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万見
- PDB-2fih: Crystal Structure Analysis of the B-DNA Dodecamer CGCGAA-aU-TCGCG... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2fih
タイトルCrystal Structure Analysis of the B-DNA Dodecamer CGCGAA-aU-TCGCG, with Incorporated Arabino-Uridine (aU)
要素5'-D(*CP*GP*CP*GP*AP*AP*(UAR)P*TP*CP*GP*CP*G)-3'
キーワードDNA / Arabinonucleic Acid / Sugar Modifications / B-form DNA
機能・相同性DNA / DNA (> 10)
機能・相同性情報
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.13 Å
データ登録者Egli, M. / Li, F.
引用ジャーナル: Biochemistry / 年: 2006
タイトル: 2'-Fluoroarabino- and arabinonucleic acid show different conformations, resulting in deviating RNA affinities and processing of their heteroduplexes with RNA by RNase H.
著者: Li, F. / Sarkhel, S. / Wilds, C.J. / Wawrzak, Z. / Prakash, T.P. / Manoharan, M. / Egli, M.
履歴
登録2005年12月29日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02006年5月23日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年5月1日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32011年12月28日Group: Advisory
改定 1.42023年8月30日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_symmetry / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_symmetry / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.conn_type_id / _struct_conn.id / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr1_symmetry / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_symmetry / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: 5'-D(*CP*GP*CP*GP*AP*AP*(UAR)P*TP*CP*GP*CP*G)-3'
B: 5'-D(*CP*GP*CP*GP*AP*AP*(UAR)P*TP*CP*GP*CP*G)-3'
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)7,3553
ポリマ－7,3312
非ポリマー241
水3,225179
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)25.474, 39.757, 65.345
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number19
Space group name H-MP212121
詳細The biological assembly is a duplex and corresponds to the crystallographic asymmetric unit, hence no symmetry operators are needed

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要素

#1: DNA鎖 5'-D(*CP*GP*CP*GP*AP*AP*(UAR)P*TP*CP*GP*CP*G)-3'


分子量: 3665.365 Da / 分子数: 2 / 変異: Incorporated arabino-U at position 7 / 由来タイプ: 合成
#2: 化合物 ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン


分子量: 24.305 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 179 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.16 Å3/Da / 溶媒含有率: 43.12 %
結晶化温度: 291 K / pH: 7
詳細: Final droplet composition: 0.6mM oligonucleotide, 20mM sodium cacodylate, 6.3mM Mg(OAc)2, and 3mM spermine tetrahydrochloride., pH 7.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 291K, pH 7.00
溶液の組成
ID名称Crystal-IDSol-ID
1sodium cacodylate11
2Mg(OAc)211
3spermine11
4tetrahydrochloride11
5H2O11
6sodium cacodylate12
7Mg(OAc)212
8H2O12

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データ収集

回折平均測定温度: 103 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 5ID-B / 波長: 0.826
検出器タイプ: MARRESEARCH / 検出器: CCD / 日付: 2002年8月15日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.826 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.13→50 Å / Num. obs: 23845 / % possible obs: 96.3 % / Observed criterion σ(I): 0 / Rmerge(I) obs: 0.033
反射 シェル解像度: 1.13→1.17 Å / Rmerge(I) obs: 0.2 / % possible all: 59.5

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解析

ソフトウェア
名称分類
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
EPMR位相決定
SHELXL-97精密化
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: NDB entry BDL084/PDB entry 355D

355d


解像度: 1.13→50 Å / Num. restraintsaints: 15328 / σ(F): 0
詳細: The hkl data was processed from 50.0 A(low) to 1.09 A(high) according to the scalepack output. Authors performed the refinement from 50.0 A to 1.13 A, because the last shell (1.13-1.09A) has ...詳細: The hkl data was processed from 50.0 A(low) to 1.09 A(high) according to the scalepack output. Authors performed the refinement from 50.0 A to 1.13 A, because the last shell (1.13-1.09A) has a low completeness and was exluded. The low resolution range 50.0A-23.7A might not contain any data.
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.24 1178 4.97 %RANDOM
all0.188 23685 --
obs0.191 ---
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.13→50 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数0 486 1 179 666

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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