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万見
- PDB-2fq2: Solution structure of minor conformation of holo-acyl carrier pro... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2fq2
タイトルSolution structure of minor conformation of holo-acyl carrier protein from malaria parasite plasmodium falciparum
要素acyl carrier protein
キーワードLIPID TRANSPORT / PfACP / 4'-PHOSPHOPANTETHEINE
機能・相同性
機能・相同性情報


acyl binding / acyl carrier activity
類似検索 - 分子機能
ACP-like / Non-ribosomal Peptide Synthetase Peptidyl Carrier Protein; Chain A / Acyl carrier protein (ACP) / Phosphopantetheine attachment site / Phosphopantetheine attachment site. / Phosphopantetheine attachment site / ACP-like superfamily / Carrier protein (CP) domain profile. / Phosphopantetheine binding ACP domain / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
4'-PHOSPHOPANTETHEINE / Acyl carrier protein
類似検索 - 構成要素
生物種Plasmodium falciparum 3D7 (マラリア病原虫)
手法溶液NMR / TORSION ANGLE DYNAMICS, SIMULATED ANNEALING
データ登録者Sharma, A.K. / Sharma, S.K. / Surolia, A. / Surolia, N. / Sarma, S.P.
引用ジャーナル: Biochemistry / 年: 2006
タイトル: Solution structures of conformationally equilibrium forms of holo-acyl carrier protein (PfACP) from Plasmodium falciparum provides insight into the mechanism of activation of ACPs
著者: Sharma, A.K. / Sharma, S.K. / Surolia, A. / Surolia, N. / Sarma, S.P.
履歴
登録2006年1月17日登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02006年8月8日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年5月1日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32022年3月9日Group: Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: database_2 / pdbx_nmr_spectrometer ...database_2 / pdbx_nmr_spectrometer / pdbx_struct_assembly / pdbx_struct_oper_list / struct_conn / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_nmr_spectrometer.model / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: acyl carrier protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)9,3752
ポリマ－9,0161
非ポリマー3581
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
NMR アンサンブル
データ基準
コンフォーマー数 (登録 / 計算)20 / 20target function
代表モデルモデル #1fewest violations

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要素

#1: タンパク質 acyl carrier protein


分子量: 9016.169 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Plasmodium falciparum 3D7 (マラリア病原虫)
生物種: Plasmodium falciparum / 株: 3d7 / 遺伝子: malaria parasite P. falciparum / プラスミド: PET-28A(+) / 生物種 (発現宿主): Escherichia coli / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: O77077
#2: 化合物 ChemComp-PNS / 4'-PHOSPHOPANTETHEINE / パンテテイン4′-りん酸


分子量: 358.348 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C11H23N2O7PS

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実験情報

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実験

実験手法: 溶液NMR
NMR実験
Conditions-IDExperiment-IDSolution-IDタイプ
1113D 15N-separated NOESY
1213D 13C-separated NOESY
1312D NOESY
1412D TOCSY
151HNHA
161HN(CA)CB, CBCA(CO)NH, H(CCO)NH, C(CCO)NH, HNCO, (H)CCH-TOCSY, 1H-15N HSQC, 1H-13C HSQC
NMR実験の詳細Text: Structures are based on 1218 noe derived distance constraints, 55 dihedral restraints and 26 distance restraints from hydrogen bonds

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試料調製

詳細内容: 1.2-1.4mM PFACP U-15N ,13C; 50mM PHOSPHATE BUFFER, 100mM NaCl; PH 6.5, 2mM DTT, 0.5% NaN3
溶媒系: 90% H2O/10% D2O
試料状態イオン強度: 50mM PHOSPHATE BUFFER IN 100mM NaCl / pH: 6.5 / 圧: AMBIENT / 温度: 300 K

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NMR測定

NMRスペクトロメーター
タイプ製造業者モデル磁場強度 (MHz)Spectrometer-ID
Bruker AVANCEBrukerAVANCE7001
Varian INOVAVarianINOVA5002

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解析

NMR software
名称バージョン開発者分類
NMRPipe97.027.12.56Frank Delaglio et al.,解析
ANSIG1.0.3P. Kraulis et al.,データ解析
CYANA2.1Peter Guntert構造決定
CYANA2.1Peter Guntert精密化
精密化手法: TORSION ANGLE DYNAMICS, SIMULATED ANNEALING / ソフトェア番号: 1
代表構造選択基準: fewest violations
NMRアンサンブルコンフォーマー選択の基準: target function / 計算したコンフォーマーの数: 20 / 登録したコンフォーマーの数: 20

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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