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万見
- PDB-2fok: STRUCTURE OF RESTRICTION ENDONUCLEASE FOKI -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2fok
タイトルSTRUCTURE OF RESTRICTION ENDONUCLEASE FOKI
要素FOKI RESTRICTION ENDONUCLEASE
キーワードNUCLEIC ACID RECOGNITION / DNA-BINDING PROTEIN / TYPE IIS RESTRICTION ENDONUCLEASE / DEOXYRIBONUCLEASE / DNA HYDROLYSIS / DNA CLEAVAGE / METALLOENZYME / METAL ION CATALYSIS
機能・相同性
機能・相同性情報


type II site-specific deoxyribonuclease / type II site-specific deoxyribonuclease activity / DNA restriction-modification system / DNA binding
類似検索 - 分子機能
FokI Restriction Endonuclease; Chain A, domain 1 / Foki Restriction Endonuclease, Chain A, domain 1 / FokI, recognition domain, subdomain 2 / FokI, recognition domain, subdomain 1 / FokI, cleavage domain / FokI, D3 domain / FokI, recognition domain, subdomain 1 and 2 / FokI, recognition domain, subdomain 2 / FokI, recognition domain, subdomain 1 / FokI, cleavage domain ...FokI Restriction Endonuclease; Chain A, domain 1 / Foki Restriction Endonuclease, Chain A, domain 1 / FokI, recognition domain, subdomain 2 / FokI, recognition domain, subdomain 1 / FokI, cleavage domain / FokI, D3 domain / FokI, recognition domain, subdomain 1 and 2 / FokI, recognition domain, subdomain 2 / FokI, recognition domain, subdomain 1 / FokI, cleavage domain / FokI, D3 domain / Restriction Endonuclease - #30 / Restriction Endonuclease / Restriction endonuclease type II-like / Winged helix-like DNA-binding domain superfamily/Winged helix DNA-binding domain / Arc Repressor Mutant, subunit A / Winged helix DNA-binding domain superfamily / Winged helix-like DNA-binding domain superfamily / Alpha-Beta Complex / Orthogonal Bundle / 3-Layer(aba) Sandwich / Mainly Alpha / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Type II restriction enzyme FokI
類似検索 - 構成要素
生物種Planomicrobium okeanokoites (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.3 Å
データ登録者Wah, D.A. / Bitinaite, J. / Schildkraut, I. / Aggarwal, A.K.
引用
ジャーナル: Proc.Natl.Acad.Sci.Usa / 年: 1998
タイトル: Structure of FokI has implications for DNA cleavage.
著者: Wah, D.A. / Bitinaite, J. / Schildkraut, I. / Aggarwal, A.K.
#1: ジャーナル: Proc.Natl.Acad.Sci.USA / 年: 1998
タイトル: FokI Dimerization is Required for DNA Cleavage
著者: Bitinaite, J. / Wah, D.A. / Aggarwal, A.K. / Schildkraut, I.
履歴
登録1998年3月30日処理サイト: BNL
改定 1.01998年6月17日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年3月24日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32023年8月9日Group: Database references / Other / Refinement description
カテゴリ: database_2 / pdbx_database_status ...database_2 / pdbx_database_status / pdbx_initial_refinement_model / struct_ref_seq_dif
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.process_site / _struct_ref_seq_dif.details
改定 1.42024年5月29日Group: Data collection / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: FOKI RESTRICTION ENDONUCLEASE
B: FOKI RESTRICTION ENDONUCLEASE


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)131,6672
ポリマ－131,6672
非ポリマー00
水9,296516
1
A: FOKI RESTRICTION ENDONUCLEASE


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)65,8341
ポリマ－65,8341
非ポリマー00
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
B: FOKI RESTRICTION ENDONUCLEASE


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)65,8341
ポリマ－65,8341
非ポリマー00
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)54.010, 137.170, 188.870
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

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要素

#1: タンパク質 FOKI RESTRICTION ENDONUCLEASE / R.FOKI


分子量: 65833.625 Da / 分子数: 2 / 断片: FULL-LENGTH / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Planomicrobium okeanokoites (バクテリア)
株: IFO12536 / 遺伝子: FOKI / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌)
参照: UniProt: P14870, type II site-specific deoxyribonuclease
#2: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 516 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.7 Å3/Da / 溶媒含有率: 53.69 %
解説: CRYSTALS WERE FLASH FROZEN IN NITROGEN STREAM. DATA WAS COLLECTED BY OSCILLATION.
結晶化pH: 6.5
詳細: PROTEIN CRYSTALLIZED IN 22% PEG 8000, 0.4 M AMMONIUM SULFATE, 0.1 M SODIUM CACODYLATE, PH 6.5.
結晶化
*PLUS
手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法
溶液の組成
*PLUS
ID濃度一般名Crystal-IDSol-ID詳細化学式
10.12 mMprotein1drop
211 %PEG80001drop
30.2 Mammonium sulfate1drop
450 mMsodium cacodylate1droppH6.5
50.2 M1dropKCl
610 mMpotassium phosphate1drop
70.5 mMdithiothreitol1drop
80.5 mMEDTA1drop
90.5 mMEGTA1drop
105 %glycerol1drop
1122 %PEG80001reservoir
120.4 Mammonium sulfate1reservoir
130.1 Msodium cacodylate1reservoirpH6.5

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データ収集

回折平均測定温度: 130 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: CHESS / ビームライン: A1 / 波長: 0.908
検出器タイプ: FUJI / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 1997年1月20日 / 詳細: MIRRORS
放射モノクロメーター: SI(111) / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.908 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.3→100 Å / Num. obs: 61150 / % possible obs: 95.9 % / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 13.4 % / Biso Wilson estimate: 21.5 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.082 / Rsym value: 0.082 / Net I/σ(I): 21.3
反射 シェル解像度: 2.3→2.38 Å / 冗長度: 4.4 % / Rmerge(I) obs: 0.364 / Mean I/σ(I) obs: 4.4 / Rsym value: 0.364 / % possible all: 81.9

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解析

ソフトウェア
名称分類
X-PLORモデル構築
X-PLOR精密化
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
X-PLOR位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 1FOK

1fok


解像度: 2.3→6 Å / Rfactor Rfree error: 0.007 / Data cutoff high absF: 100000 / Data cutoff low absF: 0.1 / Isotropic thermal model: RESTRAINED / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 2 / 詳細: RESOLUTION-DEPENDENT WEIGHTING.
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.306 1732 3 %RANDOM
Rwork0.211 ---
obs0.211 57475 96.5 %-
原子変位パラメータBiso mean: 29.6 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.47 Å20 Å20 Å2
2---0.3 Å20 Å2
3----0.17 Å2
Refine analyze
FreeObs
Luzzati coordinate error0.41 Å0.26 Å
Luzzati d res low-5 Å
Luzzati sigma a0.32 Å0.15 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.3→6 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数8911 0 0 516 9427
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target
X-RAY DIFFRACTIONx_bond_d0.007
X-RAY DIFFRACTIONx_bond_d_na
X-RAY DIFFRACTIONx_bond_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_deg1.2
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_deg_na
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_deg_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_dihedral_angle_d25.6
X-RAY DIFFRACTIONx_dihedral_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONx_dihedral_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_improper_angle_d0.63
X-RAY DIFFRACTIONx_improper_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONx_improper_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_mcbond_it2.121.5
X-RAY DIFFRACTIONx_mcangle_it2.962
X-RAY DIFFRACTIONx_scbond_it3.542
X-RAY DIFFRACTIONx_scangle_it4.612.5
LS精密化 シェル解像度: 2.3→2.4 Å / Rfactor Rfree error: 0.023 / Total num. of bins used: 8
Rfactor反射数%反射
Rfree0.323 200 3.1 %
Rwork0.214 6270 -
obs--87.9 %
Xplor file
Refine-IDSerial noParam fileTopol file
X-RAY DIFFRACTION1PROTEIN_REP.PARAMTOPHCSDX.PRO
X-RAY DIFFRACTION2TOPH19.SOL
X-RAY DIFFRACTION3TOPH19.PEP
ソフトウェア
*PLUS
名称: X-PLOR / バージョン: 3.851 / 分類: refinement
精密化
*PLUS
最低解像度: 6 Å / % reflection Rfree: 3 %
溶媒の処理
*PLUS
原子変位パラメータ
*PLUS
拘束条件
*PLUS
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONx_dihedral_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONx_dihedral_angle_deg25.6
X-RAY DIFFRACTIONx_improper_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONx_improper_angle_deg0.63
LS精密化 シェル
*PLUS
Rfactor obs: 0.214

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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