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万見
- PDB-2fq1: Crystal structure of the two-domain non-ribosomal peptide synthet... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2fq1
タイトルCrystal structure of the two-domain non-ribosomal peptide synthetase EntB containing isochorismate lyase and aryl-carrier protein domains
要素Isochorismatase
キーワードHYDROLASE / EntB / NRPS / multi-domain / ACP
機能・相同性
機能・相同性情報


isochorismatase / enterobactin synthase / isochorismatase activity / 2,3-dihydroxybenzoate-serine ligase activity / enterobactin biosynthetic process / transferase activity, transferring alkyl or aryl (other than methyl) groups / phosphopantetheine binding / magnesium ion binding / identical protein binding / plasma membrane / cytosol
類似検索 - 分子機能
Isochorismatase / : / Isochorismatase-like / Isochorismatase-like / Isochorismatase-like superfamily / Isochorismatase domain / ACP-like / Non-ribosomal Peptide Synthetase Peptidyl Carrier Protein; Chain A / Phosphopantetheine attachment site / ACP-like superfamily ...Isochorismatase / : / Isochorismatase-like / Isochorismatase-like / Isochorismatase-like superfamily / Isochorismatase domain / ACP-like / Non-ribosomal Peptide Synthetase Peptidyl Carrier Protein; Chain A / Phosphopantetheine attachment site / ACP-like superfamily / Carrier protein (CP) domain profile. / Phosphopantetheine binding ACP domain / Rossmann fold / Orthogonal Bundle / 3-Layer(aba) Sandwich / Mainly Alpha / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Enterobactin synthase component B
類似検索 - 構成要素
生物種Escherichia coli (大腸菌)
手法X線回折 / 分子置換 / 解像度: 2.3 Å
データ登録者Drake, E.J. / Nicolai, D.A. / Gulick, A.M.
引用ジャーナル: Chem.Biol. / 年: 2006
タイトル: Structure of the EntB multidomain nonribosomal peptide synthetase and functional analysis of its interaction with the EntE adenylation domain.
著者: Drake, E.J. / Nicolai, D.A. / Gulick, A.M.
履歴
登録2006年1月17日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02006年5月2日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年5月1日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Advisory / Version format compliance
改定 1.32023年8月30日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_symmetry / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_symmetry / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr1_symmetry / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_symmetry / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Isochorismatase
B: Isochorismatase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)65,90213
ポリマ－65,5752
非ポリマー32711
水4,125229
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area4250 Å2
ΔGint-84 kcal/mol
Surface area25160 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)50.889, 82.331, 164.730
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

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要素

#1: タンパク質 Isochorismatase / Isochorismate lyase / 2 / 3 dihydro-2 / 3 dihydroxybenzoate synthase / Enterobactin synthetase ...Isochorismate lyase / 2 / 3 dihydro-2 / 3 dihydroxybenzoate synthase / Enterobactin synthetase component B / Enterochelin synthase B


分子量: 32787.523 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Escherichia coli (大腸菌) / 株: JM109 / 遺伝子: entB, entG / プラスミド: pRF7 / 生物種 (発現宿主): Escherichia coli / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: P0ADI4, isochorismatase
#2: 化合物
ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン


分子量: 24.305 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#3: 化合物 ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド


分子量: 35.453 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#4: 化合物 ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル


分子量: 62.068 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H6O2
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 229 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.65 Å3/Da / 溶媒含有率: 53.51 %
結晶化温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 8
詳細: 10-15% mePEG5000, 0.8M MgCl2, 10% ethylene glycol, 50mM HEPPS, pH 8.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 277K

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データ収集

回折平均測定温度: 113 K
放射光源由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU RU300 / 波長: 1.5418 Å
検出器タイプ: RIGAKU RAXIS IV / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 2004年5月26日 / 詳細: Osmic Max-Flux Confocal Mirrors
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.5418 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.3→25 Å / Num. all: 31192 / Num. obs: 30038 / % possible obs: 96.3 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 3.8 % / Biso Wilson estimate: 47.8 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.063 / Χ2: 1.304 / Net I/σ(I): 15.5
反射 シェル解像度: 2.3→2.38 Å / Rmerge(I) obs: 0.341 / Num. unique all: 2423 / Χ2: 0.608 / % possible all: 80

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
SCALEPACKデータスケーリング
REFMAC精密化
PDB_EXTRACT1.401データ抽出
DENZOデータ削減
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: pdb entry 1NF9

1nf9


解像度: 2.3→25 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.955 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.936 / SU B: 14.037 / SU ML: 0.176 / SU R Cruickshank DPI: 0.307 / TLS residual ADP flag: LIKELY RESIDUAL / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R Free: 0.233 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.241 1545 5.2 %RANDOM
Rwork0.186 ---
all0.189 31509 --
obs0.189 29972 95.12 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 45.001 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-3.1 Å20 Å20 Å2
2--0.15 Å20 Å2
3----3.25 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.3→25 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数4418 0 14 229 4661
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0110.0224532
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.2451.9546170
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg5.5625556
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg34.02423.981216
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg15.43415737
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg18.5511533
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0820.2676
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0040.023495
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined0.1890.21956
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined0.30.23051
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined0.1510.2258
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined0.1430.249
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined0.2270.212
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it3.2822886
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it4.4434512
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it3.99521902
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it5.16231658
LS精密化 シェル解像度: 2.3→2.361 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.322 84 -
Rwork0.257 1516 -
obs--70.24 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
11.0435-0.29550.56912.7054-1.5694.0241-0.0485-0.08850.01470.4689-0.0906-0.1306-0.27440.06980.1391-0.1391-0.0274-0.0208-0.0860.0369-0.1192-22.744-4.88635.8166
22.91120.0097-2.32874.1181-0.77329.29390.260.00670.1664-0.9918-0.1637-0.2795-0.27350.3646-0.09630.3544-0.00780.1586-0.13810.014-0.1948-40.04037.250764.3198
31.0167-0.11270.55771.9312-0.85964.4005-0.0311-0.0126-0.0503-0.33770.03220.0831-0.0162-0.1843-0.0011-0.1452-0.0324-0.0113-0.10160.0195-0.1076-29.9145-2.55149.1623
44.693.11690.31068.63274.1515.96860.557-0.2536-0.10731.9196-0.71250.6671.1928-0.40910.15550.4524-0.21210.245-0.1933-0.0524-0.176-10.300713.8066-20.942
精密化 TLSグループ

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Selection: ALL

IDRefine TLS-IDAuth asym-IDLabel asym-IDAuth seq-IDLabel seq-ID
11AA6 - 2108 - 212
22AA211 - 283213 - 285
33BB4 - 2106 - 212
44BB211 - 282213 - 284

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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