PDB-2fs7: Crystal Structure of Apo-Cellular Retinoic Acid Binding Protein T...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 2fs7

タイトル

Crystal Structure of Apo-Cellular Retinoic Acid Binding Protein Type II At 1.55 Angstroms Resolution

要素

Cellular retinoic acid-binding protein 2

キーワード

TRANSPORT PROTEIN / CRABPII / Retinoic Acid / Retinoids / Beta Barrel / High Resolution

機能・相同性

機能・相同性情報

positive regulation of collateral sprouting / retinoid binding / retinoic acid binding / retinal binding / embryonic forelimb morphogenesis / retinoic acid metabolic process / retinol binding / Signaling by Retinoic Acid / epidermis development / fatty acid transport ...
類似検索 - 分子機能

生物種

Homo sapiens (ヒト)

手法

X線回折 /

シンクロトロン / Rigid Body Refinement / 解像度: 1.55 Å

データ登録者

Vaezeslami, S. / Geiger, J.H.

引用

ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 2006
タイトル: The structure of Apo-wild-type cellular retinoic acid binding protein II at 1.4 A and its relationship to ligand binding and nuclear translocation.
著者: Vaezeslami, S. / Mathes, E. / Vasileiou, C. / Borhan, B. / Geiger, J.H.

履歴

登録	2006年1月21日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2006年9月19日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2008年4月1日	Group: Version format compliance
改定 1.2	2011年7月13日	Group: Version format compliance
改定 1.3	2017年10月18日	Group: Advisory / Refinement description / カテゴリ: pdbx_unobs_or_zero_occ_residues / software
改定 1.4	2024年2月14日	Group: Advisory / Data collection ...Advisory / Data collection / Database references / Derived calculations カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_unobs_or_zero_occ_residues / struct_site Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	2fs7.cif.gz	131.2 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb2fs7.ent.gz	102.7 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	2fs7.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/fs/2fs7 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/fs/2fs7	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	2fr3C 2frsC 2fs6C 2frr PDB 未公開エントリ 2fru PDB 未公開エントリ 2fs0 PDB 未公開エントリ C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	3d96-1 4qgv-1 4qgw-2 4yfp-d 5hzq-1 6mov-d 4ykm-1 3fek-1 5b27-d 5ogb-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#193 - 2016年1月シデロカリン (Siderocalin) 類似性 (3) #155 - 2012年11月ビタミンD受容体 (Vitamin D Receptor) 類似性 (1) #78 - 2006年6月ルシフェラーゼ (Luciferase) 類似性 (1)

登録構造単位

A: Cellular retinoic acid-binding protein 2

B: Cellular retinoic acid-binding protein 2

ヘテロ分子

31.4 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: Cellular retinoic acid-binding protein 2

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
15.7 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

2

B: Cellular retinoic acid-binding protein 2

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
15.7 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	34.475, 37.220, 57.597
Angle α, β, γ (deg.)	73.09, 75.74, 87.22
Int Tables number	1
Space group name H-M	P1

#1: タンパク質	Cellular retinoic acid-binding protein 2 / Cellular retinoic acid- binding protein II / CRABP-II / Retinoic acid-binding protein II / cellular 分子量: 15581.802 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: CRABP2 / プラスミド: pET17-b / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3)pLysS / 参照: UniProt: P29373
#2: 化合物	ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド分子量: 35.453 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#3: 化合物	ChemComp-ACT / ACETATE ION / 酢酸イオン分子量: 59.044 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂H₃O₂
#4: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 304 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.2 Å³/Da / 溶媒含有率: 44.04 %
結晶化	温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 8 詳細: 30% (w/v) PEG 8000, 0.1 M Tris-HCl pH 8.0, and 0.2 M Sodium Acetate, vapor diffusion, hanging drop, temperature 298K

-
データ収集

回折

ID	平均測定温度 (K)	Crystal-ID
1	77	1
2		1

放射光源

由来:

シンクロトロン / サイト:

APS

/ ビームライン: 14-ID-B / 波長: 1 Å

検出器

タイプ: MARRESEARCH / 検出器: CCD / 日付: 2005年4月1日

放射

プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray

放射波長

波長: 1 Å / 相対比: 1

反射

解像度: 1.55→50 Å / Num. all: 38968 / Num. obs: 35956 / % possible obs: 92.3 % / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 2.2 % / B_iso Wilson estimate: 18.7 Å² / R_merge(I) obs: 0.042 / Χ²: 0.973 / Net I/σ(I): 23.7

反射シェル

解像度: 1.55→1.61 Å / % possible obs: 68.1 % / 冗長度: 2 % / R_merge(I) obs: 0.157 / Mean I/σ(I) obs: 3.36 / Num. unique obs: 2650 / Χ²: 0.541 / % possible all: 68.1

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
DENZO		データ削減
SCALEPACK		データスケーリング
REFMAC		精密化
PDB_EXTRACT	1.701	データ抽出

精密化

構造決定の手法: Rigid Body Refinement / 解像度: 1.55→50 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.974 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.95 / SU B: 3.088 / SU ML: 0.052 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.118 / ESU R Free: 0.092 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.201	3595	10 %	RANDOM
R_work	0.144	-	-	-
all	0.149	35954	-	-
obs	0.149	35954	92.45 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK

原子変位パラメータ

B_iso mean: 18.544 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	-0.63 Å²	-0.76 Å²	0.73 Å²
2-	-	-1.11 Å²	-0.46 Å²
3-	-	-	1.73 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.55→50 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	2163	0	13	321	2497

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.019	0.022	2200
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.001	0.02	2040
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.742	1.96	2979
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	0.888	3	4754
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	6.711	5	271
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	34.574	25.152	99
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	11.864	15	407
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	19.155	15	14
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.113	0.2	354
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.008	0.02	2411
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.001	0.02	417
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.199	0.2	321
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other	0.197	0.2	2021
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined	0.18	0.2	1069
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_other	0.086	0.2	1466
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.179	0.2	227
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_refined	0.241	0.2	26
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_other	0.254	0.2	93
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_refined	0.17	0.2	28
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	2.12	1.5	1765
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	0.688	1.5	559
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	2.515	2	2225
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	3.712	3	958
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	4.916	4.5	754
X-RAY DIFFRACTION	r_rigid_bond_restr	2.081	3	5079
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_free	7.673	3	324
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_bonded	3.214	3	4211

LS精密化シェル

解像度: 1.55→1.585 Å / Total num. of bins used: 20

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.226	162	-
R_work	0.135	1754	-
obs	-	1916	67.3 %

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

すべてのお知らせ

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る

-
ムービー

-
構造ビューア

+
ビューアのログ

-
このページ

-
このウェブサイト

-
オプション

+
データを開く

-
基本情報

-
構造の表示

-
ダウンロードとリンク

-
ダウンロード

-
検証レポート

-
関連構造データ

-
リンク

-
集合体

-
要素

-
実験情報

-
実験

-
試料調製

-
データ収集

-
解析

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-
万見 (Yorodumi)

-ムービー

-構造ビューア

+ビューアのログ

-このページ

-このウェブサイト

-オプション

+データを開く

-基本情報

-構造の表示

-ダウンロードとリンク

-ダウンロード

-検証レポート

-関連構造データ

-リンク

-集合体

-要素

-実験情報

-実験

-試料調製

-データ収集

-解析

+万見について

-お知らせ

-2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-2020年8月12日: 新型コロナ情報

+2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-万見 (Yorodumi)

-
ムービー

-
構造ビューア

+
ビューアのログ

-
このページ

-
このウェブサイト

-
オプション

+
データを開く

-
基本情報

-
構造の表示

-
ダウンロードとリンク

-
ダウンロード

-
検証レポート

-
関連構造データ

-
リンク

-
集合体

-
要素

-
実験情報

-
実験

-
試料調製

-
データ収集

-
解析

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-
万見 (Yorodumi)