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万見
- PDB-2fib: RECOMBINANT HUMAN GAMMA-FIBRINOGEN CARBOXYL TERMINAL FRAGMENT (RE... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2fib
タイトルRECOMBINANT HUMAN GAMMA-FIBRINOGEN CARBOXYL TERMINAL FRAGMENT (RESIDUES 143-411) COMPLEXED TO THE PEPTIDE GLY-PRO-ARG-PRO AT PH 6.0
要素
  • FIBRINOGEN
  • GLY-PRO-ARG-PRO
キーワードCOMPLEX (BLOOD COAGULATION/PEPTIDE) / FIBRINOGEN / BLOOD COAGULATION / FIBRIN POLYMERIZATION / COMPLEX (BLOOD COAGULATION-PEPTIDE) / COMPLEX (BLOOD COAGULATION-PEPTIDE) complex
機能・相同性
機能・相同性情報


fibrinogen complex / platelet alpha granule / Regulation of TLR by endogenous ligand / blood coagulation, fibrin clot formation / MyD88 deficiency (TLR2/4) / positive regulation of heterotypic cell-cell adhesion / IRAK4 deficiency (TLR2/4) / extracellular matrix structural constituent / MyD88:MAL(TIRAP) cascade initiated on plasma membrane / plasminogen activation ...fibrinogen complex / platelet alpha granule / Regulation of TLR by endogenous ligand / blood coagulation, fibrin clot formation / MyD88 deficiency (TLR2/4) / positive regulation of heterotypic cell-cell adhesion / IRAK4 deficiency (TLR2/4) / extracellular matrix structural constituent / MyD88:MAL(TIRAP) cascade initiated on plasma membrane / plasminogen activation / p130Cas linkage to MAPK signaling for integrins / positive regulation of peptide hormone secretion / positive regulation of vasoconstriction / GRB2:SOS provides linkage to MAPK signaling for Integrins / protein secretion / positive regulation of exocytosis / protein polymerization / Integrin cell surface interactions / Common Pathway of Fibrin Clot Formation / negative regulation of endothelial cell apoptotic process / negative regulation of extrinsic apoptotic signaling pathway via death domain receptors / fibrinolysis / cell adhesion molecule binding / Integrin signaling / positive regulation of substrate adhesion-dependent cell spreading / platelet alpha granule lumen / cell-matrix adhesion / positive regulation of protein secretion / Post-translational protein phosphorylation / Signaling by high-kinase activity BRAF mutants / MAP2K and MAPK activation / response to calcium ion / platelet aggregation / Regulation of Insulin-like Growth Factor (IGF) transport and uptake by Insulin-like Growth Factor Binding Proteins (IGFBPs) / Signaling by RAF1 mutants / Signaling by moderate kinase activity BRAF mutants / Paradoxical activation of RAF signaling by kinase inactive BRAF / Signaling downstream of RAS mutants / Signaling by BRAF and RAF1 fusions / Platelet degranulation / : / ER-Phagosome pathway / protein-containing complex assembly / blood microparticle / positive regulation of ERK1 and ERK2 cascade / endoplasmic reticulum lumen / signaling receptor binding / external side of plasma membrane / structural molecule activity / cell surface / extracellular space / extracellular exosome / extracellular region / metal ion binding / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
Fibrinogen, alpha/beta/gamma chain, coiled coil domain / Fibrinogen alpha/beta chain family / Fibrinogen alpha/beta chain family / Gamma-fibrinogen Carboxyl Terminal Fragment; domain 2 / Gamma-fibrinogen Carboxyl Terminal Fragment, domain 2 / Gamma Fibrinogen; Chain A, domain 1 / Gamma Fibrinogen, chain A, domain 1 / Fibrinogen alpha chain / Fibrinogen, conserved site / Fibrinogen C-terminal domain signature. ...Fibrinogen, alpha/beta/gamma chain, coiled coil domain / Fibrinogen alpha/beta chain family / Fibrinogen alpha/beta chain family / Gamma-fibrinogen Carboxyl Terminal Fragment; domain 2 / Gamma-fibrinogen Carboxyl Terminal Fragment, domain 2 / Gamma Fibrinogen; Chain A, domain 1 / Gamma Fibrinogen, chain A, domain 1 / Fibrinogen alpha chain / Fibrinogen, conserved site / Fibrinogen C-terminal domain signature. / Fibrinogen-related domains (FReDs) / Fibrinogen beta and gamma chains, C-terminal globular domain / Fibrinogen, alpha/beta/gamma chain, C-terminal globular, subdomain 1 / Fibrinogen, alpha/beta/gamma chain, C-terminal globular domain / Fibrinogen-like, C-terminal / Fibrinogen C-terminal domain profile. / Few Secondary Structures / Irregular / Alpha-Beta Complex / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Fibrinogen gamma chain
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / ISOMORPHOUS WITH PDB ENTRY 1FIB / 解像度: 2.01 Å
データ登録者Pratt, K.P. / Cote, H.C.F. / Chung, D.W. / Stenkamp, R.E. / Davie, E.W.
引用ジャーナル: Proc.Natl.Acad.Sci.USA / 年: 1997
タイトル: The primary fibrin polymerization pocket: three-dimensional structure of a 30-kDa C-terminal gamma chain fragment complexed with the peptide Gly-Pro-Arg-Pro.
著者: Pratt, K.P. / Cote, H.C. / Chung, D.W. / Stenkamp, R.E. / Davie, E.W.
履歴
登録1997年6月3日処理サイト: BNL
改定 1.01997年10月15日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年3月24日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32023年8月9日Group: Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: database_2 / pdbx_initial_refinement_model ...database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
改定 1.42024年10月16日Group: Data collection / Structure summary
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature
Item: _pdbx_entry_details.has_protein_modification

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: FIBRINOGEN
B: GLY-PRO-ARG-PRO
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)30,7103
ポリマ－30,6702
非ポリマー401
水2,072115
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area770 Å2
ΔGint-13 kcal/mol
Surface area10460 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)37.330, 68.200, 47.600
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 105.02, 90.00
Int Tables number4
Space group name H-MP1211

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要素

#1: タンパク質 FIBRINOGEN


分子量: 30243.422 Da / 分子数: 1
断片: GAMMA CHAIN, CARBOXYL TERMINAL FRAGMENT RESIDUES 143 - 411
由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 組織: BLOOD PLASMA
遺伝子: HUMAN FIBRINOGEN GAMMA CHAIN CDNA ENCODING VAL 143 - VAL 411
器官: BLOOD / プラスミド: PPIC9K / 発現宿主: Pichia pastoris (菌類) / 参照: UniProt: P02679
#2: タンパク質・ペプチド GLY-PRO-ARG-PRO


分子量: 426.490 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
#3: 化合物 ChemComp-CA / CALCIUM ION


分子量: 40.078 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Ca
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 115 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY
配列の詳細NO DENSITY FOR RESIDUES BEYOND LEU 392 WAS OBSERVED. MASS SPECTROMETRY SHOWED HETEROGENEITY AT THE C-TERMINUS.

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 1.91 Å3/Da / 溶媒含有率: 35.52 %
結晶化手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 6
詳細: PROTEIN WAS CRYSTALLIZED FROM 12% PEG8000, 70MM CACL2, 0.1 M MES, PH 6.0, 0.02%NAN3, ROOM TEMPERATURE, SITTING DROPS. THE CRYSTAL WAS SOAKED OVERNIGHT IN THE ORIGINAL SOLUTION PLUS 0.01M GLY- ...詳細: PROTEIN WAS CRYSTALLIZED FROM 12% PEG8000, 70MM CACL2, 0.1 M MES, PH 6.0, 0.02%NAN3, ROOM TEMPERATURE, SITTING DROPS. THE CRYSTAL WAS SOAKED OVERNIGHT IN THE ORIGINAL SOLUTION PLUS 0.01M GLY-PRO-ARG-PRO (SIGMA), THEN BACK-SOAKED FOR 10 MINUTES., vapor diffusion - sitting drop
Temp details: room temp
結晶化
*PLUS
手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法
溶液の組成
*PLUS
ID濃度一般名Crystal-IDSol-ID化学式
112 %PEG80001reservoir
270 mM1reservoirCaCl2
30.1 MMES1reservoir
40.02 %1reservoirNaN3
515 mg/mlprotain1drop
66 %PEG80001drop
735 mM1dropCaCl2
80.05 MMES1drop
90.01 %1dropNaN3

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データ収集

回折平均測定温度: 300 K
放射光源由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU RUH2R / 波長: 1.5418
検出器タイプ: RIGAKU / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 1995年9月1日 / 詳細: MIRRORS
放射単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.5418 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2→68.2 Å / Num. obs: 12275 / % possible obs: 76.9 % / Observed criterion σ(I): 3 / Rmerge(I) obs: 0.054 / Rsym value: 0.052 / Net I/σ(I): 11
反射 シェル解像度: 2.01→2.25 Å / Mean I/σ(I) obs: 3.17 / % possible all: 61.3

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
RIGAKUSOFTWAREデータ収集
RIGAKUSOFTWAREデータ削減
X-PLOR3.1モデル構築
XTALVIEW精密化
X-PLOR3.1精密化
RIGAKUデータスケーリング
X-PLOR3.1位相決定
精密化構造決定の手法: ISOMORPHOUS WITH PDB ENTRY 1FIB
開始モデル: PDB ENTRY 1FIB

1fib


解像度: 2.01→10 Å / σ(F): 3
詳細: MODIFIED TOPOLOGY AND PARAMETER FILES WERE CREATED SO THAT X-PLOR WOULD ACCEPT A CIS PEPTIDE BOND THAT DID NOT PRECEDE A PROLINE RESIDUE. THE PDB INPUT FILE FOR X-PLOR SHOULD SPECIFY CYS 339 ...詳細: MODIFIED TOPOLOGY AND PARAMETER FILES WERE CREATED SO THAT X-PLOR WOULD ACCEPT A CIS PEPTIDE BOND THAT DID NOT PRECEDE A PROLINE RESIDUE. THE PDB INPUT FILE FOR X-PLOR SHOULD SPECIFY CYS 339 AS CCY 339. THE BACKBONE ANGLES PHI AND PSI OF ASN 337 ARE STRAINED.
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.282 1205 10 %RANDOM
Rwork0.186 ---
obs0.186 12275 --
原子変位パラメータBiso mean: 23.5 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.01→10 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2034 0 1 117 2152
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONx_bond_d0.01
X-RAY DIFFRACTIONx_bond_d_na
X-RAY DIFFRACTIONx_bond_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_deg1.903
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_deg_na
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_deg_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_dihedral_angle_d24.43
X-RAY DIFFRACTIONx_dihedral_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONx_dihedral_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_improper_angle_d1.13
X-RAY DIFFRACTIONx_improper_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONx_improper_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_mcbond_it
X-RAY DIFFRACTIONx_mcangle_it
X-RAY DIFFRACTIONx_scbond_it
X-RAY DIFFRACTIONx_scangle_it
LS精密化 シェル解像度: 2.1→10 Å / Total num. of bins used: 20 /
Rfactor反射数
Rfree0.3957 39
Rwork0.2542 380
Xplor file
Refine-IDSerial noParam fileTopol file
X-RAY DIFFRACTION1PARAM.CALCIUMTOPCISPEP.PRO
X-RAY DIFFRACTION2PARAM.TIPS3PTOPOLOGY.CALCIUM
X-RAY DIFFRACTION3PARAMCISPEP.PROTOPOLOGY.TIPS3P
ソフトウェア
*PLUS
名称: X-PLOR / バージョン: 3.1 / 分類: refinement
拘束条件
*PLUS
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONx_dihedral_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONx_dihedral_angle_deg24.43
X-RAY DIFFRACTIONx_improper_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONx_improper_angle_deg1.13

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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