PDB-2fpb: Structure of Strictosidine Synthase, the Biosynthetic Entry to th...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 2fpb

タイトル

Structure of Strictosidine Synthase, the Biosynthetic Entry to the Monoterpenoid Indole Alkaloid Family

要素

Strictosidine Synthase

キーワード

LYASE / six bladed beta propeller fold / STR1 / Synthase

機能・相同性

機能・相同性情報

strictosidine synthase / strictosidine synthase activity / alkaloid metabolic process / vacuole / endomembrane system
類似検索 - 分子機能

生物種

Rauvolfia serpentina (植物)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.8 Å

データ登録者

Panjikar, S.

引用

ジャーナル: Plant Cell / 年: 2006
タイトル: The structure of Rauvolfia serpentina strictosidine synthase is a novel six-bladed beta-propeller fold in plant proteins
著者: Ma, X. / Panjikar, S. / Koepke, J. / Loris, E. / Stockigt, J.

履歴

登録	2006年1月16日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBJ
改定 1.0	2006年5月23日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2008年5月1日	Group: Version format compliance
改定 1.2	2011年7月13日	Group: Advisory / Version format compliance
改定 1.3	2017年10月18日	Group: Refinement description / カテゴリ: software / Item: _software.classification / _software.name
改定 1.4	2021年11月10日	Group: Data collection / Database references / Derived calculations カテゴリ: database_2 / diffrn_source ...database_2 / diffrn_source / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _diffrn_source.pdbx_synchrotron_site / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
改定 1.5	2024年11月20日	Group: Data collection / Refinement description / Structure summary カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature / struct_ncs_dom_lim Item: _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	2fpb.cif.gz	135.6 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb2fpb.ent.gz	105.3 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	2fpb.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/fp/2fpb ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/fp/2fpb	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	2fp8C 2fp9C 2fpcC C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	6n5v-1 4imb-2 6n5v-2 3v1s-2 2fp9-2 3v1s-1 3qdz-2 1ucy-1 3pmb-2 2fp8-2 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#126 - 2010年6月上皮成長因子 (Epidermal Growth Factor) 類似性 (1) #259 - 2021年7月人工設計タンパク質と市民科学 (Designed Proteins and Citizen Science) 類似性 (1) #225 - 2018年9月フィターゼ (Phytase) 類似性 (1) #77 - 2006年5月ブドウ糖酸化酵素 (Glucose Oxidase) 類似性 (1)

登録構造単位

A: Strictosidine Synthase

B: Strictosidine Synthase

ヘテロ分子

72.6 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: Strictosidine Synthase

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
36.3 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

2

B: Strictosidine Synthase

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
36.3 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	148.936, 148.936, 121.344
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number	146
Space group name H-M	H3

非結晶学的対称性 (NCS)

NCSドメイン:

ID	Ens-ID	詳細
1	1	A
2	1	B

NCSドメイン領域:

Component-ID: 1 / Ens-ID: 1 / Beg auth comp-ID: LEU / Beg label comp-ID: LEU / End auth comp-ID: VAL / End label comp-ID: VAL / Refine code: 2 / Auth seq-ID: 35 - 332 / Label seq-ID: 13 - 310

Dom-ID	Auth asym-ID	Label asym-ID
1	A	A
2	B	B

#1: タンパク質	Strictosidine Synthase 分子量: 36119.457 Da / 分子数: 2 / 変異: I65M,L116M,I190M,L203M / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Rauvolfia serpentina (植物) / プラスミド: pQE-2 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): M15[pREP4] / 参照: UniProt: P68175, EC: 4.3.3.2
#2: 化合物	ChemComp-TSS / 2-(1H-INDOL-3-YL)ETHANAMINE / TRYPTAMINE / トリプタミン分子量: 160.216 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₁₀H₁₂N₂
#3: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 173 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
Has protein modification	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 3.58 Å³/Da / 溶媒含有率: 65.68 %
結晶化	温度: 295 K / 手法: 蒸気拡散法 / pH: 7.5 詳細: 0.8M potassium sodium tartrate tetrahydrate, 100mM HEPES-Na, 1mM Tryptamine, pH 7.5, VAPOR DIFFUSION, temperature 295.0K

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: EMBL/DESY, HAMBURG / ビームライン: BW7A / 波長: 0.9714 Å
検出器	タイプ: MARRESEARCH / 検出器: CCD / 日付: 2004年3月14日 / 詳細: double crystal Si[111]
放射	モノクロメーター: SILICON 111 / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.9714 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.8→20 Å / Num. all: 24731 / Num. obs: 23380 / % possible obs: 99.9 % / Observed criterion σ(F): 2 / Observed criterion σ(I): 2 / 冗長度: 3 % / B_iso Wilson estimate: 44 Å² / R_merge(I) obs: 0.099 / Net I/σ(I): 3
反射シェル	解像度: 2.8→2.84 Å / R_merge(I) obs: 0.436 / Mean I/σ(I) obs: 3 / % possible all: 100

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.1.24	精密化
MAR345		データ収集
SCALEPACK		データスケーリング
MOLREP		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換 / 解像度: 2.8→20 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.959 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.906 / SU B: 12.402 / SU ML: 0.233 / TLS residual ADP flag: LIKELY RESIDUAL / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 2 / ESU R: 0.57 / ESU R Free: 0.286 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.21717	1253	5.1 %	RANDOM
R_work	0.16363	-	-	-
all	0.17	-	-	-
obs	0.16631	23380	99.9 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK

原子変位パラメータ

B_iso mean: 23.105 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	4.54 Å²	2.27 Å²	0 Å²
2-	-	4.54 Å²	0 Å²
3-	-	-	-6.81 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.8→20 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	4810	0	24	173	5007

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.018	0.021	4971
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.707	1.95	6755
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	7.152	5	608
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.113	0.2	720
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.006	0.02	3844
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.234	0.2	2184
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.167	0.2	201
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_refined	0.296	0.2	30
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	0.676	1.5	3029
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	1.332	2.5	4901
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	3.33	5	1942
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	5.054	10	1854

Refine LS restraints NCS

Dom-ID: 1 / Auth asym-ID: A / Ens-ID: 1 / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

数	タイプ	Rms dev position (Å)	Weight position
1192	tight positional	0.08	0.05
1152	medium positional	0.45	0.5
1192	tight thermal	0.51	1.5
1152	medium thermal	1.35	2.5

LS精密化シェル

解像度: 2.8→2.871 Å / Total num. of bins used: 20 /

	R_factor	反射数
R_free	0.344	85
R_work	0.294	1748

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	0.7954	0.2674	-0.3226	1.8055	0.5826	4.4093	-0.0033	0.0547	-0.0971	0.0866	0.1216	-0.1005	0.3018	0.3081	-0.1182	0.1114	0.12	-0.0358	0.1301	-0.0242	0.2327	109.223	0.698	-0.24
2	0.9319	-0.6113	-0.9114	3.4838	1.6818	4.3951	0.108	0.0232	0.1786	-0.422	-0.0086	-0.279	-0.6641	-0.0367	-0.0995	0.2629	0.0023	-0.001	0.1563	-0.0249	0.3215	113.506	44.122	-11.009

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Auth asym-ID	Label asym-ID	Auth seq-ID	Label seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	A	A	35 - 332	13 - 310
2	X-RAY DIFFRACTION	2	B	B	35 - 332	13 - 310

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

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