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万見
- PDB-2fle: Structural analysis of asymmetric inhibitor bound to the HIV-1 Pr... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2fle
タイトルStructural analysis of asymmetric inhibitor bound to the HIV-1 Protease V82A mutant
要素pol protein
キーワードhydrolase/hydrolase inhibitor / HIV-1 protease / inhibitor / resistance / induced fit / hydrolase-hydrolase inhibitor COMPLEX
機能・相同性
機能・相同性情報


aspartic-type endopeptidase activity
類似検索 - 分子機能
Retropepsin-like catalytic domain / Retropepsins / Retroviral aspartyl protease / Aspartyl protease, retroviral-type family profile. / Peptidase A2A, retrovirus, catalytic / Cathepsin D, subunit A; domain 1 / Acid Proteases / Aspartic peptidase, active site / Eukaryotic and viral aspartyl proteases active site. / Aspartic peptidase domain superfamily ...Retropepsin-like catalytic domain / Retropepsins / Retroviral aspartyl protease / Aspartyl protease, retroviral-type family profile. / Peptidase A2A, retrovirus, catalytic / Cathepsin D, subunit A; domain 1 / Acid Proteases / Aspartic peptidase, active site / Eukaryotic and viral aspartyl proteases active site. / Aspartic peptidase domain superfamily / Beta Barrel / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-AI / : / Protease
類似検索 - 構成要素
生物種Human immunodeficiency virus 1 (ヒト免疫不全ウイルス)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.9 Å
データ登録者Clemente, J.C. / Robbins, A. / Dunn, B.M. / Sussman, F.
引用ジャーナル: J.Med.Chem. / 年: 2008
タイトル: Design, synthesis, evaluation, and crystallographic-based structural studies of HIV-1 protease inhibitors with reduced response to the V82A mutation.
著者: Clemente, J.C. / Robbins, A. / Grana, P. / Paleo, M.R. / Correa, J.F. / Villaverde, M.C. / Sardina, F.J. / Govindasamy, L. / Agbandje-McKenna, M. / McKenna, R. / Dunn, B.M. / Sussman, F.
履歴
登録2006年1月5日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02007年1月16日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年5月1日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Non-polymer description / Version format compliance
改定 1.32017年10月18日Group: Refinement description / カテゴリ: software
Item: _software.classification / _software.contact_author ..._software.classification / _software.contact_author / _software.contact_author_email / _software.date / _software.language / _software.location / _software.name / _software.type / _software.version
改定 1.42021年10月20日Group: Database references / Derived calculations / カテゴリ: database_2 / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
改定 1.52023年8月30日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: pol protein
B: pol protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)22,3884
ポリマ－21,4952
非ポリマー8932
水1,38777
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area5630 Å2
ΔGint-28 kcal/mol
Surface area9060 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)62.195, 62.195, 82.752
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number169
Space group name H-MP61
詳細The asymetric unit consist of the HIV protease homodimer

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要素

#1: タンパク質 pol protein


分子量: 10747.688 Da / 分子数: 2 / 断片: HIV-1 protease / 変異: V82A / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Human immunodeficiency virus 1 (ヒト免疫不全ウイルス)
属: Lentivirus / プラスミド: pET23a / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 Star DE3 pLysS / 参照: GenBank: 33304696, UniProt: Q9J2R0*PLUS
#2: 化合物 ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル


分子量: 92.094 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#3: 化合物 ChemComp-AI / (2S,2'S)-N,N'-[(2S,3S,4S,5S)-1-CYCLOHEXYL-3,4-DIHYDROXY-6-PHENYLHEXANE-2,5-DIYL]BIS[3-METHYL-2-({[METHYL(PYRIDIN-2-YLMETHYL)AMINO]CARBONYL}AMINO)BUTANAMIDE]


分子量: 801.029 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C44H64N8O6
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 77 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.14 Å3/Da / 溶媒含有率: 42.59 %
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法 / pH: 6.5
詳細: 0.1 M Sodium Cacodylate pH 6.5, 0.2 M Magnesium Acetate tetrahydrate, 20% Polyethylene Glycol 8000. (Hampton Research Crystal Screen Solution #18), VAPOR DIFFUSION, temperature 298K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: NSLS / ビームライン: X29A / 波長: 1 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315 / 検出器: CCD / 日付: 2005年6月22日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.9→40 Å / Num. all: 14460 / Num. obs: 14371 / % possible obs: 99.9 % / Observed criterion σ(F): 2 / Observed criterion σ(I): 2 / 冗長度: 5.3 % / Biso Wilson estimate: 36.4 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.075 / Χ2: 1.24 / Net I/σ(I): 22.6
反射 シェル解像度: 1.9→1.97 Å / 冗長度: 5.3 % / Rmerge(I) obs: 0.486 / Mean I/σ(I) obs: 2.8 / Num. unique all: 1424 / Χ2: 0.993 / % possible all: 100

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
CNS1.1精密化
PDB_EXTRACT1.701データ抽出
HKL-2000データ削減
CNS位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 1hxw

1hxw


解像度: 1.9→19.77 Å / Rfactor Rfree error: 0.009 / Data cutoff high absF: 481957.719 / Data cutoff low absF: 0 / Isotropic thermal model: RESTRAINED / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 2 / σ(I): 2 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2505 652 5 %RANDOM
Rwork0.199 ---
obs0.207 12939 90 %-
溶媒の処理溶媒モデル: FLAT MODEL / Bsol: 57.034 Å2 / ksol: 0.409 e/Å3
原子変位パラメータBiso mean: 33.5 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.3 Å20.61 Å20 Å2
2--0.3 Å20 Å2
3----0.6 Å2
Refine analyze
FreeObs
Luzzati coordinate error0.27 Å0.22 Å
Luzzati d res low-5 Å
Luzzati sigma a0.19 Å0.14 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.9→19.77 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1508 0 64 77 1649
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealWeight
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d0.009
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg1.5
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d25.8
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d0.87
X-RAY DIFFRACTIONc_mcbond_it1.911.5
X-RAY DIFFRACTIONc_mcangle_it2.782
X-RAY DIFFRACTIONc_scbond_it3.182
X-RAY DIFFRACTIONc_scangle_it4.622.5
LS精密化 シェル解像度: 1.9→2.02 Å / Rfactor Rfree error: 0.029 / Total num. of bins used: 6
Rfactor反射数%反射
Rfree0.268 88 4.9 %
Rwork0.225 1724 -
obs-1812 75.8 %
Xplor file
Refine-IDSerial noParam fileTopol file
X-RAY DIFFRACTION1protein.topprotein_rep.param
X-RAY DIFFRACTION2water.topwater_rep.param
X-RAY DIFFRACTION3INH1_sync2.topINH1_sync2.param
X-RAY DIFFRACTION4GOL.topGOL.param

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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