[日本語] English
万見
- PDB-2fl5: Cofactor-containing antibodies: Crystal structure of the original... -

+
データを開く


IDまたはキーワード:

読み込み中...

-
基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2fl5
タイトルCofactor-containing antibodies: Crystal structure of the original yellow antibody
要素
  • Immunoglobulin Igg1 Heavy chain
  • Immunoglobulin Igg1 Lambda Light Chain
キーワードIMMUNE SYSTEM / human antibody / riboflavin-binding / cofactor / multiple myeloma / IGGGAR
機能・相同性
機能・相同性情報


extracellular region
類似検索 - 分子機能
: / Immunoglobulin V-Type / Immunoglobulin V-set domain / Immunoglobulin V-set domain / Immunoglobulin subtype / Immunoglobulin / Immunoglobulin/major histocompatibility complex, conserved site / Immunoglobulins and major histocompatibility complex proteins signature. / Immunoglobulin C-Type / Immunoglobulin C1-set ...: / Immunoglobulin V-Type / Immunoglobulin V-set domain / Immunoglobulin V-set domain / Immunoglobulin subtype / Immunoglobulin / Immunoglobulin/major histocompatibility complex, conserved site / Immunoglobulins and major histocompatibility complex proteins signature. / Immunoglobulin C-Type / Immunoglobulin C1-set / Immunoglobulin C1-set domain / Ig-like domain profile. / Immunoglobulin-like domain / Immunoglobulin-like domain superfamily / Immunoglobulin-like fold / Immunoglobulins / Immunoglobulin-like / Sandwich / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
RIBOFLAVIN / IGL@ protein / :
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 3 Å
データ登録者Zhu, X. / Wilson, I.A.
引用ジャーナル: Proc.Natl.Acad.Sci.Usa / 年: 2006
タイトル: Cofactor-containing antibodies: Crystal structure of the original yellow antibody.
著者: Zhu, X. / Wentworth, P. / Kyle, R.A. / Lerner, R.A. / Wilson, I.A.
履歴
登録2006年1月5日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02006年2月21日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年5月1日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Non-polymer description / Version format compliance
改定 1.32017年10月18日Group: Refinement description / カテゴリ: software
改定 1.42023年8月30日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
改定 1.52024年10月16日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature
Remark 999SEQUENCE Currently there is no aminoacid sequence database reference available for the entities 1 and 2

-
構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

-
集合体

登録構造単位
L: Immunoglobulin Igg1 Lambda Light Chain
H: Immunoglobulin Igg1 Heavy chain
A: Immunoglobulin Igg1 Lambda Light Chain
B: Immunoglobulin Igg1 Heavy chain
C: Immunoglobulin Igg1 Lambda Light Chain
D: Immunoglobulin Igg1 Heavy chain
E: Immunoglobulin Igg1 Lambda Light Chain
F: Immunoglobulin Igg1 Heavy chain
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)185,96212
ポリマ－184,4568
非ポリマー1,5054
水2,594144
1
L: Immunoglobulin Igg1 Lambda Light Chain
H: Immunoglobulin Igg1 Heavy chain
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)46,4903
ポリマ－46,1142
非ポリマー3761
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area4460 Å2
ΔGint-30 kcal/mol
Surface area19120 Å2
手法PISA
2
A: Immunoglobulin Igg1 Lambda Light Chain
B: Immunoglobulin Igg1 Heavy chain
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)46,4903
ポリマ－46,1142
非ポリマー3761
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area4450 Å2
ΔGint-29 kcal/mol
Surface area19130 Å2
手法PISA
3
C: Immunoglobulin Igg1 Lambda Light Chain
D: Immunoglobulin Igg1 Heavy chain
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)46,4903
ポリマ－46,1142
非ポリマー3761
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area4400 Å2
ΔGint-29 kcal/mol
Surface area19230 Å2
手法PISA
4
E: Immunoglobulin Igg1 Lambda Light Chain
F: Immunoglobulin Igg1 Heavy chain
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)46,4903
ポリマ－46,1142
非ポリマー3761
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area4380 Å2
ΔGint-29 kcal/mol
Surface area19280 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)100.592, 111.105, 188.454
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

-
要素

#1: 抗体
Immunoglobulin Igg1 Lambda Light Chain


分子量: 22418.754 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: Q5FWF9
#2: 抗体
Immunoglobulin Igg1 Heavy chain


分子量: 23695.348 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: Q6PJA4
#3: 化合物
ChemComp-RBF / RIBOFLAVIN / RIBOFLAVINE / VITAMIN B2 / リボフラビン


分子量: 376.364 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C17H20N4O6
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 144 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY

-
実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 2.85 Å3/Da / 溶媒含有率: 56.88 %
結晶化温度: 298 K / pH: 7.5
詳細: PEG 4000, di-ammonium hydrogen citrate, tris, pH 7.5, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 298K, pH 7.50

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SSRL / ビームライン: BL11-1 / 波長: 0.979751
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315 / 検出器: CCD / 日付: 2004年5月7日 / 詳細: FLAT MIRROR (VERTICAL FOCUSING)
放射モノクロメーター: SINGLE CRYSTAL SI(111) BENT / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.979751 Å / 相対比: 1
反射解像度: 3→50 Å / Num. obs: 42610 / % possible obs: 98.9 % / 冗長度: 3.8 % / Rmerge(I) obs: 0.099 / Net I/σ(I): 15.5
反射 シェル解像度: 3→3.07 Å / Rmerge(I) obs: 0.812 / Mean I/σ(I) obs: 2.1 / % possible all: 99.3

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
CNS精密化
PDB_EXTRACT1.701データ抽出
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
MOLREP位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 8FAB

8fab


解像度: 3→50 Å / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / 立体化学のターゲット値: ENGH & HUBER
Rfactor反射数Selection details
Rfree0.29 2016 RANDOM
Rwork0.24 --
obs0.24 40272 -
all-43001 -
原子変位パラメータBiso mean: 61.21 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 3→50 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数12980 0 108 144 13232
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d0.009
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d_na
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg1.6
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg_na
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_mcbond_it
X-RAY DIFFRACTIONc_mcangle_it
X-RAY DIFFRACTIONc_scbond_it
X-RAY DIFFRACTIONc_scangle_it

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る