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万見
- PDB-2fmm: Crystal Structure of EMSY-HP1 complex -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2fmm
タイトルCrystal Structure of EMSY-HP1 complex
要素
  • Chromobox protein homolog 1
  • Protein EMSY
キーワードTRANSCRIPTION / ENT DOMAIN / CHROMO SHADOW DOMAIN / EMSY PROTEIN / HETEROCHROMATIN PROTEIN 1
機能・相同性
機能・相同性情報


chromocenter / histone methyltransferase binding / male pronucleus / female pronucleus / site of DNA damage / chromosome, centromeric region / heterochromatin / pericentric heterochromatin / methylated histone binding / heterochromatin formation ...chromocenter / histone methyltransferase binding / male pronucleus / female pronucleus / site of DNA damage / chromosome, centromeric region / heterochromatin / pericentric heterochromatin / methylated histone binding / heterochromatin formation / spindle / HCMV Early Events / chromatin organization / chromosome, telomeric region / nuclear body / intracellular membrane-bounded organelle / DNA repair / negative regulation of DNA-templated transcription / DNA damage response / chromatin binding / regulation of DNA-templated transcription / chromatin / enzyme binding / nucleoplasm / identical protein binding / nucleus
類似検索 - 分子機能
ENT domain / ENT domain / BRCA2-interacting transcriptional repressor EMSY / ENT domain / EMSY N-terminal (ENT) domain profile. / ENT / ENT domain-like superfamily / Chromo shadow domain / Chromo shadow domain / Chromo Shadow Domain ...ENT domain / ENT domain / BRCA2-interacting transcriptional repressor EMSY / ENT domain / EMSY N-terminal (ENT) domain profile. / ENT / ENT domain-like superfamily / Chromo shadow domain / Chromo shadow domain / Chromo Shadow Domain / : / Chromo domain subgroup / Methyltransferase, Methionine Synthase (B12-binding Domains); Chain A, domain 1 / Chromo domain, conserved site / Chromo domain signature. / Chromo domain / Chromo (CHRromatin Organisation MOdifier) domain / Chromo and chromo shadow domain profile. / OB fold (Dihydrolipoamide Acetyltransferase, E2P) - #40 / Chromo/chromo shadow domain / Chromatin organization modifier domain / Chromo-like domain superfamily / OB fold (Dihydrolipoamide Acetyltransferase, E2P) / Beta Barrel / Orthogonal Bundle / Mainly Beta / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
Chromobox protein homolog 1 / BRCA2-interacting transcriptional repressor EMSY
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 多波長異常分散 / 解像度: 1.8 Å
データ登録者Huang, Y.
引用ジャーナル: Structure / 年: 2006
タイトル: Crystal structure of the HP1-EMSY complex reveals an unusual mode of HP1 binding.
著者: Huang, Y. / Myers, M.P. / Xu, R.M.
履歴
登録2006年1月9日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02006年5月23日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年5月1日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Derived calculations / Version format compliance
改定 1.32024年2月14日Group: Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
E: Protein EMSY
A: Chromobox protein homolog 1
B: Chromobox protein homolog 1
C: Chromobox protein homolog 1
D: Chromobox protein homolog 1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)48,4569
ポリマ－48,0725
非ポリマー3844
水6,954386
1
E: Protein EMSY
A: Chromobox protein homolog 1
B: Chromobox protein homolog 1
C: Chromobox protein homolog 1
D: Chromobox protein homolog 1
ヘテロ分子

E: Protein EMSY
A: Chromobox protein homolog 1
B: Chromobox protein homolog 1
C: Chromobox protein homolog 1
D: Chromobox protein homolog 1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)96,91318
ポリマ－96,14410
非ポリマー7698
水18010
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_665-x+1,-y+1,z1
Buried area25860 Å2
ΔGint-289 kcal/mol
Surface area36500 Å2
手法PISA, PQS
単位格子
Length a, b, c (Å)143.400, 63.870, 66.640
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number18
Space group name H-MP21212
詳細The biological assembly is a dimer of the hetero-pentamer in the asymmetric unit by the operation: 1-x, 1-y, z

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要素

#1: タンパク質 Protein EMSY


分子量: 14530.567 Da / 分子数: 1 / 断片: N-TERMINAL DOMAIN / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: EMSY, C11orf30 / プラスミド: pGEX-KG / 生物種 (発現宿主): Escherichia coli / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: Q7Z589
#2: タンパク質
Chromobox protein homolog 1 / Heterochromatin protein 1 homolog beta / HP1 beta / Modifier 1 protein / M31 / Heterochromatin ...Heterochromatin protein 1 homolog beta / HP1 beta / Modifier 1 protein / M31 / Heterochromatin protein p25 / HP1Hsbeta / p25beta


分子量: 8385.410 Da / 分子数: 4 / 断片: CHROMO SHADOW DOMAIN / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: CBX1, CBX / プラスミド: pET28a / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P83916
#3: 化合物
ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン


分子量: 96.063 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 386 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.88 Å3/Da / 溶媒含有率: 57.34 %
結晶化温度: 290 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 8
詳細: 1.8M ammonium sulfate, 0.1M tris, pH 8.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 290K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: NSLS / ビームライン: X26C / 波長: 0.97860, 0.97910, 0.96500
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 4 / 検出器: CCD / 日付: 2004年6月24日
放射プロトコル: MAD / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長
ID波長 (Å)相対比
10.97861
20.97911
30.9651
反射解像度: 1.8→50 Å / Num. all: 57548 / Num. obs: 54308 / % possible obs: 94.4 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 5.4 % / Rmerge(I) obs: 0.052 / Net I/σ(I): 15.8
反射 シェル解像度: 1.8→1.86 Å / 冗長度: 5.4 % / Rmerge(I) obs: 0.22 / Num. unique all: 55874 / % possible all: 96

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
HKL-2000データ収集
SCALEPACKデータスケーリング
SOLVE位相決定
CNS1.1精密化
HKL-2000データ削減
精密化構造決定の手法: 多波長異常分散 / 解像度: 1.8→50 Å
Rfactor反射数%反射
Rfree0.243 4421 -
Rwork0.219 --
all0.219 57548 -
obs0.219 54308 94.4 %
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.8→50 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3054 0 20 386 3460

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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