+
データを開く
-
基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 2fjc | ||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|
タイトル | Crystal structure of antigen TpF1 from Treponema pallidum | ||||||
![]() | Antigen TpF1 | ||||||
![]() | METAL TRANSPORT / Mini ferritin / iron binding protein / antigen | ||||||
機能・相同性 | ![]() | ||||||
生物種 | ![]() | ||||||
手法 | ![]() ![]() ![]() | ||||||
![]() | Thumiger, A. / Polenghi, A. / Papinutto, E. / Battistutta, R. / Montecucco, C. / Zanotti, G. | ||||||
![]() | ![]() タイトル: Crystal structure of antigen TpF1 from Treponema pallidum. 著者: Thumiger, A. / Polenghi, A. / Papinutto, E. / Battistutta, R. / Montecucco, C. / Zanotti, G. #1: ![]() タイトル: Structure of the neutrophil-activating protein from Helicobacter pylori 著者: Zanotti, G. / Papinutto, E. / Dundon, W. / Battistutta, R. / Seveso, M. / Giudice, G. / Rappuoli, R. / Montecucco, C. #2: ![]() タイトル: The crystal structure of Dps, a ferritin homologue that binds and protects DNA 著者: Grant, R.A. / Filman, D.J. / Finkel, S.E. / Kolter, R. / Hogle, J.M. #3: ![]() タイトル: The dodecameric ferritin from listeria innocua contains a novel intersubunit iron-binding site 著者: Ilari, A. / Stefanini, S. / Chiancone, E. / Tsernoglou, D. #4: ![]() タイトル: Structure of two iron-binding proteins from Bacillus anthracis 著者: Papinutto, E. / Dundon, W.G. / Pitulis, N. / Battistutta, R. / Montecucco, C. / Zanotti, G. | ||||||
履歴 |
|
-
構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
---|
-
ダウンロードとリンク
-
ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 466.2 KB | 表示 | ![]() |
---|---|---|---|---|
PDB形式 | ![]() | 386.6 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
文書・要旨 | ![]() | 547.8 KB | 表示 | ![]() |
---|---|---|---|---|
文書・詳細版 | ![]() | 603.5 KB | 表示 | |
XML形式データ | ![]() | 88.2 KB | 表示 | |
CIF形式データ | ![]() | 118.9 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
関連構造データ | ![]() 1ji4S S: 精密化の開始モデル |
---|---|
類似構造データ |
-
リンク
-
集合体
登録構造単位 | ![]()
| ||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
1 | ![]()
| ||||||||
2 | ![]()
| ||||||||
3 | ![]()
| ||||||||
単位格子 |
|
-
要素
#1: タンパク質 | 分子量: 17252.652 Da / 分子数: 16 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) ![]() 遺伝子: tpf1 / プラスミド: pSM214G-TpF1 / 発現宿主: ![]() ![]() #2: 化合物 | ChemComp-FE / #3: 水 | ChemComp-HOH / | |
---|
-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
---|
-
試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.77 Å3/Da / 溶媒含有率: 55.58 % |
---|---|
結晶化 | 温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7.5 詳細: 10% PEG 6000, 8% ethylene glycol, 0.1 M Tris buffer, pH 7.5, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 298K |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
---|---|
放射光源 | 由来: ![]() ![]() ![]() |
検出器 | タイプ: MARRESEARCH / 検出器: CCD / 日付: 2004年6月1日 |
放射 | モノクロメーター: Si 111 / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 1.2 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 2.45→185 Å / Num. all: 111030 / Num. obs: 111030 / % possible obs: 95.7 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 5.1 % / Biso Wilson estimate: 56.6 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.072 / Net I/σ(I): 8.5 |
反射 シェル | 解像度: 2.45→2.55 Å / 冗長度: 3.9 % / Rmerge(I) obs: 0.37 / Mean I/σ(I) obs: 1.5 / Num. unique all: 11886 / % possible all: 70.8 |
-
解析
ソフトウェア |
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
精密化 | 構造決定の手法: ![]() 開始モデル: PDB entry 1JI4 解像度: 2.5→59.37 Å / Rfactor Rfree error: 0.002 / Data cutoff high absF: 1010942.9 / Data cutoff low absF: 0 / Isotropic thermal model: RESTRAINED / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
溶媒の処理 | 溶媒モデル: FLAT MODEL / Bsol: 31.4013 Å2 / ksol: 0.349013 e/Å3 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 40.4 Å2
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refine analyze |
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2.5→59.37 Å
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
拘束条件 |
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refine LS restraints NCS | NCS model details: CONSTR | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
LS精密化 シェル | 解像度: 2.5→2.66 Å / Rfactor Rfree error: 0.008 / Total num. of bins used: 6
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Xplor file |
|