M NaOAc, pH 4.6, 0.2 M ammonium sulfate, 30% PEG 1500. Crystallization drops were set up using various ...詳細: 2mg/mL protein in 10mM MES, pH 6.1, 2M NaCl mixed in reservoir solution containing 0.1 M NaOAc, pH 4.6, 0.2 M ammonium sulfate, 30% PEG 1500. Crystallization drops were set up using various ratios of protein solution to crystallization solution. Crystals appropriate for diffraction studies appeared in 2-5 days at room temperature, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293.0K

結晶

マシュー密度: 2.65 Å³/Da / 溶媒含有率: 53.67 %

結晶化

温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 4.6
詳細: 2mg/mL protein in 10mM MES, pH 6.1, 2M NaCl mixed in reservoir solution containing 0.1 M NaOAc, pH 4.6, 0.2 M ammonium sulfate, 30% PEG 1500. Crystallization drops were set up using various ...

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: ALS / ビームライン: 5.0.1 / 波長: 1 Å
検出器	タイプ: ADSC QUANTUM 4 / 検出器: CCD / 日付: 2004年10月9日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 1 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.5→42.78 Å / Num. all: 39151 / Num. obs: 39151 / % possible obs: 99.9 % / Observed criterion σ(I): -3 / R_merge(I) obs: 0.101 / Χ²: 0.931
反射シェル	解像度: 2.5→2.54 Å / % possible obs: 98.5 % / R_merge(I) obs: 0.557 / Num. unique obs: 1927 / Χ²: 0.801 / % possible all: 98.5

-
位相決定

Phasing MR

R_factor: 0.317 / Cor.coef. F_o:F_c: 0.743

	最高解像度	最低解像度
Translation	4 Å	15 Å

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
DENZO		データ削減
SCALEPACK		データスケーリング
EPMR	2.2	位相決定
CNS		精密化
PDB_EXTRACT	1.701	データ抽出
HKL-2000		データ削減

精密化

構造決定の手法:

分子置換 / 解像度: 2.5→42.78 Å / FOM work R set: 0.81 / σ(F): 0 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.25	3659	9.3 %	RANDOM
R_work	0.205	-	-	-
obs	0.21	36299	92.7 %	-

原子変位パラメータ

B_iso mean: 29.365 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	-3.942 Å²	-6.282 Å²	0 Å²
2-	-	-3.942 Å²	0 Å²
3-	-	-	7.883 Å²

Refine analyze

	Free	Obs
Luzzati coordinate error	0.39 Å	0.31 Å
Luzzati d res low	-	5 Å
Luzzati sigma a	0.49 Å	0.39 Å

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.5→42.78 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	7680	0	164	196	8040

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal
X-RAY DIFFRACTION	c_bond_d	0.011
X-RAY DIFFRACTION	c_angle_deg	1.7

LS精密化シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 50

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Num. reflection obs
2.5-2.52	0.437	70	0.342	556	626
2.52-2.53	0.371	61	0.376	550	611
2.53-2.55	0.359	67	0.291	580	647
2.55-2.57	0.394	61	0.34	571	632
2.57-2.59	0.296	61	0.299	641	702
2.59-2.61	0.318	72	0.292	610	682
2.61-2.63	0.405	61	0.286	561	622
2.63-2.65	0.332	72	0.28	654	726
2.65-2.67	0.328	72	0.267	602	674
2.67-2.69	0.27	63	0.261	630	693
2.69-2.72	0.357	64	0.301	590	654
2.72-2.74	0.338	77	0.253	637	714
2.74-2.76	0.272	65	0.241	642	707
2.76-2.79	0.292	80	0.283	646	726
2.79-2.82	0.492	63	0.292	643	706
2.82-2.84	0.349	69	0.277	617	686
2.84-2.87	0.283	66	0.285	626	692
2.87-2.9	0.374	81	0.289	653	734
2.9-2.93	0.331	74	0.282	601	675
2.93-2.96	0.311	59	0.264	647	706
2.96-3	0.303	72	0.274	666	738
3-3.03	0.357	72	0.275	630	702
3.03-3.07	0.336	77	0.245	660	737
3.07-3.11	0.326	68	0.259	668	736
3.11-3.15	0.313	85	0.252	671	756
3.15-3.19	0.292	84	0.235	618	702
3.19-3.24	0.273	70	0.234	719	789
3.24-3.29	0.3	76	0.223	638	714
3.29-3.34	0.291	84	0.225	679	763
3.34-3.39	0.298	60	0.21	715	775
3.39-3.45	0.196	79	0.189	657	736
3.45-3.51	0.278	75	0.2	664	739
3.51-3.58	0.252	72	0.223	678	750
3.58-3.65	0.257	77	0.198	684	761
3.65-3.73	0.231	75	0.191	707	782
3.73-3.82	0.244	65	0.174	669	734
3.82-3.92	0.232	60	0.188	712	772
3.92-4.02	0.186	83	0.154	661	744
4.02-4.14	0.168	87	0.152	694	781
4.14-4.27	0.183	73	0.135	675	748
4.27-4.43	0.158	89	0.135	667	756
4.43-4.6	0.168	81	0.148	728	809
4.6-4.81	0.185	80	0.143	680	760
4.81-5.07	0.173	84	0.133	691	775
5.07-5.38	0.224	67	0.152	685	752
5.38-5.8	0.212	80	0.176	685	765
5.8-6.38	0.243	86	0.189	689	775
6.38-7.3	0.186	87	0.159	688	775
7.3-9.19	0.165	85	0.137	692	777
9.19-50	0.194	68	0.164	713	781

Xplor file

Refine-ID	Serial no	Param file
X-RAY DIFFRACTION	1	protein_rep.param
X-RAY DIFFRACTION	2	cra2.par
X-RAY DIFFRACTION	3	water_rep.param

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

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