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- PDB-1fok: STRUCTURE OF RESTRICTION ENDONUCLEASE FOKI BOUND TO DNA -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1fok
タイトルSTRUCTURE OF RESTRICTION ENDONUCLEASE FOKI BOUND TO DNA
要素
  • DNA (5'-D(*AP*TP*GP*AP*CP*TP*AP*GP*CP*GP*TP*TP*AP*TP*CP*AP*T P*CP*CP*G)-3')
  • DNA (5'-D(*TP*CP*GP*GP*AP*TP*GP*AP*TP*AP*AP*CP*GP*CP*TP*AP*G P*TP*CP*A)-3')
  • PROTEIN (FOKI RESTRICTION ENDONUCLEASE)
キーワードHYDROLASE/DNA / COMPLEX (ENDONUCLEASE-DNA) / TYPE IIS / RESTRICTION ENDONUCLEASE / DEOXYRIBONUCLEASE / DNA HYDROLYSIS / DNA CLEAVAGE / HYDROLASE-DNA COMPLEX
機能・相同性
機能・相同性情報


type II site-specific deoxyribonuclease / type II site-specific deoxyribonuclease activity / DNA restriction-modification system / DNA binding
類似検索 - 分子機能
FokI Restriction Endonuclease; Chain A, domain 1 / Foki Restriction Endonuclease, Chain A, domain 1 / FokI, recognition domain, subdomain 2 / FokI, recognition domain, subdomain 1 / FokI, cleavage domain / FokI, D3 domain / FokI, recognition domain, subdomain 1 and 2 / FokI, recognition domain, subdomain 2 / FokI, recognition domain, subdomain 1 / FokI, cleavage domain ...FokI Restriction Endonuclease; Chain A, domain 1 / Foki Restriction Endonuclease, Chain A, domain 1 / FokI, recognition domain, subdomain 2 / FokI, recognition domain, subdomain 1 / FokI, cleavage domain / FokI, D3 domain / FokI, recognition domain, subdomain 1 and 2 / FokI, recognition domain, subdomain 2 / FokI, recognition domain, subdomain 1 / FokI, cleavage domain / FokI, D3 domain / Restriction Endonuclease - #30 / Restriction Endonuclease / Restriction endonuclease type II-like / Winged helix-like DNA-binding domain superfamily/Winged helix DNA-binding domain / Arc Repressor Mutant, subunit A / Winged helix DNA-binding domain superfamily / Winged helix-like DNA-binding domain superfamily / Alpha-Beta Complex / Orthogonal Bundle / 3-Layer(aba) Sandwich / Mainly Alpha / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
DNA / DNA (> 10) / Type II restriction enzyme FokI
類似検索 - 構成要素
生物種Planomicrobium okeanokoites (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 多重同系置換・異常分散 / 解像度: 2.8 Å
データ登録者Aggarwal, D.A. / Wah, J.A. / Hirsch, L.F. / Dorner, I. / Schildkraut, A.K.
引用
ジャーナル: Nature / 年: 1997
タイトル: Structure of the multimodular endonuclease FokI bound to DNA.
著者: Wah, D.A. / Hirsch, J.A. / Dorner, L.F. / Schildkraut, I. / Aggarwal, A.K.
#1: ジャーナル: FEBS Lett. / 年: 1997
タイトル: Crystallization and Preliminary X-Ray Analysis of Restriction Endonuclease Foki Bound to DNA
著者: Hirsch, J.A. / Wah, D.A. / Dorner, L.F. / Schildkraut, I. / Aggarwal, A.K.
履歴
登録1997年4月18日登録サイト: BNL / 処理サイト: NDB
改定 1.01997年12月3日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年5月22日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32021年6月30日Group: Data collection / カテゴリ: diffrn_detector / Item: _diffrn_detector.detector
改定 1.42024年2月7日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
B: DNA (5'-D(*TP*CP*GP*GP*AP*TP*GP*AP*TP*AP*AP*CP*GP*CP*TP*AP*G P*TP*CP*A)-3')
C: DNA (5'-D(*AP*TP*GP*AP*CP*TP*AP*GP*CP*GP*TP*TP*AP*TP*CP*AP*T P*CP*CP*G)-3')
A: PROTEIN (FOKI RESTRICTION ENDONUCLEASE)


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)77,7863
ポリマ－77,7863
非ポリマー00
水3,099172
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)65.590, 119.340, 71.520
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 101.42, 90.00
Int Tables number4
Space group name H-MP1211

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要素

#1: DNA鎖 DNA (5'-D(*TP*CP*GP*GP*AP*TP*GP*AP*TP*AP*AP*CP*GP*CP*TP*AP*G P*TP*CP*A)-3') / R.FOKI


分子量: 6158.004 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Planomicrobium okeanokoites (バクテリア)
株: IFO12536 / 遺伝子: FOKI / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌)
#2: DNA鎖 DNA (5'-D(*AP*TP*GP*AP*CP*TP*AP*GP*CP*GP*TP*TP*AP*TP*CP*AP*T P*CP*CP*G)-3')


分子量: 6108.965 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
#3: タンパク質 PROTEIN (FOKI RESTRICTION ENDONUCLEASE)


分子量: 65519.230 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Planomicrobium okeanokoites (バクテリア)
参照: UniProt: P14870
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 172 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 7

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.51 Å3/Da / 溶媒含有率: 62 % / 解説: CRYSTALS WERE FLASH FROZEN IN NITROGEN STREAM.
結晶化pH: 6 / 詳細: pH 6.00
結晶
*PLUS
溶媒含有率: 62 %
結晶化
*PLUS
pH: 6 / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / 詳細: macroseeding
溶液の組成
*PLUS
ID濃度一般名Crystal-IDSol-ID化学式
10.15 mMprotein1drop
20.75 mMDNA1drop
31.1 Mammonium sulfate1drop
40.5 MMES1drop
50.2 M1dropKCl
610 mMpotassium phosphate1drop
70.5 mMdithiothreitol1drop
80.5 mMEDTA1drop
90.5 mMEGTA1drop
105 %glycerol1drop
112.2 Mammonium sulfate1reservoir
121.0 MMES1reservoir

-
データ収集

回折平均測定温度: 130 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: CHESS / ビームライン: F1
検出器タイプ: SOL GRUNER, FUJI / 検出器: CCD / 日付: 1994年5月3日 / 詳細: MIRRORS
放射モノクロメーター: BENT, TRIANGULAR SI(111) / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長相対比: 1
反射解像度: 2.8→100 Å / Num. obs: 26253 / % possible obs: 98.5 % / Observed criterion σ(I): 2 / 冗長度: 7.7 % / Biso Wilson estimate: 57.6 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.075
反射 シェル解像度: 2.8→2.9 Å / 冗長度: 2.7 % / Rmerge(I) obs: 0.325 / % possible all: 96.1
反射
*PLUS
最高解像度: 2.8 Å / 最低解像度: 100 Å / % possible obs: 98.5 %
反射 シェル
*PLUS
最高解像度: 2.8 Å / 最低解像度: 2.9 Å / % possible obs: 96.1 %

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHASES位相決定
CCP4モデル構築
SOLOMON位相決定
X-PLORモデル構築
X-PLOR3.851精密化
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
CCP4位相決定
X-PLOR位相決定
精密化構造決定の手法: 多重同系置換・異常分散 / 解像度: 2.8→8 Å / Rfactor Rfree error: 0.011 / Data cutoff high absF: 100000 / Data cutoff low absF: 0.1 / Isotropic thermal model: RESTRAINED / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 2
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.296 710 2.8 %RANDOM
Rwork0.214 ---
obs0.214 24931 97.9 %-
原子変位パラメータBiso mean: 38.2 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-1.76 Å20 Å22.07 Å2
2---1.09 Å20 Å2
3----0.67 Å2
Refine analyze
FreeObs
Luzzati coordinate error0.48 Å0.33 Å
Luzzati d res low-5 Å
Luzzati sigma a0.69 Å0.49 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.8→8 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数4541 814 0 172 5527
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target
X-RAY DIFFRACTIONx_bond_d0.011
X-RAY DIFFRACTIONx_bond_d_na
X-RAY DIFFRACTIONx_bond_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_deg1.7
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_deg_na
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_deg_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_dihedral_angle_d22.8
X-RAY DIFFRACTIONx_dihedral_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONx_dihedral_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_improper_angle_d1.57
X-RAY DIFFRACTIONx_improper_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONx_improper_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_mcbond_it3.491.5
X-RAY DIFFRACTIONx_mcangle_it5.632
X-RAY DIFFRACTIONx_scbond_it5.652
X-RAY DIFFRACTIONx_scangle_it8.362.5
LS精密化 シェル解像度: 2.8→2.92 Å / Rfactor Rfree error: 0.04 / Total num. of bins used: 8
Rfactor反射数%反射
Rfree0.407 90 3 %
Rwork0.354 2900 -
obs--94.5 %
Xplor file
Refine-IDSerial noParam fileTopol file
X-RAY DIFFRACTION1PARAMCSDX_MOD.PROTOPHCSDX.PRO
X-RAY DIFFRACTION2PARAM_NDBX96.DNATOP_NDBX96.DNA
X-RAY DIFFRACTION3PARAM19.SOLTOPH11.WAT
ソフトウェア
*PLUS
名称: X-PLOR / バージョン: 3.851 / 分類: refinement
精密化
*PLUS
最高解像度: 2.8 Å / 最低解像度: 8 Å / σ(F): 2
溶媒の処理
*PLUS
原子変位パラメータ
*PLUS
拘束条件
*PLUS
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONx_dihedral_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONx_dihedral_angle_deg22.8
X-RAY DIFFRACTIONx_improper_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONx_improper_angle_deg1.57
LS精密化 シェル
*PLUS
Rfactor obs: 0.354

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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