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万見
- PDB-2frg: Structure of the immunoglobulin-like domain of human TLT-1 -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2frg
タイトルStructure of the immunoglobulin-like domain of human TLT-1
要素trem-like transcript-1
キーワードIMMUNE SYSTEM / immunoglobulin-like / beta-sandwich / cell surface receptor / triggering receptor / TREM-like / platelet receptor / ITIM
機能・相同性
機能・相同性情報


platelet alpha granule / calcium-mediated signaling / platelet activation / transmembrane signaling receptor activity / Immunoregulatory interactions between a Lymphoid and a non-Lymphoid cell / nuclear speck / innate immune response / Golgi apparatus / cell surface / membrane ...platelet alpha granule / calcium-mediated signaling / platelet activation / transmembrane signaling receptor activity / Immunoregulatory interactions between a Lymphoid and a non-Lymphoid cell / nuclear speck / innate immune response / Golgi apparatus / cell surface / membrane / plasma membrane / cytosol
類似検索 - 分子機能
Immunoglobulin-like domain superfamily / Immunoglobulins / Immunoglobulin-like fold / Immunoglobulin-like / Sandwich / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Trem-like transcript 1 protein
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.19 Å
データ登録者Gattis, J.L. / Lubkowski, J.
引用ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 2006
タイトル: The structure of the extracellular domain of triggering receptor expressed on myeloid cells like transcript-1 and evidence for a naturally occurring soluble fragment.
著者: Gattis, J.L. / Washington, A.V. / Chisholm, M.M. / Quigley, L. / Szyk, A. / McVicar, D.W. / Lubkowski, J.
履歴
登録2006年1月19日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02006年3月14日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年5月1日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32017年10月18日Group: Refinement description / カテゴリ: software / Item: _software.classification / _software.name
改定 1.42023年8月30日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
P: trem-like transcript-1


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)11,5231
ポリマ－11,5231
非ポリマー00
水2,738152
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)47.095, 79.981, 25.780
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number18
Space group name H-MP21212
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11P-232-

HOH

21P-277-

HOH

詳細Current biochemical and crystallographic evidence suggest that the biologically active form is monomeric.

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要素

#1: 抗体 trem-like transcript-1


分子量: 11523.272 Da / 分子数: 1 / 断片: immunoglobulin-like domain 20-125 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: TLT-1 / プラスミド: pET22b / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21DE3RIL / 参照: UniProt: Q86YW5
#2: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 152 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 2

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.11 Å3/Da / 溶媒含有率: 41.57 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 5.6
詳細: Mother liquor contained 15-19% w/w PEG6000, 0.5M Na/K phosphate pH 5.6. Protein solution contained 10mg/ml TLT-1 in 20mM Tris pH 8. Protein and mother liquor were mixed in equal proportions ...詳細: Mother liquor contained 15-19% w/w PEG6000, 0.5M Na/K phosphate pH 5.6. Protein solution contained 10mg/ml TLT-1 in 20mM Tris pH 8. Protein and mother liquor were mixed in equal proportions at 15 C, and hanging drops were suspended over mother liquor., VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K

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データ収集

回折
ID平均測定温度 (K)Crystal-ID
11001
21001
放射光源
由来サイトビームラインタイプID波長 (Å)
回転陽極RIGAKU RU20011.54
シンクロトロンAPS 22-ID21.13
検出器
タイプID検出器日付詳細
MARRESEARCH1IMAGE PLATE2005年5月24日mirrors
MARRESEARCH2CCD2005年6月10日monochromator
放射
IDモノクロメータープロトコル単色(M)・ラウエ(L)散乱光タイプWavelength-ID
2double-crystal Si(220) sagittal focusedSINGLE WAVELENGTHMx-ray1
1Mx-ray1
放射波長
ID波長 (Å)相対比
11.541
21.131
反射解像度: 1.19→30 Å / Num. all: 32052 / Num. obs: 31487 / % possible obs: 98.2 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 6.4 % / Rsym value: 0.064 / Net I/σ(I): 25.9
反射 シェル解像度: 1.19→1.23 Å / 冗長度: 3.5 % / Mean I/σ(I) obs: 3.2 / Rsym value: 0.31 / % possible all: 87

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.2.0005精密化
MAR345データ収集
SCALEPACKデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: Hybrid model containing structurally conserved residues of TREM-1 (1SMO chain A), NKp44(1HKF), and D1 domain of polymeric immunoglobulin receptor (1XED chain E).

1smo

1hkf

1xed


解像度: 1.19→30 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.957 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.954 / SU B: 1.156 / SU ML: 0.024 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.046 / ESU R Free: 0.042 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.19062 1547 4.9 %RANDOM
Rwork0.17644 ---
obs0.17711 29945 98.22 %-
all-31487 --
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 13.076 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--0.28 Å20 Å20 Å2
2--0.35 Å20 Å2
3----0.07 Å2
Refine analyzeLuzzati coordinate error obs: 0.144 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.19→30 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数806 0 0 152 958
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.010.022823
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.4521.9941119
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg7.1045105
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg29.0323.42935
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg13.11815137
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg19.156158
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0950.2126
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0080.02628
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined0.2590.2360
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined0.310.2548
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined0.1620.2114
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other0.1920.21
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined0.2230.244
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined0.1760.233
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it1.4921.5539
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it2.112848
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it3.0673311
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it4.2364.5271
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr1.76631853
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free6.9143152
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded2.88231582
LS精密化 シェル解像度: 1.19→1.221 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.347 108 -
Rwork0.28 1851 -
obs--83.47 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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