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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 2flz | ||||||
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タイトル | The X-ray structure of cis-3-chloroacrylic acid dehalogenase (cis-CaaD) with a sulfate ion bound in the active site | ||||||
![]() | cis-3-chloroacrylic acid dehalogenase | ||||||
![]() | HYDROLASE / 3-chloroacrylic acid dehalogenase / 4OT / hydratase / dehalogenation / 4-oxalocrotonate tautomerase | ||||||
機能・相同性 | Tautomerase, cis-CaaD-like / Putative oxalocrotonate tautomerase enzyme / Macrophage Migration Inhibitory Factor / Macrophage Migration Inhibitory Factor / Tautomerase/MIF superfamily / 2-Layer Sandwich / Alpha Beta / : / Cis-3-chloroacrylic acid dehalogenase![]() | ||||||
生物種 | ![]() | ||||||
手法 | ![]() ![]() ![]() | ||||||
![]() | de Jong, R.M. | ||||||
![]() | ![]() タイトル: Crystal Structures of Native and Inactivated cis-3-Chloroacrylic Acid Dehalogenase: STRUCTURAL BASIS FOR SUBSTRATE SPECIFICITY AND INACTIVATION BY (R)-OXIRANE-2-CARBOXYLATE. 著者: de Jong, R.M. / Bazzacco, P. / Poelarends, G.J. / Johnson, W.H. / Kim, Y.J. / Burks, E.A. / Serrano, H. / Thunnissen, A.-M.W.H. / Whitman, C.P. / Dijkstra, B.W. | ||||||
履歴 |
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Remark 999 | SEQUENCE THE AUTHOR MAINTAINS THAT THIS IS AN ERROR IN THE SEQUENCE DATABASE. |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 95.6 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 74.5 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
文書・要旨 | ![]() | 463.3 KB | 表示 | ![]() |
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文書・詳細版 | ![]() | 473.7 KB | 表示 | |
XML形式データ | ![]() | 17.9 KB | 表示 | |
CIF形式データ | ![]() | 23.3 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 | ![]()
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2 | ![]()
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3 | ![]()
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単位格子 |
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詳細 | The biological unit is a trimer. The ASU contains three monomers, which form three trimers by rotation around the crystallographic three-fold symmetry axis |
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要素
#1: タンパク質 | 分子量: 16630.500 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) ![]() プラスミド: pBAD / 生物種 (発現宿主): Escherichia coli / 発現宿主: ![]() ![]() 参照: GenBank: 37702690, UniProt: Q6VPE5*PLUS, 加水分解酵素; ハロゲン結合に作用; C-ハロゲン化合物に作用 #2: 化合物 | #3: 水 | ChemComp-HOH / | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
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試料調製
結晶 | マシュー密度: 4.66 Å3/Da / 溶媒含有率: 73.59 % |
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結晶化 | 温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 4.2 詳細: equal amounts of protein solution (10 mg/mL) and well solution containing 10% (v/v) 2-propanol as a precipitant, 100 mM phosphate-citrate buffer, pH 4.2, and 0.2 M Li2SO4, VAPOR DIFFUSION, ...詳細: equal amounts of protein solution (10 mg/mL) and well solution containing 10% (v/v) 2-propanol as a precipitant, 100 mM phosphate-citrate buffer, pH 4.2, and 0.2 M Li2SO4, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
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放射光源 | 由来: ![]() ![]() ![]() |
検出器 | タイプ: ADSC QUANTUM 4 / 検出器: CCD / 日付: 2005年9月10日 / 詳細: mirrors |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.9 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 2.75→40 Å / Num. all: 24413 / Num. obs: 24413 / % possible obs: 99.9 % / Observed criterion σ(F): 2 / Observed criterion σ(I): 2 / Biso Wilson estimate: 90 Å2 / Rsym value: 0.093 / Net I/σ(I): 19.2 |
反射 シェル | 解像度: 2.75→2.87 Å / Mean I/σ(I) obs: 3.5 / Num. unique all: 1222 / Rsym value: 0.359 / % possible all: 100 |
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解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: ![]() 開始モデル: cis-3-chloroacrylic acid dehalogenase inactivated (1FLT) 解像度: 2.75→39.04 Å / Rfactor Rfree error: 0.007 / Data cutoff high absF: 3763590.05 / Data cutoff high rms absF: 3763590.05 / Data cutoff low absF: 0 / Isotropic thermal model: RESTRAINED / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / σ(I): 2 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber
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溶媒の処理 | 溶媒モデル: FLAT MODEL / Bsol: 19.9622 Å2 / ksol: 0.328788 e/Å3 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 42.4 Å2
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Refine analyze |
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2.75→39.04 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル | 解像度: 2.75→2.92 Å / Rfactor Rfree error: 0.025 / Total num. of bins used: 6
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Xplor file |
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