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万見
- PDB-2fgz: Crystal Structure Analysis of apo pullulanase from Klebsiella pne... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2fgz
タイトルCrystal Structure Analysis of apo pullulanase from Klebsiella pneumoniae
要素Alpha-dextrin endo-1,6-alpha-glucosidase
キーワードHYDROLASE / multiple domain / beta-alpha-barrel / alpha-amylase-family
機能・相同性
機能・相同性情報


pullulanase / pullulanase activity / carbohydrate binding / carbohydrate metabolic process / metal ion binding
類似検索 - 分子機能
Pullulanase, Ins domain / Pullulanase Ins domain / Pullulanase, carbohydrate-binding module 41 / Bacterial pullanase-associated domain / Alpha-1,6-glucosidases, pullulanase-type / Alpha-1,6-glucosidases, pullulanase-type, C-terminal / Pullulanase, N2 domain / Alpha-1,6-glucosidases, pullulanase-type, C-terminal / Pullulanase N2 domain / Rab geranylgeranyltransferase alpha-subunit, insert domain ...Pullulanase, Ins domain / Pullulanase Ins domain / Pullulanase, carbohydrate-binding module 41 / Bacterial pullanase-associated domain / Alpha-1,6-glucosidases, pullulanase-type / Alpha-1,6-glucosidases, pullulanase-type, C-terminal / Pullulanase, N2 domain / Alpha-1,6-glucosidases, pullulanase-type, C-terminal / Pullulanase N2 domain / Rab geranylgeranyltransferase alpha-subunit, insert domain / Glycoside hydrolase, family 13, N-terminal / Carbohydrate-binding module 48 (Isoamylase N-terminal domain) / Carbohydrate-binding-like fold / Glycosyl hydrolase, family 13, catalytic domain / Alpha-amylase domain / Golgi alpha-mannosidase II / Glycosyl hydrolase, all-beta / Prokaryotic membrane lipoprotein lipid attachment site profile. / Glycosidases / Immunoglobulin E-set / Glycoside hydrolase superfamily / Immunoglobulins / TIM Barrel / Alpha-Beta Barrel / Immunoglobulin-like fold / Immunoglobulin-like / Sandwich / Mainly Beta / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
生物種Klebsiella pneumoniae (肺炎桿菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 多重同系置換 / 解像度: 1.75 Å
データ登録者Mikami, B. / Iwamoto, H. / Katsuya, Y. / Yoon, H.-J. / Demirkan-Sarikaya, E. / Malle, D.
引用ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 2006
タイトル: Crystal structure of pullulanase: evidence for parallel binding of oligosaccharides in the active site
著者: Mikami, B. / Iwamoto, H. / Malle, D. / Yoon, H.-J. / Demirkan-Sarikaya, E. / Mezaki, Y. / Katsuya, Y.
履歴
登録2005年12月23日登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02006年6月13日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年5月1日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32021年11月10日Group: Database references / Derived calculations
カテゴリ: database_2 / pdbx_struct_conn_angle ...database_2 / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
改定 1.42022年3月9日Group: Database references / Source and taxonomy / Structure summary
カテゴリ: entity / entity_name_com ...entity / entity_name_com / entity_src_nat / struct_ref / struct_ref_seq / struct_ref_seq_dif
Item: _entity.pdbx_description / _entity_src_nat.pdbx_beg_seq_num ..._entity.pdbx_description / _entity_src_nat.pdbx_beg_seq_num / _entity_src_nat.pdbx_end_seq_num / _entity_src_nat.pdbx_ncbi_taxonomy_id / _entity_src_nat.pdbx_organism_scientific / _entity_src_nat.strain / _struct_ref.db_code / _struct_ref.db_name / _struct_ref.pdbx_db_accession / _struct_ref.pdbx_seq_one_letter_code / _struct_ref_seq.pdbx_db_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Alpha-dextrin endo-1,6-alpha-glucosidase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)117,4015
ポリマ－117,2401
非ポリマー1604
水21,8161211
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)148.984, 60.214, 132.791
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 112.612, 90.00
Int Tables number5
Space group name H-MC121

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要素

#1: タンパク質 Alpha-dextrin endo-1,6-alpha-glucosidase / Pullulan 6-glucanohydrolase


分子量: 117240.383 Da / 分子数: 1 / 変異: G680L/V882L / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Klebsiella pneumoniae (肺炎桿菌) / 参照: UniProt: W9BQ28, pullulanase
#2: 化合物
ChemComp-CA / CALCIUM ION / カルシウムジカチオン


分子量: 40.078 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: Ca
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 1211 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.34 Å3/Da / 溶媒含有率: 47.52 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6
詳細: 15-25% polyethyleneglycol 6000 in 0.2M magnesium acetate, 0.2M sodium acetate buffer, pH 6.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SPring-8 / ビームライン: BL40B2 / 波長: 0.71 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 4 / 検出器: CCD / 日付: 2003年12月1日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.71 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.75→50 Å / Num. all: 109982 / Num. obs: 108442 / % possible obs: 98.6 % / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 3.2 % / Biso Wilson estimate: 14.6 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.08 / Net I/σ(I): 10.4
反射 シェル解像度: 1.75→1.81 Å / 冗長度: 3.2 % / Rmerge(I) obs: 0.384 / Mean I/σ(I) obs: 6.8 / Num. unique all: 10840 / % possible all: 99.7

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
CNS1.1精密化
HKL-2000データ削減
CCP4(TRUNCATE)データスケーリング
PHASES位相決定
精密化構造決定の手法: 多重同系置換 / 解像度: 1.75→14.94 Å / Rfactor Rfree error: 0.002 / Data cutoff high absF: 2760276.81 / Data cutoff low absF: 0 / Isotropic thermal model: RESTRAINED / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.214 10814 10 %RANDOM
Rwork0.183 ---
obs0.183 108085 98.6 %-
all-109620 --
溶媒の処理溶媒モデル: FLAT MODEL / Bsol: 58.6062 Å2 / ksol: 0.361751 e/Å3
原子変位パラメータBiso mean: 22 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--4.02 Å20 Å23.61 Å2
2---1.89 Å20 Å2
3---5.91 Å2
Refine analyze
FreeObs
Luzzati coordinate error0.22 Å0.18 Å
Luzzati d res low-5 Å
Luzzati sigma a0.19 Å0.15 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.75→14.94 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数7168 0 4 1211 8383
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d0.005
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg1.3
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d23.5
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d0.75
X-RAY DIFFRACTIONc_mcbond_it1.061.5
X-RAY DIFFRACTIONc_mcangle_it1.572
X-RAY DIFFRACTIONc_scbond_it1.722
X-RAY DIFFRACTIONc_scangle_it2.362.5
LS精密化 シェル解像度: 1.75→1.86 Å / Rfactor Rfree error: 0.007 / Total num. of bins used: 6
Rfactor反射数%反射
Rfree0.281 1797 9.9 %
Rwork0.241 16267 -
obs-10804 99.6 %
Xplor file
Refine-IDSerial noParam fileTopol file
X-RAY DIFFRACTION1protein_rep.param&_1_TOPOLOGY_INFILE_1
X-RAY DIFFRACTION2water_rep.param&_1_TOPOLOGY_INFILE_2
X-RAY DIFFRACTION3ion.param&_1_TOPOLOGY_INFILE_3
X-RAY DIFFRACTION4&_1_TOPOLOGY_INFILE_4

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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