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万見
- PDB-2fjr: Crystal Structure of Bacteriophage 186 -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2fjr
タイトルCrystal Structure of Bacteriophage 186
要素Repressor protein CI
キーワードTranscription regulator / genetic switch / regulation / repressor / cooperativity
機能・相同性
機能・相同性情報


protein complex oligomerization / negative regulation of DNA-templated transcription / DNA binding
類似検索 - 分子機能
Bacteriophage CI repressor, N-terminal / Bacteriophage CI repressor, C-terminal / Bacteriophage CI repressor helix-turn-helix domain / Bacteriophage CI repressor C-terminal domain / Umud Fragment, subunit A / Umud Fragment, subunit A / lambda repressor-like DNA-binding domains / 434 Repressor (Amino-terminal Domain) / Lambda repressor-like, DNA-binding domain superfamily / Ribbon ...Bacteriophage CI repressor, N-terminal / Bacteriophage CI repressor, C-terminal / Bacteriophage CI repressor helix-turn-helix domain / Bacteriophage CI repressor C-terminal domain / Umud Fragment, subunit A / Umud Fragment, subunit A / lambda repressor-like DNA-binding domains / 434 Repressor (Amino-terminal Domain) / Lambda repressor-like, DNA-binding domain superfamily / Ribbon / Orthogonal Bundle / Mainly Beta / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
Repressor protein CI
類似検索 - 構成要素
生物種Enterobacteria phage 186 (ウイルス)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.95 Å
データ登録者Lewis, M.
引用ジャーナル: Mol.Cell / 年: 2006
タイトル: The structural basis of cooperative regulation at an alternate genetic switch
著者: Pinkett, H. / Shearwin, K.E. / Stayrook, S. / Dodd, I.B. / Burr, T. / Hochschild, A. / Egan, J.B. / Lewis, M.
履歴
登録2006年1月3日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02006年6月13日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年5月1日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32021年10月20日Group: Database references / カテゴリ: database_2 / struct_ref_seq_dif
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details
改定 1.42024年2月14日Group: Data collection / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Repressor protein CI
B: Repressor protein CI


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)41,5592
ポリマ－41,5592
非ポリマー00
水5,368298
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area2060 Å2
ΔGint-3 kcal/mol
Surface area20400 Å2
手法PISA
2
A: Repressor protein CI
B: Repressor protein CI

A: Repressor protein CI
B: Repressor protein CI


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)83,1184
ポリマ－83,1184
非ポリマー00
水724
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation7_556y,x,-z+11
Buried area6910 Å2
ΔGint-27 kcal/mol
Surface area38020 Å2
手法PISA
3
A: Repressor protein CI
B: Repressor protein CI

A: Repressor protein CI
B: Repressor protein CI


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)83,1184
ポリマ－83,1184
非ポリマー00
水724
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation7_555y,x,-z1
Buried area5520 Å2
ΔGint-17 kcal/mol
Surface area39410 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)109.137, 109.137, 93.092
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number92
Space group name H-MP41212
詳細The biological assembly is a homo-dimer in the assymmetric unit.

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要素

#1: タンパク質 Repressor protein CI


分子量: 20779.393 Da / 分子数: 2 / 変異: E146K / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Enterobacteria phage 186 (ウイルス)
属: P2-like viruses / 生物種: Enterobacteria phage P2 / 遺伝子: CI / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P08707
#2: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 298 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.33 Å3/Da / 溶媒含有率: 63.11 %
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 8.5
詳細: 15% PEG 4000, 0.08 M Tris-HCL, 0.16 M MgCl2, 20% glycerol, pH 8.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: NSLS / ビームライン: X25 / 波長: 1 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315 / 検出器: CCD / 日付: 2003年10月29日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.95→50 Å / Num. all: 41594 / Num. obs: 41544 / % possible obs: 99.9 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 19.4 % / Biso Wilson estimate: 18 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.063 / Rsym value: 0.063 / Net I/σ(I): 15.6
反射 シェル解像度: 1.95→2.01 Å / 冗長度: 19 % / Rmerge(I) obs: 0.048 / Mean I/σ(I) obs: 9 / Num. unique all: 3391 / Rsym value: 0.048 / % possible all: 100

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
CNS1.1精密化
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
AMoRE位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 1.95→19.93 Å / Rfactor Rfree error: 0.005 / Data cutoff high absF: 2292078.37 / Data cutoff high rms absF: 2292078.37 / Data cutoff low absF: 0 / Isotropic thermal model: RESTRAINED / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.247 2935 7.1 %RANDOM
Rwork0.218 ---
all0.219 41494 --
obs0.218 41481 99.9 %-
溶媒の処理溶媒モデル: FLAT MODEL / Bsol: 58.1419 Å2 / ksol: 0.379917 e/Å3
原子変位パラメータBiso mean: 41.7 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.07 Å20 Å20 Å2
2--0.07 Å20 Å2
3----0.15 Å2
Refine analyze
FreeObs
Luzzati coordinate error0.29 Å0.24 Å
Luzzati d res low-5 Å
Luzzati sigma a0.16 Å0.13 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.95→19.93 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2926 0 0 298 3224
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d0.01
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg1.5
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d24.4
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d0.79
X-RAY DIFFRACTIONc_mcbond_it1.551.5
X-RAY DIFFRACTIONc_mcangle_it2.482
X-RAY DIFFRACTIONc_scbond_it2.262
X-RAY DIFFRACTIONc_scangle_it3.342.5
LS精密化 シェル解像度: 1.95→2.01 Å / Rfactor Rfree error: 0.012 / Total num. of bins used: 6
Rfactor反射数%反射
Rfree0.267 504 7.4 %
Rwork0.238 6310 -
obs--100 %
Xplor file
Refine-IDSerial noParam fileTopol file
X-RAY DIFFRACTION1protein_rep.paramprotein.top
X-RAY DIFFRACTION2water_rep.paramwater.top

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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