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- PDB-2fkx: Ribosomal protein s15 from thermus thermophilus, nmr recalculated... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2fkx
タイトルRibosomal protein s15 from thermus thermophilus, nmr recalculated structure
要素30S ribosomal protein S15
キーワードSTRUCTURAL PROTEIN / RIBOSOMAL PROTEIN / RNA-BINDING PROTEIN / RRNA-BINDING PROTEIN
機能・相同性
機能・相同性情報


cytosolic small ribosomal subunit / rRNA binding / structural constituent of ribosome / translation
類似検索 - 分子機能
S15/NS1, RNA-binding / Ribosomal protein S15, bacterial-type / Ribosomal protein S15 signature. / Helix Hairpins / Ribosomal protein S15 / Ribosomal_S15 / Ribosomal protein S15 / S15/NS1, RNA-binding / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
Small ribosomal subunit protein uS15
類似検索 - 構成要素
生物種Thermus thermophilus (バクテリア)
手法溶液NMR / SIMULATED ANNEALING, TORSION ANGLE DYNAMICS
データ登録者Malliavin, T.E.
引用
ジャーナル: Biophys.J. / 年: 2007
タイトル: The Conformational Landscape of the Ribosomal Protein S15 and Its Influence on the Protein Interaction with 16S RNA.
著者: Crety, T. / Malliavin, T.E.
#1: ジャーナル: Nat.Struct.Biol. / 年: 1997
タイトル: Solution structure of the ribosomal rna binding protein s15 from thermus thermophilus
著者: Berglund, H. / Rak, A. / Serganov, A. / Garber, M. / Hard, T.
履歴
登録2006年1月5日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02006年12月19日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12007年10月21日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32018年1月24日Group: Database references / Derived calculations
カテゴリ: citation_author / pdbx_struct_assembly / pdbx_struct_oper_list
Item: _citation_author.name
改定 1.42024年5月1日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession
Remark 950THIS ENTRY 2FKX REFLECTS AN ALTERNATIVE MODELING OF THE STRUCTURAL DATA IN 1AB3.MR ORIGINAL DATA ...THIS ENTRY 2FKX REFLECTS AN ALTERNATIVE MODELING OF THE STRUCTURAL DATA IN 1AB3.MR ORIGINAL DATA DETERMINED BY AUTHOR: H.BERGLUND, A.RAK, A.SERGANOV, M.GARBER, T.HARD

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: 30S ribosomal protein S15


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)10,4471
ポリマ－10,4471
非ポリマー00
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_5551
NMR アンサンブル
データ基準
コンフォーマー数 (登録 / 計算)18 / 100structures with the lowest energy
代表モデルモデル #1closest to the average

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要素

#1: タンパク質 30S ribosomal protein S15


分子量: 10447.213 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Thermus thermophilus (バクテリア)
遺伝子: rpsO, rps15 / プラスミド: PET11C / 生物種 (発現宿主): Escherichia coli / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 (DE3) / 参照: UniProt: P80378

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実験情報

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実験

実験手法: 溶液NMR
NMR実験の詳細Text: AUTHOR USED THE MR DATA FROM ENTRY 1AB3.

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試料調製

試料状態pH: 5 / 圧: ambient / 温度: 303 K

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NMR測定

放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M
放射波長相対比: 1
NMRスペクトロメータータイプ: Varian UNITY / 製造業者: Varian / モデル: UNITY / 磁場強度: 500 MHz

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解析

NMR software
名称バージョン開発者分類
CNS1.1A.T.Brunger, P.D.Adams, G.M.Clore, W.L.DeLano, P.Gros, R.W.Grosse-Kunstleve, J.-S.Jiang, J.Kuszewski, M.Nilges, N.S.Pannu, R.J.Read, L.M.Rice, T.Simonson, G.L.Warren.構造決定
ARIA1.2Jens Linge, Sean O'Donoghue, Michael Nilges構造決定
ARIA1.2Jens Linge, Sean O'Donoghue, Michael Nilges精密化
精密化手法: SIMULATED ANNEALING, TORSION ANGLE DYNAMICS / ソフトェア番号: 1
詳細: SIMULATED ANNEALING IN TORSION ANGLE SPACE AND IN CARTESIAN COORDINATES.
代表構造選択基準: closest to the average
NMRアンサンブルコンフォーマー選択の基準: structures with the lowest energy
計算したコンフォーマーの数: 100 / 登録したコンフォーマーの数: 18

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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