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万見
- PDB-2fpz: Human tryptase with 2-amino benzimidazole -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2fpz
タイトルHuman tryptase with 2-amino benzimidazole
要素Tryptase beta-2
キーワードHYDROLASE / Serine protease / drug design
機能・相同性
機能・相同性情報


tryptase / serine-type peptidase activity / : / serine-type endopeptidase activity / proteolysis / extracellular space
類似検索 - 分子機能
Serine proteases, trypsin family, histidine active site / Serine proteases, trypsin family, serine active site / Serine proteases, trypsin family, histidine active site. / Peptidase S1A, chymotrypsin family / Serine proteases, trypsin family, serine active site. / Serine proteases, trypsin domain profile. / Trypsin-like serine protease / Serine proteases, trypsin domain / Trypsin / Trypsin-like serine proteases ...Serine proteases, trypsin family, histidine active site / Serine proteases, trypsin family, serine active site / Serine proteases, trypsin family, histidine active site. / Peptidase S1A, chymotrypsin family / Serine proteases, trypsin family, serine active site. / Serine proteases, trypsin domain profile. / Trypsin-like serine protease / Serine proteases, trypsin domain / Trypsin / Trypsin-like serine proteases / Thrombin, subunit H / Peptidase S1, PA clan, chymotrypsin-like fold / Peptidase S1, PA clan / Beta Barrel / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
1H-benzimidazol-2-amine / Tryptase beta-2
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2 Å
データ登録者Somoza, J.R.
引用ジャーナル: Biochemistry / 年: 2006
タイトル: Structure-guided design of Peptide-based tryptase inhibitors.
著者: McGrath, M.E. / Sprengeler, P.A. / Hirschbein, B. / Somoza, J.R. / Lehoux, I. / Janc, J.W. / Gjerstad, E. / Graupe, M. / Estiarte, A. / Venkataramani, C. / Liu, Y. / Yee, R. / Ho, J.D. / ...著者: McGrath, M.E. / Sprengeler, P.A. / Hirschbein, B. / Somoza, J.R. / Lehoux, I. / Janc, J.W. / Gjerstad, E. / Graupe, M. / Estiarte, A. / Venkataramani, C. / Liu, Y. / Yee, R. / Ho, J.D. / Green, M.J. / Lee, C.-S. / Liu, L. / Tai, V. / Spencer, J. / Sperandio, D. / Katz, B.A.
履歴
登録2006年1月17日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02006年3月7日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年5月1日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32024年11月13日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Structure summary
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
改定 2.02025年8月13日Group: Atomic model / Data collection ...Atomic model / Data collection / Derived calculations / Non-polymer description / Structure summary
カテゴリ: atom_site / chem_comp ...atom_site / chem_comp / chem_comp_atom / chem_comp_bond / entity / pdbx_entity_nonpoly / pdbx_nonpoly_scheme / struct_site
Item: _atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x ..._atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x / _atom_site.Cartn_y / _atom_site.Cartn_z / _atom_site.auth_atom_id / _atom_site.auth_comp_id / _atom_site.label_atom_id / _atom_site.label_comp_id / _atom_site.type_symbol / _chem_comp.formula / _chem_comp.formula_weight / _chem_comp.id / _chem_comp.mon_nstd_flag / _chem_comp.name / _chem_comp.pdbx_synonyms / _chem_comp.type / _chem_comp_atom.atom_id / _chem_comp_atom.comp_id / _chem_comp_atom.pdbx_aromatic_flag / _chem_comp_atom.pdbx_stereo_config / _chem_comp_atom.type_symbol / _chem_comp_bond.atom_id_1 / _chem_comp_bond.atom_id_2 / _chem_comp_bond.comp_id / _chem_comp_bond.pdbx_aromatic_flag / _chem_comp_bond.value_order / _entity.pdbx_description / _pdbx_entity_nonpoly.comp_id / _pdbx_entity_nonpoly.name / _pdbx_nonpoly_scheme.mon_id / _pdbx_nonpoly_scheme.pdb_mon_id / _struct_site.details / _struct_site.pdbx_auth_comp_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Tryptase beta-2
B: Tryptase beta-2
C: Tryptase beta-2
D: Tryptase beta-2
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)110,4988
ポリマ－109,9664
非ポリマー5334
水9,368520
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area7540 Å2
ΔGint-15 kcal/mol
Surface area38950 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)78.895, 78.895, 165.981
Angle α, β, γ (deg.)90.0, 90.0, 120.0
Int Tables number144
Space group name H-MP31
詳細The biological assembly is a tetramer. This is the same tetramer that forms the asymmetric unit.

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要素

#1: タンパク質
Tryptase beta-2 / Tryptase-2 / Tryptase II


分子量: 27491.426 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: TPSB2, TPS2 / 発現宿主: Pichia pastoris (菌類) / 参照: UniProt: P20231, tryptase
#2: 化合物
ChemComp-AX7 / 1H-benzimidazol-2-amine / 2-アミノベンゾイミダゾ-ル


分子量: 133.151 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C7H7N3
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 520 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.71 Å3/Da / 溶媒含有率: 54.61 %
結晶化温度: 281 K / 手法: 蒸気拡散法 / pH: 4.6
詳細: 0.1M sodium acetate, 0.2M ammonium sulfate, 30% PEG 1500, pH 4.6, VAPOR DIFFUSION, temperature 281K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ALS / ビームライン: 5.0.1 / 波長: 1 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 4 / 検出器: CCD / 日付: 2003年11月24日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2→20 Å / Num. all: 76856 / Num. obs: 76856 / % possible obs: 98.6 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0
反射 シェル解像度: 2→2.03 Å / % possible all: 95.8

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
CNS精密化
PDB_EXTRACT1.701データ抽出
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
EPMR位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 2→19.97 Å / FOM work R set: 0.837 / σ(F): 0 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.24 7144 9.2 %Random
Rwork0.207 ---
obs0.21 70965 90.9 %-
all-70965 --
原子変位パラメータBiso mean: 23.071 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--0.874 Å2-1.976 Å20 Å2
2---0.874 Å20 Å2
3---1.748 Å2
Refine analyze
FreeObs
Luzzati coordinate error0.29 Å0.24 Å
Luzzati d res low-5 Å
Luzzati sigma a0.24 Å0.2 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2→19.97 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数7680 0 40 520 8240
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d0.006
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg1.4
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 50

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkNum. reflection obs
2-2.010.3091020.2899941096
2.01-2.030.3081440.2611601304
2.03-2.040.3151290.25911651294
2.04-2.060.2981100.25211261236
2.06-2.070.3171280.25812691397
2.07-2.090.2851450.24811751320
2.09-2.10.2551390.23311611300
2.1-2.120.2731190.23512341353
2.12-2.140.2491350.23312511386
2.14-2.150.2991370.2411841321
2.15-2.170.261520.21312401392
2.17-2.190.2811520.22712541406
2.19-2.210.2771400.23611281268
2.21-2.230.3531250.2689541079
2.23-2.250.3371270.27812771404
2.25-2.270.3241430.31713721515
2.27-2.30.2791030.2479881091
2.3-2.320.2631500.22512001350
2.32-2.350.2251200.2212501370
2.35-2.370.2371580.19213271485
2.37-2.40.2481240.20713221446
2.4-2.430.2921460.20813181464
2.43-2.460.2431550.19313041459
2.46-2.490.261460.21613461492
2.49-2.520.2671530.21113061459
2.52-2.550.2941560.22813521508
2.55-2.590.2711420.21212931435
2.59-2.630.231410.2113991540
2.63-2.670.2651460.22312941440
2.67-2.710.3081500.23413651515
2.71-2.760.2991490.22513121461
2.76-2.810.251500.23213721522
2.81-2.870.2741470.22413531500
2.87-2.920.2871740.23613051479
2.92-2.990.2811650.24513541519
2.99-3.060.2871600.24713801540
3.06-3.130.2641380.23713901528
3.13-3.220.2531540.21613441498
3.22-3.310.2421600.2214001560
3.31-3.420.2221540.19714021556
3.42-3.540.211640.18513451509
3.54-3.680.2181010.2069871088
3.68-3.850.2071330.18311591292
3.85-4.050.2131550.1713641519
4.05-4.310.1781390.15414171556
4.31-4.640.1651610.1414181579
4.64-5.110.1491620.14113791541
5.11-5.850.2061630.18213701533
5.85-7.360.2021530.18314161569
7.36-500.1711450.16113461491
Xplor file
Refine-IDSerial noParam file
X-RAY DIFFRACTION1protein_rep.param
X-RAY DIFFRACTION2cra.par
X-RAY DIFFRACTION3water_rep.param
X-RAY DIFFRACTION4ion.param

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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