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- PDB-2fm8: Crystal Structure of the Salmonella Secretion Chaperone InvB in C... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2fm8
タイトルCrystal Structure of the Salmonella Secretion Chaperone InvB in Complex with SipA
要素
  • Cell invasion protein sipA
  • Surface presentation of antigens protein spaK
キーワードCHAPERONE/CELL INVASION / type III secretion / chaperone / translocation / protein folding / virulence / Salmonella / bacterial / CHAPERONE-CELL INVASION COMPLEX
機能・相同性
機能・相同性情報


: / actin binding / extracellular region
類似検索 - 分子機能
SipA N-terminal domain-like / SipA N-terminal domain-like / Surface presentation of antigens protein SpaK / Invasion protein B family / Salmonella invasion protein A, C-terminal actin-binding domain superfamily / Salmonella invasion protein A, N-terminal / Salmonella invasion protein A, chaperone-binding / SipA N-terminal domain / Yope Regulator; Chain: A, - #10 / Yope Regulator; Chain: A, ...SipA N-terminal domain-like / SipA N-terminal domain-like / Surface presentation of antigens protein SpaK / Invasion protein B family / Salmonella invasion protein A, C-terminal actin-binding domain superfamily / Salmonella invasion protein A, N-terminal / Salmonella invasion protein A, chaperone-binding / SipA N-terminal domain / Yope Regulator; Chain: A, - #10 / Yope Regulator; Chain: A, / 2-Layer Sandwich / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Surface presentation of antigens protein SpaK / Cell invasion protein SipA / Cell invasion protein SipA
類似検索 - 構成要素
生物種Salmonella typhimurium (サルモネラ菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 単波長異常分散 / 解像度: 2.2 Å
データ登録者Lilic, M. / Vujanac, M. / Stebbins, C.E.
引用ジャーナル: Mol.Cell / 年: 2006
タイトル: A common structural motif in the binding of virulence factors to bacterial secretion chaperones.
著者: Lilic, M. / Vujanac, M. / Stebbins, C.E.
履歴
登録2006年1月8日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02006年3月21日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年5月1日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Advisory / Version format compliance
改定 1.32017年10月18日Group: Refinement description / カテゴリ: software
改定 1.42024年2月14日Group: Data collection / Database references
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / struct_ref_seq_dif
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Surface presentation of antigens protein spaK
B: Surface presentation of antigens protein spaK
C: Cell invasion protein sipA


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)55,9313
ポリマ－55,9313
非ポリマー00
水11,025612
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area5840 Å2
ΔGint-34 kcal/mol
Surface area23500 Å2
手法PISA
2
A: Surface presentation of antigens protein spaK
B: Surface presentation of antigens protein spaK
C: Cell invasion protein sipA

A: Surface presentation of antigens protein spaK
B: Surface presentation of antigens protein spaK
C: Cell invasion protein sipA


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)111,8626
ポリマ－111,8626
非ポリマー00
水1086
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation4_565-x,-y+1,z1
Buried area15320 Å2
ΔGint-95 kcal/mol
Surface area43350 Å2
手法PISA
3
A: Surface presentation of antigens protein spaK
B: Surface presentation of antigens protein spaK
C: Cell invasion protein sipA

A: Surface presentation of antigens protein spaK
B: Surface presentation of antigens protein spaK
C: Cell invasion protein sipA


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)111,8626
ポリマ－111,8626
非ポリマー00
水1086
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation11_555-x+y,y,-z1
Buried area15060 Å2
ΔGint-81 kcal/mol
Surface area43610 Å2
手法PISA
4
B: Surface presentation of antigens protein spaK

B: Surface presentation of antigens protein spaK

A: Surface presentation of antigens protein spaK
C: Cell invasion protein sipA

A: Surface presentation of antigens protein spaK
C: Cell invasion protein sipA


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)111,8626
ポリマ－111,8626
非ポリマー00
水1086
タイプ名称対称操作数
crystal symmetry operation4_565-x,-y+1,z1
crystal symmetry operation8_665x-y+1,-y+1,-z1
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation11_555-x+y,y,-z1
Buried area10180 Å2
ΔGint-67 kcal/mol
Surface area48490 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)146.505, 146.505, 156.670
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number181
Space group name H-MP6422

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要素

#1: タンパク質 Surface presentation of antigens protein spaK / Invasion protein invB


分子量: 14931.090 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Salmonella typhimurium (サルモネラ菌)
遺伝子: spaK, invB / プラスミド: pGEX-4T3 / 生物種 (発現宿主): Escherichia coli / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: P0A1N0
#2: タンパク質 Cell invasion protein sipA / Effector protein sipA


分子量: 26068.973 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Salmonella typhimurium (サルモネラ菌)
遺伝子: sipA, sspA / プラスミド: pGEX-4T3 / 生物種 (発現宿主): Escherichia coli / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: Q56027, UniProt: P0CL52*PLUS
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 612 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 4.34 Å3/Da / 溶媒含有率: 71.64 %
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 5.2
詳細: 27mg/ml protein with an equilibration buffer consisting of 3.8M Na-formate, 0.9M Na-cacodylate pH 5.2 and 0.09M guanidine-hydrochloride as an additive, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K

-
データ収集

放射光源由来: シンクロトロン / サイト: NSLS / ビームライン: X9A / 波長: 0.979 Å
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.979 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2→99 Å / Num. all: 66495 / Num. obs: 66495 / % possible obs: 99.2 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 8.6 % / Rmerge(I) obs: 0.072 / Χ2: 1.051
反射 シェル解像度: 2→2.07 Å / 冗長度: 6.5 % / Rmerge(I) obs: 0 / Num. unique all: 6487 / Χ2: 0.898 / % possible all: 98.7

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
REFMAC5.2.0005精密化
PDB_EXTRACT1.701データ抽出
SOLVE位相決定
精密化構造決定の手法: 単波長異常分散 / 解像度: 2.2→99 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.948 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.925 / SU B: 7.943 / SU ML: 0.111 / TLS residual ADP flag: LIKELY RESIDUAL / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.17 / ESU R Free: 0.164 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.24 2514 5.1 %RANDOM
Rwork0.198 ---
all0.2 49515 --
obs0.19999 49515 97.46 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK
原子変位パラメータBiso mean: 30.011 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--0.65 Å2-0.33 Å20 Å2
2---0.65 Å20 Å2
3---0.98 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.2→99 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3693 0 0 612 4305
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0150.0223749
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0020.023484
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.41.9775064
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg0.82138116
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg5.9145472
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg35.49525.472159
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg15.62815678
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg18.961514
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0820.2595
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0050.024123
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0010.02694
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined0.220.2866
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other0.180.23352
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined0.1750.21830
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other0.0860.22117
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined0.2380.2454
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other0.0930.21
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined0.1780.28
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other0.2980.258
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined0.2890.230
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it1.261.53086
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other0.1961.5979
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it1.4623798
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it2.59331560
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it3.6894.51266
LS精密化 シェル解像度: 2.2→2.257 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.28 184 -
Rwork0.228 3479 -
obs-3663 98.87 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
12.3651-0.3121.11830.7501-0.15251.27670.0765-0.2357-0.09170.07720.0370.00690.0902-0.0711-0.1135-0.0767-0.0081-0.07460.06860.033-0.05032.91248.0919.571
21.94960.58330.00621.3697-0.71881.05420.133-0.0859-0.2758-0.0248-0.095-0.04350.1315-0.008-0.0381-0.0789-0.0449-0.07390.02060.02730.0143-17.76238.727.286
35.48180.8161-1.88211.44571.61826.76160.0102-0.57140.02680.16370.0228-0.03870.27790.235-0.033-0.0599-0.0061-0.089-0.0190.0548-0.11698.2351.63825.684
41.0524-0.3540.21780.8672-0.16380.31220.0342-0.0240.09090.02220.01-0.0433-0.01280.0476-0.0442-0.0794-0.0275-0.0020.02040.003-0.0264-25.37375.099-1.584
精密化 TLSグループ

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Selection: ALL

IDRefine TLS-IDAuth asym-IDLabel asym-IDAuth seq-IDLabel seq-ID
11AA1 - 1341 - 134
22BB1 - 1351 - 135
33CC23 - 441 - 22
44CC52 - 26230 - 240

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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