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- PDB-2fs2: Structure of the E. coli PaaI protein from the phyenylacetic acid... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2fs2
タイトルStructure of the E. coli PaaI protein from the phyenylacetic acid degradation operon
要素Phenylacetic acid degradation protein paaI
キーワードHYDROLASE / T820 / PHENYLACETIC ACID / DEGRADATION / OPERON / Structural Genomics / PSI / Protein Structure Initiative / New York SGX Research Center for Structural Genomics / NYSGXRC
機能・相同性
機能・相同性情報


acyl-CoA hydrolase activity / phenylacetate catabolic process / 加水分解酵素; エステル加水分解酵素; 3価のアルコールのエステル加水分解酵素
類似検索 - 分子機能
Phenylacetic acid degradation protein PaaD / : / Phenylacetic acid degradation-related domain / Thioesterase domain / Thioesterase superfamily / Hotdog Thioesterase / Thiol Ester Dehydrase; Chain A / HotDog domain superfamily / Roll / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Acyl-coenzyme A thioesterase PaaI
類似検索 - 構成要素
生物種Escherichia coli (大腸菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 単波長異常分散 / 解像度: 2 Å
データ登録者Kniewel, R. / Buglino, J.A. / Solorzano, V. / Wu, J. / Lima, C.D. / Burley, S.K. / New York SGX Research Center for Structural Genomics (NYSGXRC)
引用ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 2006
タイトル: Structure, Function, and Mechanism of the Phenylacetate Pathway Hot Dog-fold Thioesterase PaaI
著者: Song, F. / Zhuang, Z. / Finci, L. / Dunaway-Mariano, D. / Kniewel, R. / Buglino, J.A. / Solorzano, V. / Wu, J. / Lima, C.D.
履歴
登録2006年1月20日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02006年2月7日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年5月1日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32017年10月18日Group: Refinement description / カテゴリ: software
Item: _software.classification / _software.contact_author ..._software.classification / _software.contact_author / _software.contact_author_email / _software.date / _software.language / _software.location / _software.name / _software.type / _software.version
改定 1.42021年2月3日Group: Database references / Derived calculations / Structure summary
カテゴリ: audit_author / struct_conn ...audit_author / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _audit_author.identifier_ORCID / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag ..._audit_author.identifier_ORCID / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
改定 1.52024年10月16日Group: Data collection / Database references / Structure summary
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Phenylacetic acid degradation protein paaI
B: Phenylacetic acid degradation protein paaI
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)32,8515
ポリマ－32,5632
非ポリマー2883
水1,42379
1
A: Phenylacetic acid degradation protein paaI
B: Phenylacetic acid degradation protein paaI
ヘテロ分子

A: Phenylacetic acid degradation protein paaI
B: Phenylacetic acid degradation protein paaI
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)65,70210
ポリマ－65,1264
非ポリマー5766
水724
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation5_676x-y+1,-y+2,-z+5/31
単位格子
Length a, b, c (Å)69.847, 69.847, 117.168
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number152
Space group name H-MP3121
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-169-

HOH

21A-171-

HOH

詳細Tetramer by translating the dimer by 1 0 0 0 -1 0 0 0 -1 trans 0, 121.0, 195.3

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要素

#1: タンパク質 Phenylacetic acid degradation protein paaI


分子量: 16281.526 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Escherichia coli (大腸菌) / 遺伝子: paaI / プラスミド: Topo-adapted C-term hexahistidine tag / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): B834DE3 / 参照: UniProt: P76084
#2: 化合物 ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン


分子量: 96.063 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 79 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.51 Å3/Da / 溶媒含有率: 50.92 %
解説: THE NUMBER OF UNIQUE REFLECTIONS FOR THE DATA COLLECTION INCLUDES FRIEDEL PAIRS USED TO PHASE THE STRUCTURE.
結晶化温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6
詳細: 13% PEG 4000, 0.1M BIS-TRIS, 20% MPD, 0.2M LITHIUM SULFATE, pH 6.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 291K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 31-ID / 波長: 0.9798 Å
検出器タイプ: MARRESEARCH / 検出器: CCD / 日付: 2003年6月7日
放射モノクロメーター: diamond / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9798 Å / 相対比: 1
Reflection冗長度: 2.5 % / Av σ(I) over netI: 6.9 / 数: 99872 / Rmerge(I) obs: 0.093 / Χ2: 1 / D res high: 2 Å / D res low: 20 Å / Num. obs: 40460 / % possible obs: 93.5
Diffraction reflection shell

ID: 1

最高解像度 (Å)最低解像度 (Å)Num. obs% possible obs (%)Rmerge(I) obsChi squaredRedundancy
4.320423397.50.0612.0332.8
3.424.3426998.40.0721.8042.8
2.993.42419697.20.0931.172.7
2.712.99415395.70.130.8162.5
2.522.71405893.90.1560.6652.5
2.372.52398692.20.2110.5832.4
2.252.37394591.40.2630.5452.3
2.152.25394290.90.2950.5352.3
2.072.15384989.20.3550.4812.2
22.07382988.90.4620.4012.2
反射解像度: 2→20 Å / Num. all: 43273 / Num. obs: 40460 / % possible obs: 93.5 % / Observed criterion σ(F): -0.5 / Observed criterion σ(I): -0.5 / 冗長度: 2.5 % / Rmerge(I) obs: 0.093 / Χ2: 1 / Net I/σ(I): 6.9
反射 シェル解像度: 2→2.07 Å / % possible obs: 88.9 % / 冗長度: 2.2 % / Rmerge(I) obs: 0.462 / Mean I/σ(I) obs: 1.4 / Num. unique obs: 3829 / Χ2: 0.401 / % possible all: 88.9

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位相決定

位相決定手法: 単波長異常分散
Phasing MAD set site
IDAtom type symbolB isoFract xFract yFract zOccupancy
1Se36.1270.6570.0590.0781.287
2Se28.1260.5650.1310.030.933
3Se21.5730.3670.5820.1680.623
4Se32.8330.3170.4410.0370.544
5Se6.3550.2640.4590.0270.295
6Se36.7510.3930.6380.1440.867
7Se36.5510.6470.1730.0180.501
8Se34.0560.6770.9980.1330.599
9Se22.8710.3990.3240.1270.203
10Se10.8830.8980.1530.019

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
SOLVE2.03位相決定
RESOLVE2.02位相決定
REFMAC精密化
PDB_EXTRACT1.701データ抽出
MAR345データ収集
精密化構造決定の手法: 単波長異常分散 / 解像度: 2→19.88 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.947 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.922 / SU B: 5.145 / SU ML: 0.132 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.178 / ESU R Free: 0.16 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.23 981 5.1 %RANDOM
Rwork0.187 ---
all0.189 22978 --
obs-19072 83.1 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK
原子変位パラメータBiso mean: 32.946 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-1.06 Å20.53 Å20 Å2
2--1.06 Å20 Å2
3----1.59 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2→19.88 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2014 0 15 79 2108
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0310.0212062
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg2.3291.9162790
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg7.1435268
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.1670.2316
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0120.021560
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined0.2470.2866
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined0.20.2109
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined0.2130.236
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined0.2210.210
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it1.6081.51328
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it3.08722102
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it5.5063734
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it8.8144.5688
LS精密化 シェル解像度: 2→2.052 Å / Total num. of bins used: 20 /
Rfactor反射数
Rfree0.366 51
Rwork0.319 920
obs-971

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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