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万見
- PDB-2fp9: Crystal structure of Native Strictosidine Synthase -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2fp9
タイトルCrystal structure of Native Strictosidine Synthase
要素Strictosidine synthase
キーワードLYASE / six bladed beta propeller fold / STR1 / Synthase
機能・相同性
機能・相同性情報


strictosidine synthase / strictosidine synthase activity / alkaloid metabolic process / vacuole / endomembrane system
類似検索 - 分子機能
Strictosidine synthase, conserved region / Strictosidine synthase / TolB, C-terminal domain / Six-bladed beta-propeller, TolB-like / 6 Propeller / Neuraminidase / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
L(+)-TARTARIC ACID / Strictosidine synthase
類似検索 - 構成要素
生物種Rauvolfia serpentina (植物)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.96 Å
データ登録者Panjikar, S.
引用ジャーナル: Plant Cell / 年: 2006
タイトル: The structure of Rauvolfia serpentina strictosidine synthase is a novel six-bladed beta-propeller fold in plant proteins
著者: Ma, X. / Panjikar, S. / Koepke, J. / Loris, E. / Stockigt, J.
履歴
登録2006年1月16日登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02006年5月23日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年5月1日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Advisory / Version format compliance
改定 1.32017年10月18日Group: Refinement description / カテゴリ: software / Item: _software.classification / _software.name
改定 2.02019年7月10日Group: Atomic model / Data collection ...Atomic model / Data collection / Derived calculations / Non-polymer description / Structure summary
カテゴリ: atom_site / chem_comp ...atom_site / chem_comp / diffrn_source / entity / pdbx_entity_nonpoly / pdbx_nonpoly_scheme / pdbx_validate_chiral
Item: _atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x ..._atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x / _atom_site.Cartn_y / _atom_site.Cartn_z / _atom_site.auth_comp_id / _atom_site.label_comp_id / _chem_comp.formula / _chem_comp.formula_weight / _chem_comp.id / _chem_comp.mon_nstd_flag / _chem_comp.name / _chem_comp.type / _diffrn_source.pdbx_synchrotron_site / _entity.pdbx_description / _pdbx_entity_nonpoly.comp_id / _pdbx_entity_nonpoly.name / _pdbx_nonpoly_scheme.mon_id / _pdbx_nonpoly_scheme.pdb_mon_id
改定 2.12024年11月20日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Refinement description / Structure summary
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature / struct_ncs_dom_lim
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Strictosidine synthase
B: Strictosidine synthase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)71,8324
ポリマ－71,5322
非ポリマー3002
水1,78399
1
A: Strictosidine synthase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)35,9162
ポリマ－35,7661
非ポリマー1501
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
B: Strictosidine synthase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)35,9162
ポリマ－35,7661
非ポリマー1501
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)150.276, 150.276, 122.399
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number146
Space group name H-MH3
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID詳細
11A
21B

NCSドメイン領域:

Component-ID: 1 / Ens-ID: 1 / Beg auth comp-ID: LEU / Beg label comp-ID: LEU / End auth comp-ID: LEU / End label comp-ID: LEU / Refine code: 2 / Auth seq-ID: 35 - 331 / Label seq-ID: 13 - 309

Dom-IDAuth asym-IDLabel asym-ID
1AA
2BB

-
要素

#1: タンパク質 Strictosidine synthase


分子量: 35765.938 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Rauvolfia serpentina (植物) / プラスミド: pQE-2 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): M15[pREP4] / 参照: UniProt: P68175, EC: 4.3.3.2
#2: 化合物 ChemComp-TLA / L(+)-TARTARIC ACID / L-酒石酸


分子量: 150.087 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C4H6O6
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 99 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 3.77 Å3/Da / 溶媒含有率: 67.34 %
結晶化温度: 295 K / 手法: 蒸気拡散法 / pH: 7.5
詳細: 0.8M potassium sodium tartrate tetrahydrate, 100mM HEPES-Na, pH 7.5, VAPOR DIFFUSION, temperature 295.0K

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: EMBL/DESY, HAMBURG / ビームライン: BW7A / 波長: 0.933 Å
検出器タイプ: MARRESEARCH / 検出器: CCD / 日付: 2004年3月12日 / 詳細: double crystal Si[111]
放射モノクロメーター: SILICON 111 / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.933 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.96→20 Å / Num. all: 21253 / Num. obs: 20014 / % possible obs: 98.4 % / Observed criterion σ(F): 2 / Observed criterion σ(I): 2 / 冗長度: 2 % / Biso Wilson estimate: 60 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.074 / Net I/σ(I): 1.9
反射 シェル解像度: 2.96→2.99 Å / % possible all: 99.3

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.1.24精密化
MAR345データ収集
SCALEPACKデータスケーリング
MOLREP位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 2.96→20 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.947 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.905 / SU B: 15.129 / SU ML: 0.273 / TLS residual ADP flag: LIKELY RESIDUAL / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 2 / ESU R: 2.346 / ESU R Free: 0.356 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.23658 1083 5.1 %RANDOM
Rwork0.18916 ---
all0.2 21253 --
obs0.19156 20014 98.47 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK
原子変位パラメータBiso mean: 21.127 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.04 Å20.02 Å20 Å2
2--0.04 Å20 Å2
3----0.06 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.96→20 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数4810 0 20 99 4929
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0210.0214963
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.9951.9496753
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg7.5195608
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.1350.2732
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0070.023840
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined0.2540.22326
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined0.1920.2220
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined0.270.225
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it0.7561.53029
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it1.5312.54905
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it3.5351934
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it5.589101848
Refine LS restraints NCS

Dom-ID: 1 / Auth asym-ID: A / Ens-ID: 1 / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

数タイプRms dev position (Å)Weight position
1188tight positional0.090.05
1149medium positional0.480.5
1188tight thermal0.631.5
1149medium thermal1.692.5
LS精密化 シェル解像度: 2.96→3.035 Å / Total num. of bins used: 20 /
Rfactor反射数
Rfree0.417 78
Rwork0.303 1477
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
16.57271.9698-2.711.9941-0.24465.43430.154-0.4330.7434-0.0148-0.00010.0336-0.47210.7125-0.15390.3221-0.09280.03950.24570.03530.413-19.1204121.39310.5582
21.63960.6226-0.2111.63470.46144.8367-0.03440.12360.00020.01550.21250.1534-0.2277-0.3671-0.17810.02280.06890.02040.21110.03590.2652-54.165295.81370.0842
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDLabel asym-IDAuth seq-IDLabel seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1AA32 - 33310 - 311
2X-RAY DIFFRACTION2BB32 - 33310 - 311

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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