PDB-2frs: Crystal structure of the f15w mutant of apo-cellular retinoic aci...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 2frs

タイトル

Crystal structure of the f15w mutant of apo-cellular retinoic acid binding protein type ii at 1.51 angstroms resolution

要素

Cellular retinoic acid-binding protein 2

キーワード

TRANSPORT PROTEIN / CRABPII / Retinoic Acid / Retinoids / Beta Barrel / High Resolution / Mutant

機能・相同性

機能・相同性情報

positive regulation of collateral sprouting / retinoid binding / retinoic acid binding / retinal binding / embryonic forelimb morphogenesis / retinoic acid metabolic process / retinol binding / Signaling by Retinoic Acid / epidermis development / fatty acid transport ...
類似検索 - 分子機能

生物種

Homo sapiens (ヒト)

手法

X線回折 /

シンクロトロン / Rigid body refinement / 解像度: 1.51 Å

データ登録者

Vaezeslami, S. / Geiger, J.H.

引用

ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 2006
タイトル: The structure of Apo-wild-type cellular retinoic acid binding protein II at 1.4 A and its relationship to ligand binding and nuclear translocation.
著者: Vaezeslami, S. / Mathes, E. / Vasileiou, C. / Borhan, B. / Geiger, J.H.

履歴

登録	2006年1月20日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2006年9月19日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2008年4月1日	Group: Version format compliance
改定 1.2	2011年7月13日	Group: Version format compliance
改定 1.3	2017年10月18日	Group: Refinement description / カテゴリ: software
改定 1.4	2021年10月20日	Group: Database references / Derived calculations カテゴリ: database_2 / pdbx_struct_conn_angle ...database_2 / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_alt_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_alt_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_ptnr2_label_alt_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
改定 1.5	2024年2月14日	Group: Data collection / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	2frs.cif.gz	133.5 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb2frs.ent.gz	104 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	2frs.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	2frs_validation.pdf.gz	431.8 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	2frs_full_validation.pdf.gz	436.2 KB	表示
XML形式データ	2frs_validation.xml.gz	17.7 KB	表示
CIF形式データ	2frs_validation.cif.gz	27 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/fr/2frs ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/fr/2frs	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	2fr3C 2fs6C 2fs7C 2frr PDB 未公開エントリ 2fru PDB 未公開エントリ 2fs0 PDB 未公開エントリ C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	6wab-2 2jda-1 3fen-2 6sts-1 5ur9-3 6wn9-1 1g7n-d 5xn9-2 3luk-2 6mgh-2 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#193 - 2016年1月シデロカリン (Siderocalin) 類似性 (3) #155 - 2012年11月ビタミンD受容体 (Vitamin D Receptor) 類似性 (1) #78 - 2006年6月ルシフェラーゼ (Luciferase) 類似性 (1)

登録構造単位

A: Cellular retinoic acid-binding protein 2

B: Cellular retinoic acid-binding protein 2

ヘテロ分子

31.3 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: Cellular retinoic acid-binding protein 2

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
15.7 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

2

B: Cellular retinoic acid-binding protein 2

登録者が定義した集合体
15.6 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	34.582, 37.030, 58.693
Angle α, β, γ (deg.)	102.00, 106.12, 93.00
Int Tables number	1
Space group name H-M	P1

#1: タンパク質	Cellular retinoic acid-binding protein 2 / Cellular retinoic acid- binding protein II / CRABP-II / Retinoic acid-binding protein II / cellular 分子量: 15620.839 Da / 分子数: 2 / 変異: F15W / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: CRABP2 / プラスミド: pET17-b / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3)pLysS / 参照: UniProt: P29373
#2: 化合物	ChemComp-NA / SODIUM ION 分子量: 22.990 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: Na
#3: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 436 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.24 Å³/Da / 溶媒含有率: 45.2 %
結晶化	温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6.5 詳細: 30% (w/v) PEG 4000, 0.2 M Bis-Tris-Propane pH 6.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K

-
データ収集

回折	平均測定温度: 77 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 19-BM / 波長: 1 Å
検出器	タイプ: MARRESEARCH / 検出器: CCD / 日付: 2003年3月16日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 1 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.51→50 Å / Num. all: 42559 / Num. obs: 39496 / % possible obs: 92.8 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / B_iso Wilson estimate: 16.7 Å² / R_merge(I) obs: 0.032 / Χ²: 0.306 / Net I/σ(I): 14.38
反射シェル	解像度: 1.51→1.56 Å / % possible obs: 75 % / R_merge(I) obs: 0.261 / Mean I/σ(I) obs: 1.69 / Num. unique obs: 3188 / Χ²: 0.279 / % possible all: 75

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
DENZO		データ削減
SCALEPACK		データスケーリング
REFMAC		精密化
PDB_EXTRACT	1.701	データ抽出

精密化

構造決定の手法: Rigid body refinement / 解像度: 1.51→33.9 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.963 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.934 / SU B: 3.627 / SU ML: 0.062 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.123 / ESU R Free: 0.103 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.24	3946	10 %	RANDOM
R_work	0.174	-	-	-
all	0.18	35549	-	-
obs	0.18	35549	92.7 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK

原子変位パラメータ

B_iso mean: 18.305 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	-0.53 Å²	-0.11 Å²	0.2 Å²
2-	-	-1.14 Å²	-0.11 Å²
3-	-	-	1.73 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.51→33.9 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	2047	0	4	468	2519

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.015	0.022	2079
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.001	0.02	1910
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.593	1.953	2815
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	0.862	3	4457
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	6.692	5	253
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	36.691	25.054	93
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	15.513	15	384
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	16.907	15	13
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.102	0.2	330
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.006	0.02	2258
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.001	0.02	395
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.231	0.2	392
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other	0.204	0.2	1980
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined	0.177	0.2	972
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_other	0.087	0.2	1392
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.203	0.2	265
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_other	0.198	0.2	1
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_refined	0.264	0.2	8
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_refined	0.252	0.2	17
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_other	0.235	0.2	82
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_refined	0.182	0.2	29
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	1.43	1.5	1282
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	0.56	1.5	526
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	2.287	2	2086
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	3.071	3	836
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	4.557	4.5	729
X-RAY DIFFRACTION	r_rigid_bond_restr	1.715	3	4194
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_free	5.639	3	472
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_bonded	2.934	3	3957

LS精密化シェル

解像度: 1.51→1.55 Å / Total num. of bins used: 20

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.29	250	-
R_work	0.196	2027	-
obs	-	2277	72.54 %

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

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URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

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