[日本語] English
万見
- PDB-2fij: Crystal Structure Analysis of the A-DNA Decamer GCGT-2'OMeA-aU-AC... -

+
データを開く


IDまたはキーワード:

読み込み中...

-
基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2fij
タイトルCrystal Structure Analysis of the A-DNA Decamer GCGT-2'OMeA-aU-ACGC, with Incorporated 2'-O-Methylated-Adenosine (2'OMeA) and Arabino-Uridine (aU)
要素5'-D(*GP*CP*GP*TP*(A2M)P*(UAR)P*AP*CP*GP*C)-3'
キーワードDNA / Arabinonucleic Acid / Sugar Modifications / A-form DNA
機能・相同性COBALT HEXAMMINE(III) / DNA
機能・相同性情報
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.19 Å
データ登録者Egli, M. / Li, F.
引用ジャーナル: Biochemistry / 年: 2006
タイトル: 2'-Fluoroarabino- and arabinonucleic acid show different conformations, resulting in deviating RNA affinities and processing of their heteroduplexes with RNA by RNase H.
著者: Li, F. / Sarkhel, S. / Wilds, C.J. / Wawrzak, Z. / Prakash, T.P. / Manoharan, M. / Egli, M.
履歴
登録2005年12月29日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02006年5月23日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年5月1日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Non-polymer description / Version format compliance
改定 1.32011年12月28日Group: Advisory
改定 1.42017年10月18日Group: Refinement description / カテゴリ: software / Item: _software.classification / _software.name
改定 1.52023年8月30日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_conn / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

-
構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

-
集合体

登録構造単位
A: 5'-D(*GP*CP*GP*TP*(A2M)P*(UAR)P*AP*CP*GP*C)-3'
B: 5'-D(*GP*CP*GP*TP*(A2M)P*(UAR)P*AP*CP*GP*C)-3'
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)6,6736
ポリマ－6,1542
非ポリマー5194
水2,306128
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)32.277, 32.469, 66.749
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number19
Space group name H-MP212121
詳細The biological assembly is a duplex and corresponds to the crystallographic asymmetric unit, hence no symmetry operators are needed

-
要素

#1: DNA鎖 5'-D(*GP*CP*GP*TP*(A2M)P*(UAR)P*AP*CP*GP*C)-3'


分子量: 3077.004 Da / 分子数: 2
変異: 2'-Methylation at A5 and incorperated arabino-U at position 6
由来タイプ: 合成
#2: 化合物 ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド


分子量: 35.453 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#3: 化合物 ChemComp-NCO / COBALT HEXAMMINE(III)


分子量: 161.116 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: CoH18N6
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 128 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

-
実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 2.74 Å3/Da / 溶媒含有率: 55.14 %
結晶化温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 5.5
詳細: Final droplet composition: 1 mM oligonucleotide, 10% MPD, 20 mM sodium cacodylate, pH 5.5, 10 mM cobalt hexamine, 20 mM LiCl and 10 mM MgCl2., VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 291K
溶液の組成
ID名称Crystal-IDSol-ID
1MPD11
2sodium cacodylate11
3cobalt hexamine11
4LiCl11
5MgCl211
6H2O11
7MPD12
8sodium cacodylate12
9cobalt hexamine12
10LiCl12
11MgCl212
12H2O12

-
データ収集

回折平均測定温度: 103 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 5ID-B / 波長: 1.60914 Å
検出器タイプ: MARRESEARCH / 検出器: CCD / 日付: 2003年6月21日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.60914 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.19→33.37 Å / Num. all: 21724 / Num. obs: 21724 / % possible obs: 93.7 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / Rmerge(I) obs: 0.063 / Net I/σ(I): 13.4
反射 シェル解像度: 1.19→1.27 Å / Rmerge(I) obs: 0.29 / Mean I/σ(I) obs: 3.7 / Num. unique all: 4020 / % possible all: 91

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.2.0005精密化
MAR345データ収集
XDSデータスケーリング
EPMR位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: NDB entry AD0007/PDB entry 1DPL

1dpl


解像度: 1.19→33.37 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.973 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.974 / SU B: 1.083 / SU ML: 0.022 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.039 / ESU R Free: 0.036 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.16922 2208 10.2 %RANDOM
Rwork0.15736 ---
all0.15856 21724 --
obs0.15856 21724 93.69 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK
原子変位パラメータBiso mean: 12.888 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.14 Å20 Å20 Å2
2--0.18 Å20 Å2
3----0.32 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.19→33.37 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数0 408 22 128 558
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0070.021468
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0010.02201
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.263721
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg1.1453494
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0620.280
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0150.02206
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined0.5370.286
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other0.2460.2244
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined0.2610.2155
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other0.0880.296
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined0.1380.2127
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined0.1710.22
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other0.2240.219
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined0.1030.224
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it2.0883673
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it2.5764.5712
LS精密化 シェル解像度: 1.19→1.221 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.232 167 -
Rwork0.241 1334 -
obs--90.42 %
精密化 TLS手法: refined / Origin x: 0 Å / Origin y: 0 Å / Origin z: 0 Å
111213212223313233
T0 Å20 Å20 Å2-0 Å20 Å2--0 Å2
L0 °20 °20 °2-0 °20 °2--0 °2
S0 Å °0 Å °0 Å °0 Å °0 Å °0 Å °0 Å °0 Å °0 Å °
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDLabel asym-IDAuth seq-IDLabel seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1AA1 - 101 - 10
2X-RAY DIFFRACTION1BB11 - 201 - 10

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る