PDB-2fp8: Structure of Strictosidine Synthase, the Biosynthetic Entry to th...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 2fp8

タイトル

Structure of Strictosidine Synthase, the Biosynthetic Entry to the Monoterpenoid Indole Alkaloid Family

要素

Strictosidine synthase

キーワード

LYASE / six bladed beta propeller fold / STR1 / Synthase

機能・相同性

機能・相同性情報

strictosidine synthase / strictosidine synthase activity / alkaloid metabolic process / vacuole / endomembrane system
類似検索 - 分子機能

生物種

Rauvolfia serpentina (植物)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

多波長異常分散 / 解像度: 2.3 Å

データ登録者

Panjikar, S.

引用

ジャーナル: Plant Cell / 年: 2006
タイトル: The structure of Rauvolfia serpentina strictosidine synthase is a novel six-bladed beta-propeller fold in plant proteins
著者: Ma, X. / Panjikar, S. / Koepke, J. / Loris, E. / Stockigt, J.

履歴

登録	2006年1月16日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBJ
改定 1.0	2006年5月23日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2008年5月1日	Group: Version format compliance
改定 1.2	2011年7月13日	Group: Advisory / Version format compliance
改定 1.3	2017年10月18日	Group: Refinement description / カテゴリ: software / Item: _software.classification / _software.name
改定 1.4	2024年10月23日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Refinement description / Structure summary カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / diffrn_source / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature / struct_ncs_dom_lim Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _diffrn_source.pdbx_synchrotron_site / _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	2fp8.cif.gz	138.1 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb2fp8.ent.gz	107.7 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	2fp8.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/fp/2fp8 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/fp/2fp8	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	2fp9C 2fpbC 2fpcC C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	4iyg-2 4iyg-1 4imb-1 3v1s-2 4zxf-2 4imb-2 2v91-1 6yh6-d 4lp6-1 6yha-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#126 - 2010年6月上皮成長因子 (Epidermal Growth Factor) 類似性 (1) #259 - 2021年7月人工設計タンパク質と市民科学 (Designed Proteins and Citizen Science) 類似性 (1) #225 - 2018年9月フィターゼ (Phytase) 類似性 (1) #77 - 2006年5月ブドウ糖酸化酵素 (Glucose Oxidase) 類似性 (1)

登録構造単位

A: Strictosidine synthase

B: Strictosidine synthase

71.5 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: Strictosidine synthase

登録者が定義した集合体
35.8 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

2

B: Strictosidine synthase

登録者が定義した集合体
35.8 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	147.290, 147.290, 122.331
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number	146
Space group name H-M	H3

非結晶学的対称性 (NCS)

NCSドメイン:

ID	Ens-ID	詳細
1	1	A
2	1	B

NCSドメイン領域:

Component-ID: 1 / Ens-ID: 1 / Beg auth comp-ID: GLU / Beg label comp-ID: GLU / End auth comp-ID: VAL / End label comp-ID: VAL / Refine code: 2 / Auth seq-ID: 33 - 332 / Label seq-ID: 11 - 310

Dom-ID	Auth asym-ID	Label asym-ID
1	A	A
2	B	B

#1: タンパク質	Strictosidine synthase 分子量: 35765.938 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Rauvolfia serpentina (植物) / プラスミド: pQE-2 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): M15[pREP4] / 参照: UniProt: P68175, EC: 4.3.3.2
#2: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 401 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
Has protein modification	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 3.62 Å³/Da / 溶媒含有率: 65.98 %
結晶化	温度: 295 K / 手法: 蒸気拡散法 / pH: 7.5 詳細: 0.8M potassium sodium tartrate tetrahydrate, 100mM HEPES-Na, 1mM Tryptamine, pH 7.5, VAPOR DIFFUSION, temperature 295.0K

-
データ収集

回折

平均測定温度: 100 K

放射光源

由来:

シンクロトロン / サイト:

EMBL/DESY, HAMBURG

/ ビームライン: BW7A / 波長: 0.9714, 0.9813, 0.9822

検出器

タイプ: MARRESEARCH / 検出器: CCD / 日付: 2004年3月13日

放射

モノクロメーター: SILICON 111 / プロトコル: MAD / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray

放射波長

ID	波長 (Å)	相対比
1	0.9714	1
2	0.9813	1
3	0.9822	1

反射

解像度: 2.3→20 Å / Num. all: 45048 / Num. obs: 42594 / % possible obs: 99.9 % / Observed criterion σ(F): 2 / Observed criterion σ(I): 2 / 冗長度: 2.4 % / B_iso Wilson estimate: 35 Å² / R_merge(I) obs: 0.052 / Net I/σ(I): 3.2

反射シェル

解像度: 2.3→2.34 Å / R_merge(I) obs: 0.37 / % possible all: 100

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.1.24	精密化
MAR345		データ収集
SCALEPACK		データスケーリング
MLPHARE		位相決定

精密化

構造決定の手法:

多波長異常分散 / 解像度: 2.3→20 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.958 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.946 / SU B: 6.252 / SU ML: 0.145 / TLS residual ADP flag: LIKELY RESIDUAL / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 2 / ESU R: 0.215 / ESU R Free: 0.177 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.21743	1121	2.6 %	RANDOM
R_work	0.18771	-	-	-
all	0.192	45048	-	-
obs	0.18848	42594	99.72 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK

原子変位パラメータ

B_iso mean: 24.775 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	3.45 Å²	1.72 Å²	0 Å²
2-	-	3.45 Å²	0 Å²
3-	-	-	-5.17 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.3→20 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	4772	0	0	401	5173

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.016	0.021	4906
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.528	1.945	6675
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	6.772	5	603
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.113	0.2	720
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.006	0.02	3808
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.225	0.2	2189
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.213	0.2	367
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_refined	0.223	0.2	28
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_refined	0.17	0.2	13
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	0.642	1.5	3003
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	1.247	2.5	4860
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	2.984	5	1903
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	4.399	10	1815

Refine LS restraints NCS

Dom-ID: 1 / Auth asym-ID: A / Ens-ID: 1 / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

数	タイプ	Rms dev position (Å)	Weight position
1200	tight positional	0.08	0.05
1161	medium positional	0.37	0.5
1200	tight thermal	0.58	1.5
1161	medium thermal	1.38	2.5

LS精密化シェル

解像度: 2.3→2.359 Å / Total num. of bins used: 20 /

	R_factor	反射数
R_free	0.262	88
R_work	0.237	3041

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	1.5513	-0.5836	0.3516	1.0487	0.0429	3.9936	-0.0573	0.0421	-0.0931	0.0682	0.1189	0.0404	0.0151	-0.1886	-0.0616	0.0053	0.0172	0.0112	0.0641	0.0007	0.1807	95.5441	75.688	0.0239
2	3.0337	-1.1412	1.1116	1.6531	-0.105	5.1819	0.2857	0.3379	-0.1173	-0.3844	-0.2867	-0.1122	0.5944	0.9737	0.0009	0.3021	0.3381	0.0285	0.4608	-0.0041	0.2931	129.1805	51.0406	-15.8608

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Auth asym-ID	Label asym-ID	Auth seq-ID	Label seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	A	A	32 - 333	10 - 311
2	X-RAY DIFFRACTION	2	B	B	32 - 333	10 - 311

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

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