PDB-2fml: Crystal structure of MutT/nudix family protein from Enterococcus ...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 2fml

タイトル

Crystal structure of MutT/nudix family protein from Enterococcus faecalis

要素

MutT/nudix family protein

キーワード

STRUCTURAL GENOMICS / UNKNOWN FUNCTION / MutT/nudix family protein / Enterococcus faecalis / PSI / Protein Structure Initiative / Midwest Center for Structural Genomics / MCSG

機能・相同性

機能・相同性情報

hydrolase activity
類似検索 - 分子機能

生物種

Enterococcus faecalis (乳酸球菌)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

単波長異常分散 / 解像度: 2.26 Å

データ登録者

Chang, C. / Quartey, P. / Moy, S. / Joachimiak, A. / Midwest Center for Structural Genomics (MCSG)

引用

ジャーナル: To be Published
タイトル: Crystal structure of MutT/nudix family protein from Enterococcus faecalis
著者: Chang, C. / Quartey, P. / Moy, S. / Joachimiak, A.

履歴

登録	2006年1月9日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2006年2月21日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2008年5月1日	Group: Version format compliance
改定 1.2	2011年7月13日	Group: Advisory / Version format compliance

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	2fml.cif.gz	118 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb2fml.ent.gz	98.3 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	2fml.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	2fml_validation.pdf.gz	426.8 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	2fml_full_validation.pdf.gz	441.6 KB	表示
XML形式データ	2fml_validation.xml.gz	14.6 KB	表示
CIF形式データ	2fml_validation.cif.gz	22.1 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/fm/2fml ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/fm/2fml	HTTPS FTP

-
関連構造データ

類似構造データ	1o3r-1 5v9p-d 2cgp-1 5ceh-d 5xnh-d 4hc8-2 3mzh-d 3vs8-3 2f6q-d 3eps-1 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索
その他のデータベース	TargetDB: APC29501

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#145 - 2012年1月伝令RNAのキャップ形成 (Messenger RNA Capping) 類似性 (4) #201 - 2016年9月イソプレン合成酵素 (Isoprene Synthase) 類似性 (4)

登録構造単位

A: MutT/nudix family protein

B: MutT/nudix family protein

ヘテロ分子

63.5 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	86.394, 132.034, 64.017
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number	18
Space group name H-M	P2₁2₁2

#1: タンパク質	MutT/nudix family protein 分子量: 31694.084 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Enterococcus faecalis (乳酸球菌) / プラスミド: pMCSG / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) Derivatives / 参照: GenBank: 29344646, UniProt: Q830S2*PLUS
#2: 化合物	ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル分子量: 92.094 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₃H₈O₃
#3: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 264 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.88 Å³/Da / 溶媒含有率: 57.28 %
結晶化	温度: 290 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7.5 詳細: MgCl2, HEPES, PEG550, pH 7.5, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 290K

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 19-ID / 波長: 0.97929 Å
検出器	タイプ: ADSC QUANTUM 4 / 検出器: CCD / 日付: 2005年10月31日
放射	モノクロメーター: double crystal / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.97929 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.26→50 Å / Num. all: 35087 / Num. obs: 34806 / % possible obs: 99.2 % / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 7 % / R_merge(I) obs: 0.062 / Net I/σ(I): 45.3
反射シェル	解像度: 2.26→2.34 Å / 冗長度: 6.2 % / R_merge(I) obs: 0.289 / Mean I/σ(I) obs: 5.89 / % possible all: 96.6

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.2.0005	精密化
HKL-2000		データ削減
SCALEPACK		データスケーリング
HKL-3000		位相決定
SHELXE		モデル構築
SOLVE		位相決定
RESOLVE		位相決定
ARP/wARP		モデル構築

精密化

構造決定の手法:

単波長異常分散 / 解像度: 2.26→50 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.95 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.929 / SU B: 11.087 / SU ML: 0.146 / TLS residual ADP flag: LIKELY RESIDUAL / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.24 / ESU R Free: 0.204 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.24086	1743	5 %	RANDOM
R_work	0.19162	-	-	-
obs	0.19416	33009	99.22 %	-
all	-	33009	-	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK

原子変位パラメータ

B_iso mean: 54.275 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	-0.51 Å²	0 Å²	0 Å²
2-	-	0.77 Å²	0 Å²
3-	-	-	-0.26 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.26→50 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	4184	0	6	264	4454

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.027	0.022	4297
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	2.082	1.942	5806
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	11.843	5	514
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	40.062	24.554	224
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	18.442	15	758
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	19.549	15	24
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.16	0.2	628
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.009	0.02	3274
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.223	0.2	1872
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined	0.303	0.2	2831
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.175	0.2	287
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_refined	0.146	0.2	19
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_refined	0.201	0.2	9
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	1.142	1.5	2663
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	1.864	2	4141
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	3.147	3	1892
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	4.724	4.5	1663
X-RAY DIFFRACTION	r_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_bonded

LS精密化シェル

解像度: 2.26→2.319 Å / Total num. of bins used: 20

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.274	113	-
R_work	0.219	2307	-
obs	-	-	95.61 %

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	3.057	-0.1587	-0.8005	4.4242	1.8927	11.6416	0.0437	-0.0882	0.4091	-0.6811	0.0231	0.0298	-1.0791	-0.1607	-0.0668	0.0062	0.0301	-0.029	-0.0273	-0.0215	-0.4059	14.897	51.139	-17.964
2	1.5888	-0.3851	0.0535	2.9311	-0.8189	2.0686	-0.0259	0.1442	-0.5521	-0.091	0.0836	-0.0185	0.2579	-0.2763	-0.0577	-0.3194	-0.0465	0.0164	-0.164	-0.0791	-0.2662	27.335	15.914	1.394
3	3.514	-0.1413	-0.3138	8.2711	-2.7411	7.864	0.6024	-0.2229	-0.0533	1.3704	0.3922	1.4499	-0.3147	-1.2131	-0.9947	0.0699	0.0991	0.3501	-0.0013	0.2907	-0.0274	15.731	12.935	22.909
4	8.679	-0.1388	-2.215	8.336	-0.7742	9.1595	-0.077	1.1019	-0.7146	-0.9758	0.015	1.0683	0.1368	-1.0277	0.062	-0.1557	-0.0137	-0.0862	0.3846	-0.2398	-0.2091	36.99	18.618	-19.384
5	1.9599	-0.6739	-0.7617	1.5316	0.7081	2.6575	0.0796	0.1767	0.1416	-0.0577	-0.1297	-0.0875	-0.2515	-0.1533	0.0502	-0.2561	0.0305	0.0027	-0.0882	-0.0273	-0.4381	18.082	45.17	5.602
6	4.3779	-0.2163	-1.2699	2.9609	1.4761	7.3879	-0.1173	-0.4285	-0.1733	0.5374	0.0145	-0.278	0.3959	0.8182	0.1029	-0.0826	0.0481	-0.0516	0.0488	0.0156	-0.4169	21.91	40.578	28.94

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Auth asym-ID	Label asym-ID	Auth seq-ID	Label seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	A	A	5 - 35	5 - 35
2	X-RAY DIFFRACTION	2	A	A	36 - 195	36 - 195
3	X-RAY DIFFRACTION	3	A	A	196 - 268	196 - 268
4	X-RAY DIFFRACTION	4	B	B	9 - 30	9 - 30
5	X-RAY DIFFRACTION	5	B	B	36 - 195	36 - 195
6	X-RAY DIFFRACTION	6	B	B	196 - 268	196 - 268

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

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新型コロナ情報

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