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- PDB-2fs3: Bacteriophage HK97 K169Y Head I -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2fs3
タイトルBacteriophage HK97 K169Y Head I
要素Major capsid protein
キーワードVIRUS / Bacteriophage / HK97 / capsid / expansion intermediate / icosahedral VIRUS
機能・相同性Phage capsid / Phage capsid family / viral procapsid maturation / T=7 icosahedral viral capsid / viral capsid / identical protein binding / Major capsid protein
機能・相同性情報
生物種Enterobacteria phage HK97 (ファージ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 4.2 Å
データ登録者Gan, L. / Speir, J.A. / Conway, J.F. / Lander, G. / Cheng, N. / Firek, B.A. / Hendrix, R.W. / Duda, R.L. / Liljas, L. / Johnson, J.E.
引用ジャーナル: Structure / 年: 2006
タイトル: Capsid conformational sampling in HK97 maturation visualized by X-ray crystallography and cryo-EM.
著者: Lu Gan / Jeffrey A Speir / James F Conway / Gabriel Lander / Naiqian Cheng / Brian A Firek / Roger W Hendrix / Robert L Duda / Lars Liljas / John E Johnson /
要旨: Maturation of the bacteriophage HK97 capsid from a precursor (Prohead II) to the mature state (Head II) involves a 60 A radial expansion. The mature particle is formed by 420 copies of the major ...Maturation of the bacteriophage HK97 capsid from a precursor (Prohead II) to the mature state (Head II) involves a 60 A radial expansion. The mature particle is formed by 420 copies of the major capsid protein organized on a T = 7 laevo lattice with each subunit covalently crosslinked to two neighbors. Well-characterized pH 4 expansion intermediates make HK97 valuable for investigating quaternary structural dynamics. Here, we use X-ray crystallography and cryo-EM to demonstrate that in the final transition in maturation (requiring neutral pH), pentons in Expansion Intermediate IV (EI-IV) reversibly sample 14 A translations and 6 degrees rotations relative to a fixed hexon lattice. The limit of this trajectory corresponds to the Head II conformation that is secured at this extent only by the formation of the final class of covalent crosslinks. Mutants that cannot crosslink or EI-IV particles that have been rendered incapable of forming the final crosslink remain in the EI-IV state.
履歴
登録2006年1月20日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02006年2月7日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年5月1日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32017年10月18日Group: Refinement description / カテゴリ: software
Item: _software.classification / _software.contact_author ..._software.classification / _software.contact_author / _software.contact_author_email / _software.date / _software.language / _software.location / _software.name / _software.type / _software.version
改定 1.42021年10月20日Group: Database references / カテゴリ: database_2 / struct_ref_seq_dif
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details
改定 2.02023年4月19日Group: Advisory / Atomic model ...Advisory / Atomic model / Data collection / Derived calculations / Other / Refinement description
カテゴリ: atom_site / cell ...atom_site / cell / pdbx_database_remark / pdbx_struct_oper_list / pdbx_validate_rmsd_angle / pdbx_validate_torsion / struct_ncs_oper
Item: _atom_site.Cartn_x / _atom_site.Cartn_y ..._atom_site.Cartn_x / _atom_site.Cartn_y / _atom_site.Cartn_z / _cell.Z_PDB / _pdbx_struct_oper_list.id / _pdbx_struct_oper_list.matrix[1][1] / _pdbx_struct_oper_list.matrix[1][2] / _pdbx_struct_oper_list.matrix[1][3] / _pdbx_struct_oper_list.matrix[2][1] / _pdbx_struct_oper_list.matrix[2][2] / _pdbx_struct_oper_list.matrix[2][3] / _pdbx_struct_oper_list.matrix[3][1] / _pdbx_struct_oper_list.matrix[3][2] / _pdbx_struct_oper_list.matrix[3][3] / _pdbx_struct_oper_list.name / _pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation / _pdbx_struct_oper_list.type / _pdbx_struct_oper_list.vector[1] / _pdbx_struct_oper_list.vector[2] / _pdbx_struct_oper_list.vector[3] / _pdbx_validate_rmsd_angle.angle_deviation / _pdbx_validate_rmsd_angle.angle_value / _pdbx_validate_torsion.phi / _pdbx_validate_torsion.psi
詳細: Coordinates and associated matrices have been transformed from the icosahedral point symmetry frame to the crystallographic frame
Provider: repository / タイプ: Remediation
改定 2.12023年9月20日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Major capsid protein
B: Major capsid protein
C: Major capsid protein
D: Major capsid protein
E: Major capsid protein
F: Major capsid protein
G: Major capsid protein


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)215,8707
ポリマ－215,8707
非ポリマー00
水00
1
A: Major capsid protein
B: Major capsid protein
C: Major capsid protein
D: Major capsid protein
E: Major capsid protein
F: Major capsid protein
G: Major capsid protein
x 60


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)12,952,212420
ポリマ－12,952,212420
非ポリマー00
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
point symmetry operation59
2


  • 登録構造と同一
  • icosahedral asymmetric unit
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
3
A: Major capsid protein
B: Major capsid protein
C: Major capsid protein
D: Major capsid protein
E: Major capsid protein
F: Major capsid protein
G: Major capsid protein
x 5


  • icosahedral pentamer
  • 1.08 MDa, 35 ポリマー
分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)1,079,35135
ポリマ－1,079,35135
非ポリマー00
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
point symmetry operation4
4
A: Major capsid protein
B: Major capsid protein
C: Major capsid protein
D: Major capsid protein
E: Major capsid protein
F: Major capsid protein
G: Major capsid protein
x 6


  • icosahedral 23 hexamer
  • 1.3 MDa, 42 ポリマー
分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)1,295,22142
ポリマ－1,295,22142
非ポリマー00
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
point symmetry operation5
5


  • 登録構造と同一（異なる座標系）
  • icosahedral asymmetric unit, std point frame
タイプ名称対称操作数
transform to point frame1
6
A: Major capsid protein
B: Major capsid protein
C: Major capsid protein
D: Major capsid protein
E: Major capsid protein
F: Major capsid protein
G: Major capsid protein
x 30


  • crystal asymmetric unit, crystal frame
  • 6.48 MDa, 210 ポリマー
分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)6,476,106210
ポリマ－6,476,106210
非ポリマー00
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z2
point symmetry operation29
単位格子
Length a, b, c (Å)1009.643, 1009.643, 729.812
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number96
Space group name H-MP43212
対称性点対称性: (ヘルマン・モーガン記号: 532 / シェーンフリース記号: I (正20面体型対称))
非結晶学的対称性 (NCS)NCS oper:
IDCodeMatrixベクター
1given(1), (1), (1)
2generate(0.65447299, -0.33578672, -0.67743126), (-0.35512486, 0.65447257, -0.66749672), (0.66749646, 0.67743056, 0.30908842)107.17535, 110.21744, -211.5663
3generate(0.09539814, -0.89843918, -0.42861009), (-0.91039082, 0.09539788, -0.40260112), (0.4026014, 0.42860922, -0.80883001)283.6308, 285.51091, -130.75517
4generate(0.09539788, -0.91039082, 0.40260112), (-0.89843918, 0.09539814, 0.42861009), (-0.42860922, -0.4026014, -0.80883001)285.51091, 283.6308, 130.75517
5generate(0.65447257, -0.35512486, 0.66749672), (-0.33578672, 0.65447299, 0.67743126), (-0.67743056, -0.66749646, 0.30908842)110.21744, 107.17535, 211.5663
6generate(-0.2855323, -0.7144677, -0.63875422), (-0.7144677, -0.2855323, 0.63875422), (-0.63875462, 0.63875462, -0.42893541)314.6138, 314.6138
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15generate(0.64101607, -0.65972279, 0.3922558), (0.70793988, 0.31076683, -0.63422772), (0.2965136, 0.68424344, 0.66625107)160.2496, -2.9427, -154.27985
16generate(-0.46397369, -0.07037826, 0.88304889), (-0.3812891, 0.91564104, -0.12736019), (-0.79959209, -0.39578852, -0.45166735)241.36415, 73.24965, 188.04162
17generate(0.31076683, 0.70793988, 0.63422772), (-0.65972279, 0.64101607, -0.3922558), (-0.68424344, -0.2965136, 0.66625107)-2.9427, 160.2496, 154.27985
18generate(0.3753262, 0.7886211, -0.48703827), (-0.92124086, 0.37532753, -0.10220101), (0.10220074, 0.48703868, 0.86738024)-25.79004, 243.18283, -92.69143
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20generate(-0.87823028, -0.47072409, -0.08443716), (-0.47072567, 0.81968004, 0.32640908), (-0.08443729, 0.32640849, -0.94144976)369.50673, 102.41397, -38.06374
21generate(0.91564068, -0.07037964, 0.39578869), (-0.38128817, -0.46397286, 0.79959242), (0.12736157, -0.88304918, -0.45166781)24.34151, 290.27229, 118.87488
22generate(0.8884432, -0.08540216, -0.45097174), (0.4489506, 0.36604234, 0.81514165), (0.09546076, -0.92667137, 0.36354843)30.983, 29.10289, 130.75517
23generate(0.31076847, -0.65972285, -0.68424368), (0.70793948, 0.64101489, -0.29651439), (0.63422783, -0.39225664, 0.66625061)212.19983, -54.89293, -38.06374
24generate(-0.01905668, -0.99965003, 0.01834677), (0.03776463, -0.01905792, -0.99910484), (0.999105, -0.01834796, 0.0381146)317.5565, 154.3642, -154.27985
25generate(0.3547749, -0.63541589, 0.68584348), (-0.63541507, -0.70197791, -0.32167358), (0.68584442, -0.32167443, -0.65279698)201.45366, 367.68804, -57.28645
26generate(-0.46397286, -0.38128817, -0.79959242), (-0.07037964, 0.91564068, -0.39578869), (0.88304918, -0.12736157, -0.45166781)290.27229, 24.34151, -118.87488
27generate(-0.70197791, -0.63541507, 0.32167358), (-0.63541589, 0.3547749, -0.68584348), (0.32167443, -0.68584442, -0.65279698)367.68804, 201.45366, 57.28645
28generate(-0.01905792, 0.03776463, 0.99910484), (-0.99965003, -0.01905668, -0.01834677), (0.01834796, -0.999105, 0.0381146)154.3642, 317.5565, 154.27985
29generate(0.64101489, 0.70793948, 0.29651439), (-0.65972285, 0.31076847, 0.68424368), (0.39225664, -0.63422783, 0.66625061)-54.89293, 212.19983, 38.06374
30generate(0.36604234, 0.4489506, -0.81514165), (-0.08540216, 0.8884432, 0.45097174), (0.92667137, -0.09546076, 0.36354843)29.10289, 30.983, -130.75517

-
要素

#1: タンパク質
Major capsid protein / Gp5 / Head protein


分子量: 30838.600 Da / 分子数: 7 / 変異: K169Y / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Enterobacteria phage HK97 (ファージ)
属: Lambda-like viruses / 遺伝子: 5 / プラスミド: pT7-Hd2.9-K169Y / 生物種 (発現宿主): Escherichia coli / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 (DE3) / 参照: UniProt: P49861

-
実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 5

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試料調製

結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6.7
詳細: 100mM Sodium Cacodylate, 300mM Magnesium Acetate Hexahydrate, 25% 1,6-Hexanediol, pH 6.7, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K

-
データ収集

回折
ID平均測定温度 (K)Crystal-ID
11001
21001
放射光源
由来サイトビームラインID波長 (Å)
シンクロトロンAPS 14-BM-C10.9
シンクロトロンAPS 23-ID-D20.689
検出器
タイプID検出器日付
ADSC QUANTUM 41CCD2003年6月23日
MARMOSAIC 225 mm CCD2CCD2004年12月18日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長
ID波長 (Å)相対比
10.91
20.6891
反射解像度: 4.2→30 Å / Num. obs: 1679512 / % possible obs: 63 % / Observed criterion σ(F): -1.5 / Observed criterion σ(I): -1.5 / Biso Wilson estimate: 55 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.162 / Χ2: 1.006 / Net I/σ(I): 4.1
反射 シェル解像度: 4.2→4.27 Å / % possible obs: 21.8 % / Rmerge(I) obs: 0.396 / Mean I/σ(I) obs: 1.5 / Num. unique obs: 28999 / Χ2: 0.934 / % possible all: 21.8

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
CNS精密化
PDB_EXTRACT1.701データ抽出
Blu-Iceデータ収集
RAVE位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: pdb entry 1OHG

1ohg


解像度: 4.2→30 Å / σ(F): 0
Rfactor反射数%反射
Rwork0.384 --
all0.384 --
obs0.384 1679512 63.1 %
Rfree--0 %
溶媒の処理Bsol: 64.826 Å2
原子変位パラメータBiso mean: 80.999 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-19.939 Å20 Å20 Å2
2--19.939 Å20 Å2
3----39.878 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 4.2→30 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数14664 0 0 0 14664
Xplor fileSerial no: 1 / Param file: CNS_TOPPAR:protein_rep.param

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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