PDB-2fp0: human ADP-ribosylhydrolase 3

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 2fp0

タイトル

human ADP-ribosylhydrolase 3

要素

ADP-ribosylhydrolase like 2

キーワード

HYDROLASE / all alpha-helical / Metal binding / ADP-ribose binding

機能・相同性

機能・相同性情報

cellular response to superoxide / peptidyl-serine ADP-deribosylation / ADP-ribosylserine hydrolase activity / O-acetyl-ADP-ribose deacetylase activity / poly(ADP-ribose) glycohydrolase activity / poly(ADP-ribose) glycohydrolase / negative regulation of necroptotic process / 加水分解酵素; ペプチド以外のCN結合加水分解酵素; 鎖状アミドに作用 / 加水分解酵素; 糖加水分解酵素; N-グリコシル化合物加水分解酵素 / site of DNA damage ...
類似検索 - 分子機能

生物種

Homo sapiens (ヒト)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.05 Å

データ登録者

Mueller-Dieckmann, C. / Weiss, M.S. / Koch-Nolte, F.

引用

ジャーナル: Proc.Natl.Acad.Sci.Usa / 年: 2006
タイトル: The structure of human ADP-ribosylhydrolase 3 (ARH3) provides insights into the reversibility of protein ADP-ribosylation.
著者: Mueller-Dieckmann, C. / Kernstock, S. / Lisurek, M. / von Kries, J.P. / Haag, F. / Weiss, M.S. / Koch-Nolte, F.

履歴

登録	2006年1月15日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2006年10月10日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2008年5月1日	Group: Version format compliance
改定 1.2	2011年7月13日	Group: Advisory / Version format compliance
改定 1.3	2023年8月30日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / diffrn_source / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_ncs_dom_lim / struct_site Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _diffrn_source.pdbx_synchrotron_site / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	2fp0.cif.gz	143.2 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb2fp0.ent.gz	111.6 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	2fp0.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	2fp0_validation.pdf.gz	442.3 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	2fp0_full_validation.pdf.gz	458.8 KB	表示
XML形式データ	2fp0_validation.xml.gz	26.8 KB	表示
CIF形式データ	2fp0_validation.cif.gz	37.7 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/fp/2fp0 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/fp/2fp0	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	2fozSC S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	2g4k-d 4gqg-d 3g6k-5 1c9w-d 4jii-d 2foz-d 6uff-4 4fw7-3 4gac-2 5yli-2 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#150 - 2012年6月スライディングクランプ (Sliding Clamps) 類似性 (1) #3 - 2000年3月 DNAポリメラーゼ (DNA Polymerase) 類似性 (1)

登録構造単位

A: ADP-ribosylhydrolase like 2

B: ADP-ribosylhydrolase like 2

ヘテロ分子

75.6 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: ADP-ribosylhydrolase like 2

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
37.8 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

2

B: ADP-ribosylhydrolase like 2

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
37.8 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	57.330, 60.630, 102.880
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 96.43, 90.00
Int Tables number	4
Space group name H-M	P12₁1

非結晶学的対称性 (NCS)

NCSドメイン:

ID	Ens-ID	詳細
1	1	A
2	1	B
3	1	A
4	1	B

NCSドメイン領域:

Ens-ID: 1 / Refine code: 2

Dom-ID	Component-ID	Beg auth comp-ID	Beg label comp-ID	End auth comp-ID	End label comp-ID	Auth asym-ID	Label asym-ID	Auth seq-ID	Label seq-ID
1	1	MET	MET	GLU	GLU	A	A	1 - 43	1 - 43
2	1	MET	MET	GLU	GLU	B	B	1 - 43	1 - 43
3	2	GLU	GLU	SER	SER	A	A	55 - 347	55 - 347
4	2	GLU	GLU	SER	SER	B	B	55 - 347	55 - 347

#1: タンパク質	ADP-ribosylhydrolase like 2 分子量: 37758.273 Da / 分子数: 2 / 断片: residues 19-347 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q9NX46
#2: 化合物	ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン分子量: 24.305 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#3: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 147 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.35 Å³/Da / 溶媒含有率: 47.71 %

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: EMBL/DESY, HAMBURG / ビームライン: X11 / 波長: 1.5 Å
検出器	タイプ: MARRESEARCH / 検出器: CCD
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 1.5 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.05→99 Å / Num. all: 44248 / Num. obs: 44248 / % possible obs: 99.9 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0
反射シェル	解像度: 2.05→2.09 Å / % possible all: 100

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.2.0005	精密化
DENZO		データ削減
SCALEPACK		データスケーリング
SHELXS		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 2FOZ

2foz

解像度: 2.05→30 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.964 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.956 / SU B: 10.721 / SU ML: 0.145 / TLS residual ADP flag: LIKELY RESIDUAL / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.194 / ESU R Free: 0.169 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.23116	869	2 %	RANDOM
R_work	0.18767	-	-	-
obs	0.18856	42868	98.8 %	-
all	-	44248	-	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK

原子変位パラメータ

B_iso mean: 45.588 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	0.61 Å²	0 Å²	-2.65 Å²
2-	-	-2.23 Å²	0 Å²
3-	-	-	1.03 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.05→30 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	5186	0	4	147	5337

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.023	0.022	5278
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.003	0.02	4734
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.925	1.967	7132
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	1.023	3	11006
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	6.694	5	674
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	37.951	24.309	246
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	17.862	15	882
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	18.274	15	34
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.12	0.2	786
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.008	0.02	6000
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.002	0.02	1072
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.234	0.2	1324
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other	0.181	0.2	4725
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined	0.19	0.2	2660
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_other	0.093	0.2	3264
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.178	0.2	173
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_other	0.51	0.2	1
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_refined	0.306	0.2	6
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_other	0.197	0.2	36
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_refined	0.233	0.2	8
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	1.359	1.5	4218
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	0.332	1.5	1394
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	1.869	2.5	5328
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	4.705	5	2192
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	6.543	10	1804

Refine LS restraints NCS

Dom-ID: 1 / Auth asym-ID: A / Ens-ID: 1 / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

数	タイプ	Rms dev position (Å)	Weight position
1978	tight positional	0.06	0.05
2942	medium positional	0.36	0.5
1978	tight thermal	0.76	1.5
2942	medium thermal	1.17	2.5

LS精密化シェル

解像度: 2.05→2.103 Å / Total num. of bins used: 20

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.308	63	-
R_work	0.257	3123	-
obs	-	-	98.7 %

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	1.7652	0.0016	0.0919	3.5581	-0.3715	2.9281	0.0004	0.0071	-0.0695	-0.0079	0.0078	0.3532	0.2137	-0.2428	-0.0082	-0.3225	-0.0309	0.071	-0.2321	-0.0077	-0.1643	16.9276	-0.4468	1.6172
2	2.2257	0.1046	0.2578	3.258	-0.5283	2.9253	-0.072	-0.195	-0.0479	0.1865	0.052	0.2144	0.1862	-0.2702	0.02	-0.0752	-0.0345	-0.0225	-0.0535	0.0047	-0.1987	40.1861	3.2764	47.5652

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Auth asym-ID	Label asym-ID	Auth seq-ID	Label seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	A	A	1 - 347	1 - 347
2	X-RAY DIFFRACTION	2	B	B	1 - 347	1 - 347

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

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