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- PDB-2flz: The X-ray structure of cis-3-chloroacrylic acid dehalogenase (cis... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2flz
タイトルThe X-ray structure of cis-3-chloroacrylic acid dehalogenase (cis-CaaD) with a sulfate ion bound in the active site
要素cis-3-chloroacrylic acid dehalogenase
キーワードHYDROLASE / 3-chloroacrylic acid dehalogenase / 4OT / hydratase / dehalogenation / 4-oxalocrotonate tautomerase
機能・相同性Tautomerase, cis-CaaD-like / Putative oxalocrotonate tautomerase enzyme / Macrophage Migration Inhibitory Factor / Macrophage Migration Inhibitory Factor / Tautomerase/MIF superfamily / 2-Layer Sandwich / Alpha Beta / : / Cis-3-chloroacrylic acid dehalogenase
機能・相同性情報
生物種coryneform bacterium (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.75 Å
データ登録者de Jong, R.M.
引用ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 2007
タイトル: Crystal Structures of Native and Inactivated cis-3-Chloroacrylic Acid Dehalogenase: STRUCTURAL BASIS FOR SUBSTRATE SPECIFICITY AND INACTIVATION BY (R)-OXIRANE-2-CARBOXYLATE.
著者: de Jong, R.M. / Bazzacco, P. / Poelarends, G.J. / Johnson, W.H. / Kim, Y.J. / Burks, E.A. / Serrano, H. / Thunnissen, A.-M.W.H. / Whitman, C.P. / Dijkstra, B.W.
履歴
登録2006年1月6日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02006年11月21日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年5月1日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Derived calculations / Version format compliance
改定 1.32023年8月30日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
Remark 999SEQUENCE THE AUTHOR MAINTAINS THAT THIS IS AN ERROR IN THE SEQUENCE DATABASE.

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構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

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集合体

登録構造単位
A: cis-3-chloroacrylic acid dehalogenase
B: cis-3-chloroacrylic acid dehalogenase
C: cis-3-chloroacrylic acid dehalogenase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)50,1806
ポリマ－49,8923
非ポリマー2883
水28816
1
A: cis-3-chloroacrylic acid dehalogenase
ヘテロ分子

A: cis-3-chloroacrylic acid dehalogenase
ヘテロ分子

A: cis-3-chloroacrylic acid dehalogenase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)50,1806
ポリマ－49,8923
非ポリマー2883
水543
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation7_555-z+1/2,-x,y+1/21
crystal symmetry operation10_545-y,z-1/2,-x+1/21
Buried area8770 Å2
ΔGint-107 kcal/mol
Surface area16020 Å2
手法PISA, PQS
2
B: cis-3-chloroacrylic acid dehalogenase
ヘテロ分子

B: cis-3-chloroacrylic acid dehalogenase
ヘテロ分子

B: cis-3-chloroacrylic acid dehalogenase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)50,1806
ポリマ－49,8923
非ポリマー2883
水543
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation5_546z,x-1,y+11
crystal symmetry operation9_645y+1,z-1,x1
Buried area8740 Å2
ΔGint-106 kcal/mol
Surface area15630 Å2
手法PISA, PQS
3
C: cis-3-chloroacrylic acid dehalogenase
ヘテロ分子

C: cis-3-chloroacrylic acid dehalogenase
ヘテロ分子

C: cis-3-chloroacrylic acid dehalogenase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)50,1806
ポリマ－49,8923
非ポリマー2883
水543
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation5_546z,x-1,y+11
crystal symmetry operation9_645y+1,z-1,x1
Buried area8780 Å2
ΔGint-109 kcal/mol
Surface area15510 Å2
手法PISA, PQS
単位格子
Length a, b, c (Å)140.763, 140.763, 140.763
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number198
Space group name H-MP213
詳細The biological unit is a trimer. The ASU contains three monomers, which form three trimers by rotation around the crystallographic three-fold symmetry axis

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要素

#1: タンパク質 cis-3-chloroacrylic acid dehalogenase


分子量: 16630.500 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) coryneform bacterium (バクテリア)
プラスミド: pBAD / 生物種 (発現宿主): Escherichia coli / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 (DE3)
参照: GenBank: 37702690, UniProt: Q6VPE5*PLUS, 加水分解酵素; ハロゲン結合に作用; C-ハロゲン化合物に作用
#2: 化合物 ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン


分子量: 96.063 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 16 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 4.66 Å3/Da / 溶媒含有率: 73.59 %
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 4.2
詳細: equal amounts of protein solution (10 mg/mL) and well solution containing 10% (v/v) 2-propanol as a precipitant, 100 mM phosphate-citrate buffer, pH 4.2, and 0.2 M Li2SO4, VAPOR DIFFUSION, ...詳細: equal amounts of protein solution (10 mg/mL) and well solution containing 10% (v/v) 2-propanol as a precipitant, 100 mM phosphate-citrate buffer, pH 4.2, and 0.2 M Li2SO4, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID14-1 / 波長: 0.9 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 4 / 検出器: CCD / 日付: 2005年9月10日 / 詳細: mirrors
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.75→40 Å / Num. all: 24413 / Num. obs: 24413 / % possible obs: 99.9 % / Observed criterion σ(F): 2 / Observed criterion σ(I): 2 / Biso Wilson estimate: 90 Å2 / Rsym value: 0.093 / Net I/σ(I): 19.2
反射 シェル解像度: 2.75→2.87 Å / Mean I/σ(I) obs: 3.5 / Num. unique all: 1222 / Rsym value: 0.359 / % possible all: 100

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
CNS1.1精密化
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
AMoRE位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: cis-3-chloroacrylic acid dehalogenase inactivated (1FLT)

1flt


解像度: 2.75→39.04 Å / Rfactor Rfree error: 0.007 / Data cutoff high absF: 3763590.05 / Data cutoff high rms absF: 3763590.05 / Data cutoff low absF: 0 / Isotropic thermal model: RESTRAINED / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / σ(I): 2 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.239 1255 5.1 %RANDOM
Rwork0.208 ---
obs0.208 24413 99.9 %-
all-24413 --
溶媒の処理溶媒モデル: FLAT MODEL / Bsol: 19.9622 Å2 / ksol: 0.328788 e/Å3
原子変位パラメータBiso mean: 42.4 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0 Å20 Å20 Å2
2--0 Å20 Å2
3---0 Å2
Refine analyze
FreeObs
Luzzati coordinate error0.39 Å0.33 Å
Luzzati d res low-5 Å
Luzzati sigma a0.48 Å0.37 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.75→39.04 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3436 0 15 16 3467
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d0.008
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg1.4
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d25.2
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d0.89
X-RAY DIFFRACTIONc_mcbond_it1.181.5
X-RAY DIFFRACTIONc_mcangle_it2.022
X-RAY DIFFRACTIONc_scbond_it2.12
X-RAY DIFFRACTIONc_scangle_it3.262.5
LS精密化 シェル解像度: 2.75→2.92 Å / Rfactor Rfree error: 0.025 / Total num. of bins used: 6
Rfactor反射数%反射
Rfree0.381 230 5.7 %
Rwork0.313 3790 -
obs-1222 99.6 %
Xplor file
Refine-IDSerial noParam fileTopol file
X-RAY DIFFRACTION1protein_rep.paramprotein.top
X-RAY DIFFRACTION2dna-rna_rep.paramdna-rna.top
X-RAY DIFFRACTION3water_rep.paramwater.top
X-RAY DIFFRACTION4ion.paramion.top

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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