PDB-2fs6: Crystal Structure of Apo-Cellular Retinoic Acid Binding Protein T...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 2fs6

タイトル

Crystal Structure of Apo-Cellular Retinoic Acid Binding Protein Type II At 1.35 Angstroms Resolution

要素

Cellular retinoic acid-binding protein 2

キーワード

TRANSPORT PROTEIN / CRABPII / Retinoic Acid / Retinoids / Beta Barrel / High Resolution

機能・相同性

機能・相同性情報

positive regulation of collateral sprouting / retinoid binding / retinal binding / retinoic acid binding / embryonic forelimb morphogenesis / retinoic acid metabolic process / retinol binding / Signaling by Retinoic Acid / epidermis development / fatty acid transport ...
類似検索 - 分子機能

生物種

Homo sapiens (ヒト)

手法

X線回折 /

シンクロトロン / Rigid body refinement / 解像度: 1.35 Å

データ登録者

Vaezeslami, S. / Geiger, J.H.

引用

ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 2006
タイトル: The structure of Apo-wild-type cellular retinoic acid binding protein II at 1.4 A and its relationship to ligand binding and nuclear translocation.
著者: Vaezeslami, S. / Mathes, E. / Vasileiou, C. / Borhan, B. / Geiger, J.H.

履歴

登録	2006年1月21日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2006年9月19日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2008年4月1日	Group: Version format compliance
改定 1.2	2011年7月13日	Group: Version format compliance
改定 1.3	2017年10月18日	Group: Advisory / Refinement description / カテゴリ: pdbx_unobs_or_zero_occ_residues / software
改定 1.4	2024年2月14日	Group: Advisory / Data collection ...Advisory / Data collection / Database references / Derived calculations カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_unobs_or_zero_occ_residues / struct_conn / struct_site Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	2fs6.cif.gz	139.3 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb2fs6.ent.gz	109.4 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	2fs6.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	2fs6_validation.pdf.gz	444.6 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	2fs6_full_validation.pdf.gz	446.7 KB	表示
XML形式データ	2fs6_validation.xml.gz	17.8 KB	表示
CIF形式データ	2fs6_validation.cif.gz	27 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/fs/2fs6 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/fs/2fs6	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	2fr3C 2frsC 2fs7C 2frr PDB 未公開エントリ 2fru PDB 未公開エントリ 2fs0 PDB 未公開エントリ C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	6q17-d 4yfp-d 7jwd-2 5mc7-1 3zsk-d 6eym-d 4r9c-d 4hw2-4 4lbj-d 4qgw-1 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#193 - 2016年1月シデロカリン (Siderocalin) 類似性 (3) #155 - 2012年11月ビタミンD受容体 (Vitamin D Receptor) 類似性 (1) #78 - 2006年6月ルシフェラーゼ (Luciferase) 類似性 (1)

登録構造単位

A: Cellular retinoic acid-binding protein 2

B: Cellular retinoic acid-binding protein 2

ヘテロ分子

31.6 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: Cellular retinoic acid-binding protein 2

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
15.9 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

2

B: Cellular retinoic acid-binding protein 2

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
15.7 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	34.449, 37.056, 56.527
Angle α, β, γ (deg.)	72.68, 76.37, 87.28
Int Tables number	1
Space group name H-M	P1

#1: タンパク質	Cellular retinoic acid-binding protein 2 / Cellular retinoic acid- binding protein II / CRABP-II / Retinoic acid-binding protein II / cellular 分子量: 15581.802 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: CRABP2 / プラスミド: pET17-b / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3)pLysS / 参照: UniProt: P29373
#2: 化合物	ChemComp-ACT / ACETATE ION / 酢酸イオン分子量: 59.044 Da / 分子数: 7 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂H₃O₂
#3: 化合物	ChemComp-NA / SODIUM ION / ナトリウムカチオン分子量: 22.990 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Na
#4: 化合物	ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド分子量: 35.453 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#5: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 391 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.15 Å³/Da / 溶媒含有率: 42.71 %
結晶化	温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 8 詳細: 30% (w/v) PEG 8000 (4000), 0.1 M TRIS-HCl pH 8.0 (8.5), and 0.2 M Sodium Acetate, vapor diffusion, hanging drop, temperature 298K

-
データ収集

回折	平均測定温度: 77 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 14-ID-B / 波長: 1 Å
検出器	タイプ: MARRESEARCH / 検出器: CCD / 日付: 2005年4月1日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 1 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.35→50 Å / Num. all: 56961 / Num. obs: 50380 / % possible obs: 88.4 % / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 2 % / B_iso Wilson estimate: 15.4 Å² / R_merge(I) obs: 0.042 / Χ²: 0.591 / Net I/σ(I): 14.56
反射シェル	解像度: 1.35→1.4 Å / % possible obs: 56.5 % / 冗長度: 1.8 % / R_merge(I) obs: 0.261 / Mean I/σ(I) obs: 1.77 / Num. unique obs: 3219 / Χ²: 0.517 / % possible all: 56.5

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
DENZO		データ削減
SCALEPACK		データスケーリング
REFMAC		精密化
PDB_EXTRACT	1.701	データ抽出

精密化

構造決定の手法: Rigid body refinement / 解像度: 1.35→17.24 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.976 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.958 / SU B: 2.636 / SU ML: 0.047 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.076 / ESU R Free: 0.072 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.204	5082	10.1 %	RANDOM
R_work	0.148	-	-	-
all	0.154	50364	-	-
obs	0.154	50364	88.4 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK

原子変位パラメータ

B_iso mean: 16.794 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	-1.46 Å²	-0.28 Å²	0.3 Å²
2-	-	-0.4 Å²	-0.2 Å²
3-	-	-	1.87 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.35→17.24 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	2199	0	31	427	2657

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.018	0.022	2251
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.001	0.02	2109
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.775	1.964	3049
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	0.898	3	4915
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	6.818	5	271
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	38.191	25.294	102
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	12.741	15	421
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	15.157	15	14
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.118	0.2	370
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.008	0.02	2443
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.001	0.02	417
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.221	0.2	364
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other	0.196	0.2	2083
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined	0.177	0.2	1080
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_other	0.085	0.2	1503
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.196	0.2	279
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_refined	0.153	0.2	1
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_refined	0.227	0.2	35
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_other	0.26	0.2	98
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_refined	0.183	0.2	42
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	1.774	1.5	1395
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	0.748	1.5	559
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	2.619	2	2272
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	3.391	3	884
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	4.846	4.5	777
X-RAY DIFFRACTION	r_rigid_bond_restr	1.996	3	4527
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_free	7.239	3	429
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_bonded	3.354	3	4336

LS精密化シェル

解像度: 1.35→1.385 Å / Total num. of bins used: 20

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.26	260	-
R_work	0.233	2047	-
obs	-	2307	54.38 %

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関連情報:EMDBヘッダ

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